<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear Britta,<br></div>I was deeply involved in the processing and I forgot to update this post.<br></div>Thank you: it worked out!<br></div>Eliminating the bias from MRI images (using light/very light regularization) leads to more accurate grids and correct results.<br><br></div>Best,<br><br></div>Paolo<br><div><div><div><br><br></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 18, 2016 at 10:10 AM, Britta Westner <span dir="ltr"><<a href="mailto:britta.westner@uni-konstanz.de" target="_blank">britta.westner@uni-konstanz.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Dear Paolo,<br>
    <br>
    I experienced similar problems and found that correcting the field
    bias in the participant's MRI (e.g. doing a "bias correction" with
    SPM) can help. My explanation would be that the field bias either
    leads to small inaccuracies in the segmentation and volume which
    then "get visible" when warping the grid based on the non-segmented
    MRI, or that the warping algorithm itself is affected by this bias.
    Maybe you can give that a try!<br>
    <br>
    Hope this helps,<br>
    Britta<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <div>Am 17.02.2016 um 20:20 schrieb Paolo
      Belardinelli:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      <div dir="ltr">
        <div>Dear Fieldtrippers,<br>
          we are encountering a problem with a template model for source
          reconstruction. In particular, we are warping (non linearly) a
          template grid to the individual subject's MRI. <br>
        </div>
        <div>Doing that, it appears that the very top of the brain is
          not fully covered by dipole locations.<br>
        </div>
        <div>We found that this issue has been already reported:<br>
          <br>
           <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/template/sourcemodel" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/template/sourcemodel</a> 
          <br>
        </div>
        <div>
          <div><br>
          </div>
          <div>Apparently, since March 7th 2013, this issue has been
            fixed.<br>
          </div>
          <div>However we are using August 28th 2015 Fieldtrip version
            and we are still dealing with the same issue.<br>
          </div>
          <div>Any suggestions?<br>
          </div>
          <div>Here are our code lines:<br>
            <br>
            cfg = [];<br>
            cfg.grid.warpmni = 'yes';<br>
            cfg.resolution = 6; % resolution of the template grid in mm<br>
            cfg.grid.nonlinear = 'yes'; % use non linear normalization<br>
            cfg.mri = mri_spm; % use subject's mri in mni coordinates<br>
            cfg.grid.unit = 'mm';<br>
            sourcemodel = ft_prepare_sourcemodel(cfg);<br>
            <br>
          </div>
          <div>Thank you in advance.<br>
            <br>
          </div>
          <div>Paolo <br>
          </div>
          <div><br>
            <br>
            <br>
             <br>
          </div>
          <div>-- <br>
            <div>
              <div dir="ltr">
                <div>--<br>
                  Paolo Belardinelli, PhD<br>
                  Neurology Department<br>
                  University Hospital Tuebingen<br>
                  Eberhard Karls University Tuebingen<br>
                  Hoppe-Seyler Str. 3<br>
                  D-72076 Tuebingen<br>
                  Tel: <a value="+4970712985894">+49
                    7071 / 29 80478</a><br>
                  <br>
                </div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
fieldtrip mailing list
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre cols="72">-- 
Britta Westner, M.Sc.
Neuroelectromagnetic Oscillations Laboratory

Fachbereich Psychologie
Universität Konstanz
Postfach 905
78457 Konstanz

Telefon: <a href="tel:%2B49-%280%297531-88-5703" value="+497531885703" target="_blank">+49-(0)7531-88-5703</a>
Fax: <a href="tel:%2B49-%280%297531-88-5709" value="+497531885709" target="_blank">+49-(0)7531-88-5709</a> 

<a href="http://www.psychologie.uni-konstanz.de/nemo-lab" target="_blank">www.psychologie.uni-konstanz.de/nemo-lab</a></pre>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>--<br>Paolo Belardinelli, PhD<br>Neurology Department<br>
University Hospital Tuebingen<br>

Eberhard Karls University Tuebingen<br>
Hoppe-Seyler Str. 3<br>
D-72076 Tuebingen<br>
Tel: <a value="+4970712985894">+49 7071 / 29 80478</a><br><br></div></div></div>
</div>