<div dir="ltr">Dear Debora,<div><br></div><div>The critical thing with BEMCP is that your sources are not too close to the inner skull boundary. When they are closer than the safe distance the solution you get is completely wrong. When they are not too close, the solution is OK and comparable at least to concentric spheres. The safe distance is is more or less the average edge length in your  skull mesh. In SPM meshes this is 6 mm. In ft_prepare_sourcemodel there is an option cfg.moveinward that corrects the mesh to ensure that it is not too close. It would be interesting if you use this option and report whether this resolves your problem. </div><div><br></div><div>This issue should occur in any BEM but depending on the implementation the critical distance might be shorter.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Vladimir</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Mar 12, 2016 at 3:30 PM, Debora Desideri <span dir="ltr"><<a href="mailto:deb.desideri@gmail.com" target="_blank">deb.desideri@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Dear John,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">thanks a lot for your promt reply and your suggestion. I guess that I was sticking to the BEM head model just because I read the tutorial for EEG BEM head model first, but going quickly through the studies you have mentioned and considering the tests you have performed, I may also consider to switch to the FEM head model or to simply use the concentric spheres (which appeared to work similar to BEMCP in your comparisons). I am relatively new to source localization and had no crash/errors in my pipeline, and this combination makes always difficult to find possible pitfalls.<br><br>As soon as I have them ready, I will post the results obtained with the 
FEM head model as well, maybe they will be useful for some other users 
:)<br><br>Thanks again for your support! <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">All the best,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Debora<br></div></div><div class="gmail_extra"><div><div class="h5"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Mar 12, 2016 at 3:42 PM, RICHARDS, JOHN <span dir="ltr"><<a href="mailto:RICHARDS@mailbox.sc.edu" target="_blank">RICHARDS@mailbox.sc.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif">
<div>Deb:</div>
<div><br>
</div>
<div>I have had problems with BEMCP.</div>
<div>  </div>
<div> 1—one of the practical / technical problems is that if the compartments overlap, or even come close, then the procedure would not work—the ft_sourceanlaysis crashed.</div>
<div><br>
</div>
<div> 2—There are a couple of studies comparing BEMCP and dipoli, among other methods.  The BEMCP method does not fare well, the dipoli fares better, </div>
<div><br>
</div>
<div>E. g., among three or four studies I have seen. </div>
<div><span style="font-family:'Times New Roman';font-size:12px">Gramfort, A., et al. (2010). "OpenMEEG: opensource software for quasistatic bioelectromagnetics."
</span><span style="font-family:'Times New Roman';font-size:12px;text-decoration:underline">Biomed Eng Online</span><span style="font-family:'Times New Roman';font-size:12px">
</span><b style="font-family:'Times New Roman';font-size:12px">9</b><span style="font-family:'Times New Roman';font-size:12px">: 45.</span></div>
<p style="margin:0px;font-size:12px;line-height:normal;font-family:'Times New Roman';min-height:15px">
Gramfort, A., et al. (2011). "Forward field computation with OpenMEEG." <span style="text-decoration:underline">
Comput Intell Neurosci</span> <b>2011</b>: 923703.</p>
<div><br>
</div>
<div>3—I have directly compared BEMCP, a 4-shell concentric spheres, dipoli, and the Simbio FEM model, by correlating results from each model (e.g., correlations of all the dipole CDR estimates; or correlations across anatomical ROIs).  The BEMCP and concentric
 spheres work similarly, and the dipoli and Simbio-FEM work similarly.   This was with infants using participant-computed realistic models for the compartments and the FEM.</div>
<div><br>
</div>
<div>I am not claiming from this and superiority of the dipoli (or FEM) models over the BEMCP, but I suggest looking at the research literature formally comparing these methods before going much further with BEMCP.</div>
<div><br>
</div>
<div>John</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>






<div style="color:rgb(0,0,0)">
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">
<div style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">***********************************************</div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">John E. Richards Carolina Distinguished Professor</div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">Department of Psychology</div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">University of South Carolina</div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">Columbia, SC  29208</div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">Dept Phone: <a href="tel:803%20777%202079" value="+18037772079" target="_blank">803 777 2079</a></div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">Fax: <a href="tel:803%20777%209558" value="+18037779558" target="_blank">803 777 9558</a></div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">Email: <a href="mailto:richards-john@sc.edu" target="_blank">richards-john@sc.edu</a></div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">HTTP: <a href="http://jerlab.psych.sc.edu" target="_blank">jerlab.psych.sc.edu</a></div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium">***********************************************</div>
<div style="font-family:Consolas;font-size:medium"><br>
</div>
</div>
<div></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><br></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><font face="verdana,sans-serif"><br>Debora Desideri</font><font face="verdana,sans-serif">, PhD Student<br></font></div></div><font face="verdana,sans-serif">BNP Lab - Neurology Department<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">University Hospital Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Eberhard Karls University Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Hoppe-Seyler Str. 3<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">D-72076 Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Tel: <a href="tel:%2B49%207071%2F29%2080478" value="+4970712980478" target="_blank">+49 7071/29 80478</a><br></font><div><div><div><font face="verdana,sans-serif"><br></font></div></div></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>