<div dir="ltr">Hi Laith<div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 27, 2016 at 10:51 AM, Laith Hamid <span dir="ltr"><<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><u></u>
<div style="font-size:10pt;font-family:Verdana,Geneva,sans-serif">
<p><br>Dear Community,<br><br>I have two questions regarding source analysis in Fieldtrip.<br><br>1- Is it possible to estimate the regularization parameter (lambda) in ft_timelockanalysis or ft_sourceanalysis? How is it automatically determined if it is not specified by the user?<br><br></p></div></blockquote><div><br></div><div>I am reporting a mail by M Wibral (2-3-2009) from the FieldTrip mailing list here below:</div><div><br></div><i><span style="font-size:12.8px">Hi Marco,</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">in a nutshell the effect of the </span><span class="" style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255)">lambda</span><span style="font-size:12.8px"> parameter is to smoothe your solution in space, it also makes it more stable in the presence of noise. You might know that the estimation of the covariance matrix for beamforming requires quite a lot of data. CTF/VSM (a MEG manufacturer) used to suggest to have your data satisfy the following relationship:</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">3000 < BW[Hz] * #trials *EffectLength[s]</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Where BW[Hz] is the bandwidth of your effect of interest in Hz, #trials is the number of trials that contain that effect, and EffectLength[s] is the length of your effect in seconds (NOT ms!).</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Here's an example: You have an effect between 30 and 60Hz, so the bandwidth of that effect is 30Hz. The effect is visible (say at the electrode level) for 400ms=0.4s in each trial. Now you calculate the number of trials to be:</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">#trials > 3000 / ( BW[Hz] * EffectLength[s]) = 3000/(0.4*30)= 250. This means that you would need 250 artifact free, valid trials. Choosing a larger </span><span class="" style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255)">lambda</span><span style="font-size:12.8px"> can help to reduce the amount of data necessary, but you get a more smeared out solution.</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">A good introduction and simulation results for various values of </span><span class="" style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255)">lambda</span><span style="font-size:12.8px"> can be found in:</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Neuroimage. 2008 Feb 15;39(4):1788-802. Epub 2007 Oct 10</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Optimising experimental design for MEG beamformer imaging.</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Brookes MJ, Vrba J, Robinson SE, Stevenson CM, Peters AM, Barnes GR, Hillebrand A, Morris PG.</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Hope this helps,</span><br style="font-size:12.8px"></i><div><span style="font-size:12.8px"><i>Michael</i></span></div><div> </div><div>In short, if you have enough trials you do not need to smoothe your solution. If not, then apply the rule of thumb described above. I believe you have an option to declare lambda in percentages as well (e.g. lambda = '5%'; )</div><div>You can refer to this tutorial too:</div><div><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/beamformer">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/beamformer</a><br></div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div style="font-size:10pt;font-family:Verdana,Geneva,sans-serif"><p>2- The source analysis results of ft_sourceanalysis contain information aobut time series of the sources. How can I show a specific point in time (e.g. the epileptic spike's peak) in ft_sourceplot? or is this information lost in ft_sourceinterpolate?<br></p></div></blockquote><div><br></div><div>Can you add your scripts/code? This will add context to the conversation and allow users to help you further. </div><div>If I understand your question, you can try to use the ft_sourcemovie function, for example like in this tutorial:</div><div><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate</a></div><div>Here it is applied to minimum norm solutions, but the same concept holds for LCMV beamformer (which you are using right?)</div><div><br></div><div>I hope this helps</div><div>Cris</div><div><br></div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div style="font-size:10pt;font-family:Verdana,Geneva,sans-serif"><p><br>Thank you very much for your help.<br><br>Best,<br><br>Laith Hamid</p>
<p> </p>
<div> </div>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div></div>