<div dir="ltr">Dear Debora,<div><br></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:12.8px">cfg.moveinward option is useful when your source space is a mesh as it actually deforms the mesh to push it inwards. When your source space is a grid you should use cfg.inwardshift to just exclude the points that are closer than 6 mm to the boundary.  It might be a useful exercise for you to compute the lead fields with concentric spheres and with a BEM for the same grid and then look at correlations between these lead fields. You should see that the correlations should be high at depth but might be low for some points close to the surface. Once you hit the right value of inwardshift the low correlations should disappear.</span><br></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:12.8px">Best,</span></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:12.8px">Vladimir</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 14, 2016 at 10:46 AM, Debora Desideri <span dir="ltr"><<a href="mailto:deb.desideri@gmail.com" target="_blank">deb.desideri@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Dear Vladimir,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">thanks for your explanation. I tryed to use the option cfg.moveinward in ft_prepare_sourcemodel ( I set it to 6 mm,, with inwardshift = 0), but this did not solve the issue. As you can see from the attachment the cortex is now partially uncovered. I am not sure I am using this option properly, maybe there is a combination of values for cfg.moveinward and cfg.inwardshift that works fine. I tryed several, but none of them gave me the source localization that I expect. <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">I don't know whether the fact that some dipoles fall outside the brain matters. For the attached figures I had no dipoles outside the brain, whilst for some of the others attempts I had.<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">I actually found this post on the mailinglist where both you and John already pointed out this issue using BEM: <br><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2015-November/009783.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2015-November/009783.html</a><br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Also I don't know whether this link (still under construction/discussion) may be of interest in this contex:<br><br><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/is_it_good_or_bad_to_have_dipole_locations_outside_of_the_brain_for_which_the_source_reconstruction_is_computed" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/is_it_good_or_bad_to_have_dipole_locations_outside_of_the_brain_for_which_the_source_reconstruction_is_computed</a><br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Furthermore, this other page (also  under construction), uses the option cfg.inwardshift for the template grid to be used in the creation of the individual subject's grid, but without an explanation of why the option is/should be used:<br><br><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/sourcemodel#subject-specific_grids_that_are_equivalent_across_subjects_in_normalized_space" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/sourcemodel#subject-specific_grids_that_are_equivalent_across_subjects_in_normalized_space</a><br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">In ft_prepare_sourcemodel I am using the standard grid (6 mm resolution) provided by Fiedltrip, I don't know whether craeting my own template_grid using the cfg.inwardshift option would actually fix the problem. I would like to perform some further attempts, as soon as I have some time to go through the function and understand how this options actually interplay.<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Meanwhile, I am still working on producing the results using the FEM head model. It is much more time-consuming than the BEM, and maybe that's one of the reasons to choose BEM models. As soon as they are ready I will post them as well :)<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Anyway, thanks so much for your help. It was actually quite useful and instructive!<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">All the best wishes,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Debora<br>

</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br><br></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Mar 12, 2016 at 5:14 PM, Vladimir Litvak <span dir="ltr"><<a href="mailto:litvak.vladimir@gmail.com" target="_blank">litvak.vladimir@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Debora,<div><br></div><div>The critical thing with BEMCP is that your sources are not too close to the inner skull boundary. When they are closer than the safe distance the solution you get is completely wrong. When they are not too close, the solution is OK and comparable at least to concentric spheres. The safe distance is is more or less the average edge length in your  skull mesh. In SPM meshes this is 6 mm. In ft_prepare_sourcemodel there is an option cfg.moveinward that corrects the mesh to ensure that it is not too close. It would be interesting if you use this option and report whether this resolves your problem. </div><div><br></div><div>This issue should occur in any BEM but depending on the implementation the critical distance might be shorter.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Vladimir</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Sat, Mar 12, 2016 at 3:30 PM, Debora Desideri <span dir="ltr"><<a href="mailto:deb.desideri@gmail.com" target="_blank">deb.desideri@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Dear John,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">thanks a lot for your promt reply and your suggestion. I guess that I was sticking to the BEM head model just because I read the tutorial for EEG BEM head model first, but going quickly through the studies you have mentioned and considering the tests you have performed, I may also consider to switch to the FEM head model or to simply use the concentric spheres (which appeared to work similar to BEMCP in your comparisons). I am relatively new to source localization and had no crash/errors in my pipeline, and this combination makes always difficult to find possible pitfalls.<br><br>As soon as I have them ready, I will post the results obtained with the 
FEM head model as well, maybe they will be useful for some other users 
:)<br><br>Thanks again for your support! <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">All the best,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Debora<br></div></div><div class="gmail_extra"><div><div><br><div class="gmail_quote">On Sat, Mar 12, 2016 at 3:42 PM, RICHARDS, JOHN <span dir="ltr"><<a href="mailto:RICHARDS@mailbox.sc.edu" target="_blank">RICHARDS@mailbox.sc.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif">
<div>Deb:</div>
<div><br>
</div>
<div>I have had problems with BEMCP.</div>
<div>  </div>
<div> 1—one of the practical / technical problems is that if the compartments overlap, or even come close, then the procedure would not work—the ft_sourceanlaysis crashed.</div>
<div><br>
</div>
<div> 2—There are a couple of studies comparing BEMCP and dipoli, among other methods.  The BEMCP method does not fare well, the dipoli fares better, </div>
<div><br>
</div>
<div>E. g., among three or four studies I have seen. </div>
<div><span style="font-family:'Times New Roman';font-size:12px">Gramfort, A., et al. (2010). "OpenMEEG: opensource software for quasistatic bioelectromagnetics."
</span><span style="font-family:'Times New Roman';font-size:12px;text-decoration:underline">Biomed Eng Online</span><span style="font-family:'Times New Roman';font-size:12px">
</span><b style="font-family:'Times New Roman';font-size:12px">9</b><span style="font-family:'Times New Roman';font-size:12px">: 45.</span></div>
<p style="margin:0px;font-size:12px;line-height:normal;font-family:'Times New Roman';min-height:15px">
Gramfort, A., et al. (2011). "Forward field computation with OpenMEEG." <span style="text-decoration:underline">
Comput Intell Neurosci</span> <b>2011</b>: 923703.</p>
<div><br>
</div>
<div>3—I have directly compared BEMCP, a 4-shell concentric spheres, dipoli, and the Simbio FEM model, by correlating results from each model (e.g., correlations of all the dipole CDR estimates; or correlations across anatomical ROIs).  The BEMCP and concentric
 spheres work similarly, and the dipoli and Simbio-FEM work similarly.   This was with infants using participant-computed realistic models for the compartments and the FEM.</div>
<div><br>
</div>
<div>I am not claiming from this and superiority of the dipoli (or FEM) models over the BEMCP, but I suggest looking at the research literature formally comparing these methods before going much further with BEMCP.</div>
<div><br>
</div>
<div>John</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>






<div style="color:rgb(0,0,0)">
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">
<div style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">***********************************************</div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">John E. Richards Carolina Distinguished Professor</div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">Department of Psychology</div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">University of South Carolina</div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">Columbia, SC  29208</div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">Dept Phone: <a href="tel:803%20777%202079" value="+18037772079" target="_blank">803 777 2079</a></div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">Fax: <a href="tel:803%20777%209558" value="+18037779558" target="_blank">803 777 9558</a></div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">Email: <a href="mailto:richards-john@sc.edu" target="_blank">richards-john@sc.edu</a></div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">HTTP: <a href="http://jerlab.psych.sc.edu" target="_blank">jerlab.psych.sc.edu</a></div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">***********************************************</div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium"><br>
</div>
</div>
<div></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><br></div></div><span><font color="#888888">-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><font face="verdana,sans-serif"><br>Debora Desideri</font><font face="verdana,sans-serif">, PhD Student<br></font></div></div><font face="verdana,sans-serif">BNP Lab - Neurology Department<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">University Hospital Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Eberhard Karls University Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Hoppe-Seyler Str. 3<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">D-72076 Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Tel: <a href="tel:%2B49%207071%2F29%2080478" value="+4970712980478" target="_blank">+49 7071/29 80478</a><br></font><div><div><div><font face="verdana,sans-serif"><br></font></div></div></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><font face="verdana,sans-serif"><br>Debora Desideri</font><font face="verdana,sans-serif">, PhD Student<br></font></div></div><font face="verdana,sans-serif">BNP Lab - Neurology Department<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">University Hospital Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Eberhard Karls University Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Hoppe-Seyler Str. 3<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">D-72076 Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Tel: <a href="tel:%2B49%207071%2F29%2080478" value="+4970712980478" target="_blank">+49 7071/29 80478</a><br></font><div><div><div><font face="verdana,sans-serif"><br></font></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>