<div dir="ltr">Just to put this out there for reference. I was able to solve the problem by replacing the 'issubfield' function with its Matlab equivalent 'isfield'.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 11, 2016 at 1:46 AM, Hassan Aleem <span dir="ltr"><<a href="mailto:ha438@georgetown.edu" target="_blank">ha438@georgetown.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Thanks for your response J.M. That makes sense. I will remove all eeglab/spm/fieldtrip and reinstall,making sure to keep fieldtrip separate. </p><div class="HOEnZb"><div class="h5">
<div class="gmail_quote">On Mar 11, 2016 1:40 AM, "Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)" <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
I cannot reproduce your problem. It seems that you are using an incorrect/outdated copy of issubfield. The line number you report in your error message does not line up with the current version. Please ensure that your matlab path is set correctly, in particular
 try to avoid copies of SPM or eeglab taking precedence. These may have old versions of FT code that can cause all kinds of erratic behaviour.
<div><br>
</div>
<div>Best wishes,</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div> 
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On 11 Mar 2016, at 01:02, Hassan Aleem <<a href="mailto:ha438@georgetown.edu" target="_blank">ha438@georgetown.edu</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>Hi J.M,<br>
<br>
</div>
I am using fieldtrip2016-03-09 and Matlab R2015b with a debian linux operating system. However the problem appears also on my windows 10 OS. I am unable to take a look at the 'seg' or 'mri' because the ft_sourceplot does not work with the same complaint as
 with trying to plot the source interpolation, I assume that's what you mean by checking them.  Let me post the script to give you more information. ( the headmodel part of the script was modified from robert bauer)<br>
<br>
</div>
<div><b>%reading mri</b><br>
</div>
<div>[mri]               = ft_read_mri('MNI152_T1_0.5mm.nii');<br>
mri.coordsys        ='MNI'<br>
-----------------------------------<br>
</div>
<div><b>%segmentation</b><br>
<br>
</div>
<div>cfg                 = [];<br>
cfg.brainthreshold  = 0.5;<br>
cfg.scalpthreshold  = 0.15;<br>
cfg.downsample      = 1; %no downsampling<br>
cfg.output          = {'brain' 'scalp' 'skull'};<br>
seg                 = ft_volumesegment(cfg, mri);<br>
----------------------------------<br>
</div>
<div>%plotting segmentation <br>
</div>
<div>cfg                 = [];<br>
cfg.funparameter    = 'trishells';<br>
cfg.funcolormap     = [1 0 0;0 1 0;0 0 1];<br>
ft_sourceplot(cfg,seg)  <b>this does not work, same error.</b><br>
------------------------------------------<br>
</div>
<div><b>%building mesh</b><br>
</div>
<div>cfg                 = [];<br>
cfg.method= 'projectmesh';<br>
cfg.tissue          = {'scalp', 'skull', 'brain'};<br>
cfg.numvertices     = [1000 1000 1000];<br>
bnd                 = ft_prepare_mesh(cfg, seg);<br>
<br>
% i enlarged / reduced the boundary mesh a little bit, because they were causing errors, probably due to overlapping<br>
bnd(1).pnt          = bnd(1).pnt.*1.001<br>
bnd(2).pnt          = bnd(2).pnt.*1<br>
bnd(3).pnt          = bnd(3).pnt.*0.999<br>
<br>
ft_plot_mesh(bnd(1))%scalp<br>
ft_plot_mesh(bnd(2))%skull<br>
ft_plot_mesh(bnd(3))%brain<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>----------------------------------------------------------<br>
</div>
<div><b>%preparing headmodel</b><br>
</div>
<div>cfg                 = [];<br>
cfg.method          = 'dipoli';<br>
headmodel           = ft_prepare_headmodel(cfg, bnd);<br>
--------------------------------------------------------<br>
<b><br>
%adding electrodes to headmodel</b><br>
elec=ft_read_sens('Hydrocel_GSN_128_1.0_TRIM_mod.sfp');    %load electrode file                    
<br>
<br>
% visualize head surface (scalp)<br>
<br>
figure;<br>
ft_plot_mesh(headmodel.bnd(1), 'edgecolor','none','facealpha',0.8,'facecolor',[0.6 0.6 0.8]);
<br>
hold on;<br>
% plot electrodes<br>
ft_plot_sens(elec,'style', 'sk')<br>
<br>
% aligning electrodes<br>
cfg           = [];<br>
cfg.method    = 'interactive';<br>
cfg.elec      = elec;<br>
cfg.headshape = headmodel.bnd(1);%scalp<br>
st_elec_aligned  = ft_electroderealign(cfg);<br>
-----------------------------------------------<br>
</div>
<div><b>%using the standard template sourcemodel from fieldtrip.</b><br>
<br>
load('standard_sourcemodel3d5mm.mat')<br>
-------------------------------------<br>
<b>%% timelock data</b><br>
cfg = [];<br>
m0 = ft_timelockanalysis(cfg, dataM0);<br>
--------------------------------------<br>
</div>
<div><b>%% perform source analysis<br>
</b><br>
</div>
<div>cfg = [];<br>
cfg.method = 'lcmv';<br>
cfg.lcmv.lambda='5%';<br>
cfg.grid = sourcemodel.cfg.grid;---this is the standard template from fieldtrip<br>
cfg.headmodel = headmodel;<br>
cfg.lcmv.keepfilter = 'yes';<br>
cfg.lcmv.projectnoise='yes';<br>
cfg.lcmv.fixedori = 'yes'; % project on axis of most variance using SVD<br>
source_m0=ft_sourceanalysis(cfg,m0);<br>
------------------------------<br>
</div>
<div><b>%% source interpolation</b><br>
<br>
</div>
<div>cfg = [];<br>
cfg.interpmethod = 'nearest';<br>
cfg.parameter = 'pow';<br>
cfg.grid=sourcemodel.cfg.grid;<br>
sourceinterp_m0 = ft_sourceinterpolate( cfg, source_m0, seg);<br>
----------------------------------------------<br>
</div>
<div><b>%plotting</b><br>
<br>
</div>
<div>cfg = [];<br>
cfg.method        = 'ortho';<br>
cfg.funcolorlim   = 'maxabs';<br>
cfg.funparameter= 'pow';<br>
ft_sourceplot(cfg, sourceinterp_m0);<br>
<br>
</div>
<div>This is where it gives me the error. Please let me know if you need more information. I also had a question about making a 'source' it seems that the fieldtrip tutorial does not use a 'sourcemodel'  but instead use a dipolefitting source, is this
 comparable. Thank you for the help in advance.<br>
<br>
</div>
<div>Best,<br>
<br>
</div>
<div>Hassan<br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Thu, Mar 10, 2016 at 3:00 AM, Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)
<span dir="ltr"><<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">Hassan,
<div>Can you please provide a bit more information with respect to what version of fieldtrip, matlab and operating system you use?</div>
<div>Did you check whether the ‘seg’ looks healthy? Does the ‘mri’ plot well? We need more information to work with.</div>
<div>Best,</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div>
<div>On 09 Mar 2016, at 21:26, Hassan Aleem <<a href="mailto:ha438@georgetown.edu" target="_blank">ha438@georgetown.edu</a>> wrote:</div>
<br>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>Hi everyone,<br>
<br>
</div>
I have a question that is possibly very easy to solve but is evading me. I am unable to get ft_sourceplot to work. For example when I run the code:<br>
<br>
[mri]               = ft_read_mri('MNI152_T1_0.5mm.nii');<br>
mri.coordsys        ='MNI'<br>
<br>
cfg                 = [];<br>
cfg.output          = {'brain' 'scalp' 'skull'};<br>
seg                 = ft_volumesegment(cfg, mri);<br>
seg.anatomy         = mri.anatomy;<br>
<br>
cfg                 = [];<br>
cfg.funparameter    = 'brain';<br>
<b>ft_sourceplot(cfg,seg)</b><br>
<br>
</div>
I get the error:<br>
<br>
<u>Error using textscan</u><br>
First input can not be empty. Expected a non-empty string or a valid file-id.<br>
<u><br>
Error in issubfield (line 44)</u><br>
t = textscan(f,'%s','delimiter','.');<br>
<u><br>
Error in ft_sourceplot (line 460)</u><br>
hasmsk = issubfield(functional, cfg.maskparameter);<br>
<br>
</div>
This is happening regardless of what stage I use ft_sourceplot.<br>
<br>
</div>
Thanks for your consideration!<br>
<br>
</div>
Hassan<br>
</div>
</div>
</div>
<span>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></span></div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
<br>
</div>
<br>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>