<div dir="ltr">Hey Vitoria,<div><br></div><div>Hard to tell without seeing any code, but my hunch is that the plot on the left is subject space whereas the middle is subject spaced data plotted in MNI space. If the sourcemodel/grid on the left is truly MNI-aligned (but the regular spacing suggests otherwise) than it may be an instance of forgetting to copy over the dim and pos fields from the MNI template to the subject mri structure. You can check whether this is case by comparing the dim and pos fields of the template with those of the subject. They should be the same (after alignment).</div><div><br></div><div>Hopefully that solves it. Otherwise you'd probably need to provide some code.</div><div>Arjen</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-03-03 21:28 GMT-08:00 Vitória Piai <span dir="ltr"><<a href="mailto:v.piai.research@gmail.com" target="_blank">v.piai.research@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  

    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi everyone, <br>
    <br>
    I'm working with clinical MEG data for which part of the source
    pipeline has been conducted by someone else as part of a clinical
    protocol. I don't have full access to what has been done to the MRI
    that I'm getting, so I'm trying to put bits and pieces of code
    together to arrive at a source reconstruction. The rest of my
    pipeline is the pretty standard tutorial beamforming. <br>
    <br>
    I was hoping someone could help me figure out where my source
    analysis is going wrong by looking at this figure. On the left, the
    subject's headmodel seems to be fine (after warping to MNI). On the
    right, I'm plotting the source result without interpolating with any
    structural data. In the middle you see what happens when I
    interpolate the source with the "single_subj_T1.nii" structural
    image.<br>
    It doesn't seem to be a matter of scaling (like mm to cm), but
    rather it being kinda upside down + something else? Does anyone know
    by looking at this whether the error emerges because of an
    unsuccessful interpolation or because something more fundamental is
    going wrong earlier on? <br>
    <br>
    Thanks so much, <br>
    Vitoria<br>
    <br>
    <img src="cid:part1.06080404.05060801@gmail.com" alt="" height="311" width="1135"><br>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>