<div dir="ltr">Hi Arjen,<div><br></div><div>Thank you. It worked well after I changed the template grid resolution.</div><div><br></div><div>Vasan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 21, 2016 at 1:37 PM, Arjen Stolk <span dir="ltr"><<a href="mailto:a.stolk8@gmail.com" target="_blank">a.stolk8@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Vasan,<div><br></div><div>Hard to tell based on this information, but did you copy over the template's dim and pos fields after normalization and/or check for (mis-)matches in geometric units (cm vs. mm) between grids and ROIs?</div><div><br></div><div>Arjen</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><span class="">2016-03-21 10:17 GMT-07:00 Sreenivasan R. Nadar, Ph.D. <span dir="ltr"><<a href="mailto:sreenivasan.r.nadar@gmail.com" target="_blank">sreenivasan.r.nadar@gmail.com</a>></span>:<br></span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>
<div dir="ltr"><span>Hi Arjen,
<div><br>
</div><span class="">
<div>Thank you. I tried the method give in that link with ft_volumelookup for ROIs in MNI space and make a new leadfield for the ROIs  and use the following commands for visualization:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>figure; hold on;</div>
<div>ft_plot_vol(headmodel, 'edgecolor', 'none', 'facealpha', 0.4);</div>
<div>ft_plot_mesh(lf_new.pos(lf_new.inside,:), 'facecolor','r');</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>However, this method doesn't work properly as the grid sometime do not fall in the expected anatomical location.<br>
</div>
<div><br>
</div>
</span></span><div>-Vasan</div>
</div><div><div class="h5"><div><div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Mon, Mar 21, 2016 at 12:51 PM, Arjen Stolk <span dir="ltr">
<<a href="mailto:a.stolk8@gmail.com" target="_blank">a.stolk8@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hey Vasan,
<div><br>
</div>
<div>One way to do that is by 'normalizing' the subject's grid such that its points relate to specific points in MNI space. The procedure is described here:</div>
<div><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/sourcemodel" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/sourcemodel</a><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Using ft_volumelookup you can subsequently find the subject's grid points (now in MNI space) belonging to ROIs.</div>
<div><br>
</div>
<div>Hope that helps,</div>
<div>Arjen</div>
</div>
<div>
<div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">2016-03-21 9:40 GMT-07:00 Sreenivasan R. Nadar, Ph.D. <span dir="ltr">
<<a href="mailto:sreenivasan.r.nadar@gmail.com" target="_blank">sreenivasan.r.nadar@gmail.com</a>></span>:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hi Arjen,
<div><br>
</div>
<div>The example scripts are for on the individual "subject space". I want to do the source analysis and also extracting time series for any ROIs in MNI space. </div>
<div><br>
</div>
<div>-Vasan</div>
</div>
<div>
<div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Mon, Mar 21, 2016 at 12:35 PM, Arjen Stolk <span dir="ltr">
<<a href="mailto:a.stolk8@gmail.com" target="_blank">a.stolk8@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hey Vasan,
<div><br>
</div>
<div>This page ("Extract the virtual channel time-series" section) provides an example:</div>
<div><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/connectivity" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/connectivity</a><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Arjen</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">
<div>
<div>2016-03-21 9:08 GMT-07:00 Sreenivasan R. Nadar, Ph.D. <span dir="ltr"><<a href="mailto:sreenivasan.r.nadar@gmail.com" target="_blank">sreenivasan.r.nadar@gmail.com</a>></span>:<br>
</div>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div style="font-size:12.8px">Hi All,</div>
<div style="font-size:12.8px"><br>
</div>
<div style="font-size:12.8px">Is there any standard procedure (in Fieldtrip) for extracting virtual (source) time series from ROIs in Talariach or MNI space?</div>
<div style="font-size:12.8px"><br>
</div>
<div style="font-size:12.8px">Thank you</div>
<div style="font-size:12.8px"><br>
</div>
<div style="font-size:12.8px">-Vasan</div>
<div><br>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div></div></div></div></div>

</blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>