<div dir="ltr">Dear Saeed,<div><br></div><div>it might depend on the boundaries. If they are not nested (one is inside another, which is inside another, etc... like chinese boxes) then you have a fundamental problem. This is a constraint of the BEM algorithm in order for it to work properly. </div><div><br></div><div>Have you tried plotting the triangulated meshes? Do they look nested?</div><div><br></div><div>I hope this helps for now,</div><div>Cris</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 21, 2016 at 7:22 PM, saeed zahran <span dir="ltr"><<a href="mailto:saeedzahran@hotmail.com" target="_blank">saeedzahran@hotmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<div><div dir="ltr">Dear Fieldtrip Community,<br><br><pre>Dear Fieldtrip community,<br><br><br>What does the error of the surface nesting means;<br><br>I define the volume conductor as:

vol = [];
vol.bnd(1).pnt=skinpnt
vol.bnd(1).tri=skinf
 
vol.bnd(2).pnt=uteruspnt
vol.bnd(2).tri=uterusf
 
vol.bnd(3).pnt=uterinecontentpnt
vol.bnd(3).tri=uterinecontentf
 
vol.cond = c;


But it result with the below error:

Error using surface_nesting (line 26)<br>the compartment nesting cannot be determined<br><br>Error in ft_headmodel_bemcp (line 66)<br>order = surface_nesting(vol.bnd, 'insidefirst');<br><br>Error in ft_prepare_headmodel (line 253)<br>vol = ft_headmodel_bemcp(geometry, 'conductivity', cfg.conductivity);<br><br>Error in openmeeg_eeg_leadfield_example (line 100)<br>vol = ft_prepare_headmodel(cfg, vol);
Thank you very much in advance for your help! 

Best regards
Saeed Zahran</pre><br><br><div>> From: <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><br>> Subject: fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 20<br>> To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> Date: Thu, 21 Jan 2016 19:14:24 +0100<br>> <br>> Send fieldtrip mailing list submissions to<br>>       <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> <br>> To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>>       <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>>  <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><br>> <br>> You can reach the person managing the list at<br>>   <a href="mailto:fieldtrip-owner@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-owner@science.ru.nl</a><br>> <br>> When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>> than "Re: Contents of fieldtrip digest..."<br>> <br>> <br>> Today's Topics:<br>> <br>>    1. Re: fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 18 (Cristiano Micheli)<br>>    2. difficulty in loading BCI-IV-2a dataset into fieldtrip   for<br>>       preprocessing (Muhammad Naveed Iqbal Qureshi)<br>>    3. Re: fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 19 (saeed zahran)<br>> <br>> <br>> ----------------------------------------------------------------------<br>> <br>> Message: 1<br>> Date: Thu, 21 Jan 2016 12:06:13 +0100<br>> From: Cristiano Micheli <<a href="mailto:michelic72@gmail.com" target="_blank">michelic72@gmail.com</a>><br>> To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> Subject: Re: [FieldTrip] fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 18<br>> Message-ID:<br>>  <<a href="mailto:CADW7XCC0y_YAKLq48QEPPOo%2BMF0S0neT9ZjakmgbuhBHUVbD1g@mail.gmail.com" target="_blank">CADW7XCC0y_YAKLq48QEPPOo+MF0S0neT9ZjakmgbuhBHUVbD1g@mail.gmail.com</a>><br>> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> <br>> Hi Saeed,<br>> if the content of your triangulation connectivity matrices *skinf,<br>> uterusf, **uterinecontentf* is not made of integers you probably get the<br>> error you mentioned. Could this be the case?<br>> Out of curiosity, are you doing fetal recordings?<br>> <br>> Cris<br>> <br>> <br>> On Wed, Jan 20, 2016 at 6:37 PM, saeed zahran <<a href="mailto:saeedzahran@hotmail.com" target="_blank">saeedzahran@hotmail.com</a>><br>> wrote:<br>> <br>> > Dear Fieldtrip community,<br>> ><br>> > I define the volume conductor as:<br>> ><br>> > vol = [];<br>> > vol.bnd(1).pnt=skinpnt<br>> > vol.bnd(1).tri=skinf<br>> ><br>> >  vol.bnd(2).pnt=uteruspnt<br>> >  vol.bnd(2).tri=uterusf<br>> ><br>> >  vol.bnd(3).pnt=uterinecontentpnt<br>> >  vol.bnd(3).tri=uterinecontentf<br>> ><br>> >  vol.cond = c;<br>> ><br>> ><br>> > But it result with the below error:<br>> ><br>> > Subscript indices must either be real positive integers or logicals.<br>> ><br>> > Error in triangle4pt (line 57)<br>> >     sph_pnt = pnt([tri(jj,:) lv],:);<br>> ><br>> > Error in ft_headmodel_bemcp (line 101)<br>> > vol = triangle4pt(vol);<br>> ><br>> > Error in ft_prepare_headmodel (line 253)<br>> >       vol = ft_headmodel_bemcp(geometry, 'conductivity', cfg.conductivity);<br>> ><br>> > Error in openmeeg_eeg_leadfield_example_me (line 91)<br>> > vol = ft_prepare_headmodel(cfg, vol);<br>> ><br>> ><br>> > Thank you very much in advance for your help!<br>> ><br>> > Best regards<br>> > Saeed Zahran<br>> ><br>> > > From: <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><br>> > > Subject: fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 18<br>> > > To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > > Date: Wed, 20 Jan 2016 12:00:02 +0100<br>> > ><br>> > > Send fieldtrip mailing list submissions to<br>> > > <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > ><br>> > > To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>> > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>> > > <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><br>> > ><br>> > > You can reach the person managing the list at<br>> > > <a href="mailto:fieldtrip-owner@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-owner@science.ru.nl</a><br>> > ><br>> > > When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>> > > than "Re: Contents of fieldtrip digest..."<br>> > ><br>> > ><br>> > > Today's Topics:<br>> > ><br>> > > 1. Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> > > data recorded with EGI caps (Laith Hamid)<br>> > > 2. Re: Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> > > data recorded with EGI caps (Cristiano Micheli)<br>> > > 3. Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> > > data recorded with EGI caps (Laith Hamid)<br>> > > 4. Source Localisation (aishwarya selvaraj)<br>> > > 5. Re: Source Localisation (Hom?lle)<br>> > > 6. Re: plotting neighbours (victoria schroeder)<br>> > > 7. Re: Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> > > data recorded with EGI caps (Cristiano Micheli)<br>> > > 8. Re: Source Localisation (Munsif Jatoi)<br>> > > 9. problems with mri interpolation (Olga Sysoeva)<br>> > ><br>> > ><br>> > > ----------------------------------------------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 1<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 15:35:00 +0100<br>> > > From: Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>><br>> > > To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > > Subject: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > > 256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > > Message-ID: <<a href="mailto:0c2e8c0fa08db25ba3bb87c130fe0d7f@mail.uni-kiel.de" target="_blank">0c2e8c0fa08db25ba3bb87c130fe0d7f@mail.uni-kiel.de</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > Dear community,<br>> > ><br>> > > My name is Laith Hamid and I am working in the University Medical<br>> > > Complex of Schleswig-Holstein in Kiel on source analysis of epileptic<br>> > > spikes and seizures. Currently I am analysing an EEG data set that was<br>> > > recorded using a 256-channel EGI system and I wanted to ask whether you<br>> > > have a standard BEM or FEM head Subscript indices must either be real<br>> > positive integers or logicals.<br>> ><br>> > Error in triangle4pt (line 57)<br>> >     sph_pnt = pnt([tri(jj,:) lv],:);<br>> ><br>> > Error in ft_headmodel_bemcp (line 101)<br>> > vol = triangle4pt(vol);<br>> ><br>> > Error in ft_prepare_headmodel (line 253)<br>> >       vol = ft_headmodel_bemcp(geometry, 'conductivity', cfg.conductivity);<br>> ><br>> > Error in openmeeg_eeg_leadfield_example_me (line 91)<br>> > vol = ft_prepare_headmodel(cfg, vol);<br>> >  model that extends enough downwards to<br>> > > accomodate all 256 electrodes. The current standard BEM model in the<br>> > > template folder of Fieldtrip isn't appropriate for source analysis of<br>> > > 256-channel EGI data.<br>> > ><br>> > > Thank you very much in advance for your help!<br>> > ><br>> > > Best,<br>> > ><br>> > > Laith<br>> > ><br>> > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<br>> > <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/f8805c11/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/f8805c11/attachment-0001.html</a><br>> > ><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 2<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 16:16:54 +0100<br>> > > From: Cristiano Micheli <<a href="mailto:michelic72@gmail.com" target="_blank">michelic72@gmail.com</a>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > > 256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > > Message-ID:<br>> > > <<a href="mailto:CADW7XCCywrPeWqGTqfP6jWoeLuvBo52poPfRyAPy9__VvkbDLg@mail.gmail.com" target="_blank">CADW7XCCywrPeWqGTqfP6jWoeLuvBo52poPfRyAPy9__VvkbDLg@mail.gmail.com</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > ><br>> > > Dear Laith,<br>> > ><br>> > > thanks for your question. You could refer to a factory schematic layout<br>> > > such as the one in figure 4 of this publication:<br>> > > <a href="http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fnhum.2011.00159/abstract" target="_blank">http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fnhum.2011.00159/abstract</a><br>> > ><br>> > > and subsequently use the function ft_prepare_layout to manually track the<br>> > > points of the custom design on your own (if you dont want to wait for<br>> > > somebody from the FT to do the same for you).<br>> > ><br>> > > cfg = [];<br>> > > cfg.image = 'figure4_layout_256_Frontiers.png';<br>> > > lay = ft_prepare_layout(cfg);<br>> > ><br>> > > The following tutorial describes the procedure in more details:<br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/layout" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/layout</a><br>> > ><br>> > > Please do not hesitate to get in touch with me for this and other<br>> > matters.<br>> > ><br>> > > All the best<br>> > > Cris Micheli<br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > On Tue, Jan 19, 2016 at 3:35 PM, Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>><br>> > > wrote:<br>> > ><br>> > > > Dear community,<br>> > > ><br>> > > > My name is Laith Hamid and I am working in the University Medical<br>> > Complex<br>> > > > of Schleswig-Holstein in Kiel on source analysis of epileptic spikes<br>> > and<br>> > > > seizures. Currently I am analysing an EEG data set that was recorded<br>> > using<br>> > > > a 256-channel EGI system and I wanted to ask whether you have a<br>> > standard<br>> > > > BEM or FEM head model that extends enough downwards to accomodate all<br>> > 256<br>> > > > electrodes. The current standard BEM model in the template folder of<br>> > > > Fieldtrip isn't appropriate for source analysis of 256-channel EGI<br>> > data.<br>> > > ><br>> > > > Thank you very much in advance for your help!<br>> > > ><br>> > > > Best,<br>> > > ><br>> > > > Laith<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > _______________________________________________<br>> > > > fieldtrip mailing list<br>> > > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> > > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<br>> > <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/659988fa/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/659988fa/attachment-0001.html</a><br>> > ><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 3<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 17:41:48 +0100<br>> > > From: Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>><br>> > > To: Fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > > 256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > > Message-ID: <<a href="mailto:61e8cefadba890a26ecd0b9adf0bca9b@mail.uni-kiel.de" target="_blank">61e8cefadba890a26ecd0b9adf0bca9b@mail.uni-kiel.de</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > Dear Cris,<br>> > ><br>> > > thank you very much for your answer. I am refering to an issue that was<br>> > > discussed in this thread from April 2013:<br>> > ><br>> > > [FieldTrip] source analysis EEG data without MRI<br>> > ><br>> > > The thread however does not offer a segmentation or head model for<br>> > > download. Some electrodes in the EGI 256-electrodes cap are placed on<br>> > > the cheeks or on the back of the neck and these areas are not modeled by<br>> > > the standard BEM skin compartment in the standard BEM model. My question<br>> > > was about a standard segmentation that extends the skin (and skull)<br>> > > compartment downwards to allow these electrodes to sit on the nodes of<br>> > > the skin mesh.<br>> > ><br>> > > Best,<br>> > > Laith<br>> > ><br>> > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<br>> > <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/49665b0c/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/49665b0c/attachment-0001.html</a><br>> > ><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 4<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 16:52:55 +0000<br>> > > From: aishwarya selvaraj <<a href="mailto:aishwaryaselvaraj1708@gmail.com" target="_blank">aishwaryaselvaraj1708@gmail.com</a>><br>> > > To: "fieldtrip, donders" <<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>> > > Subject: [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > Message-ID: <<a href="mailto:3ff5de7a69704e8d9e873e3f94120ad7@EXPRD01.hosting.ru.nl" target="_blank">3ff5de7a69704e8d9e873e3f94120ad7@EXPRD01.hosting.ru.nl</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> > ><br>> > > Hi guys,<br>> > > I'm currently working on source localization of EEG signals .<br>> > > Im very new to it .<br>> > ><br>> > ><br>> > > Can Anyone provide any inputs ??<br>> > > It would be of great help .<br>> > ><br>> > > --<br>> > > Regards,<br>> > > Aishwarya<br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<br>> > <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/3459ed12/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/3459ed12/attachment-0001.html</a><br>> > ><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 5<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 17:06:13 +0000<br>> > > From: Hom?lle, S. (Simon) <<a href="mailto:S.Homolle@donders.ru.nl" target="_blank">S.Homolle@donders.ru.nl</a>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > Message-ID:<br>> > > <<a href="mailto:2247A6E8AF3DB04AAB11BDDD86B72F830335254E@exprd01.hosting.ru.nl" target="_blank">2247A6E8AF3DB04AAB11BDDD86B72F830335254E@exprd01.hosting.ru.nl</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>> > ><br>> > > Dear Aishwarya,<br>> > ><br>> > > Under <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial</a> there are several<br>> > tutorials about source reconstruction.<br>> > ><br>> > > My recommended start would be:<br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem</a><br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate</a><br>> > ><br>> > ><br>> > > Hopefully this provides you good start working with EEG source<br>> > reconstruction<br>> > ><br>> > > Best regards,<br>> > ><br>> > > Simon Hom?lle<br>> > > PhD Candidate<br>> > > Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<br>> > > Centre for Cognitive Neuroimaging<br>> > > Radboud University Nijmegen<br>> > > Phone: +31-(0)24-36-65059<br>> > > ________________________________<br>> > > From: <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a> [<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>]<br>> > on behalf of aishwarya selvaraj [<a href="mailto:aishwaryaselvaraj1708@gmail.com" target="_blank">aishwaryaselvaraj1708@gmail.com</a>]<br>> > > Sent: Tuesday, January 19, 2016 5:52 PM<br>> > > To: fieldtrip, donders<br>> > > Subject: [FieldTrip] Source Localisation<br>> > ><br>> > > Hi guys,<br>> > > I'm currently working on source localization of EEG signals .<br>> > > Im very new to it .<br>> > ><br>> > ><br>> > > Can Anyone provide any inputs ??<br>> > > It would be of great help .<br>> > ><br>> > > --<br>> > > Regards,<br>> > > Aishwarya<br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<br>> > <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/d2425227/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/d2425227/attachment-0001.html</a><br>> > ><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 6<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 17:49:21 +0000<br>> > > From: victoria schroeder <<a href="mailto:vic.schroeder2@gmail.com" target="_blank">vic.schroeder2@gmail.com</a>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] plotting neighbours<br>> > > Message-ID:<br>> > > <CAOWWpozcLgcLNqgF4rMrTRZ_=<a href="mailto:e8cYCvXgeY5ZJYXx_9YmWnJ_w@mail.gmail.com" target="_blank">e8cYCvXgeY5ZJYXx_9YmWnJ_w@mail.gmail.com</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > ><br>> > > Thank you very much Philipp and Tzvetan!<br>> > ><br>> > > Things have become much clearer now.<br>> > ><br>> > > I would like to follow up with a very related question. I am trying to<br>> > > replicate the analysis for the cluster based permutation test using the<br>> > > code and the data provided. However, i run into two problems here<br>> > ><br>> > > First, i get the following error if i use the original code:<br>> > > Attempted to access cfg.frequency(2); index out of bounds because<br>> > > numel(cfg.frequency)=1.<br>> > ><br>> > > Error in ft_freqstatistics (line 187)<br>> > > cfg.frequency = [max(cfg.frequency(1), fmin), min(cfg.frequency(2),<br>> > fmax)];<br>> > ><br>> > > Therefore , i change the input cfg.frequency=20 to cfg.frequency=[20 20].<br>> > > However, then no significant clusters are found. Which becomes clear when<br>> > > trying to plot the cluster or by looking at the output of<br>> > > ft_freqstatistics.<br>> > ><br>> > > Does the change in the code , change the output? How can i avoid the<br>> > error<br>> > > mentioned above and still get the same output from ft_freqstatistics as<br>> > the<br>> > > one provided on the webpage?<br>> > ><br>> > ><br>> > > The relevant section of the toturial is provided below.<br>> > > Thank you!<br>> > ><br>> > > Victoria<br>> > ><br>> > > Permutation test<br>> > ><br>> > > Now, run *ft_freqstatistics<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/reference/ft_freqstatistics" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/reference/ft_freqstatistics</a>>* to<br>> > compare<br>> > > freqFIC_planar_cmb and freqFC_planar_cmb. Except for the field<br>> > cfg.latency,<br>> > > the following configuration is identical to the configuration that was<br>> > used<br>> > > for comparing event-related averages in the cluster-based permutation<br>> > tests<br>> > > on event related fields tutorial<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock</a>>.<br>> > > Also see this tutorial<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock</a>><br>> > for<br>> > > a detailed explanation of all the configuration settings. You can read<br>> > more<br>> > > about the *ft_prepare_neighbours<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/reference/ft_prepare_neighbours" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/reference/ft_prepare_neighbours</a>>*<br>> > function<br>> > > in the FAQ's<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_does_ft_prepare_neighbours_work" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_does_ft_prepare_neighbours_work</a><br>> > >.<br>> > ><br>> > > To load the planar gradient TFRs (also available on the FieldTrip FTP<br>> > > servers,freqFIC_planar_cmb.mat<br>> > > <<br>> > <a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/cluster_permutation_freq/freqFIC_planar_cmb.mat" target="_blank">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/cluster_permutation_freq/freqFIC_planar_cmb.mat</a><br>> > ><br>> > > and freqFC_planar_cmb.mat<br>> > > <<br>> > <a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/cluster_permutation_freq/freqFC_planar_cmb.mat" target="_blank">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/cluster_permutation_freq/freqFC_planar_cmb.mat</a><br>> > >),<br>> > > use:<br>> > ><br>> > > load freqFIC_planar_cmb<br>> > > load freqFC_planar_cmb<br>> > ><br>> > > cfg = [];<br>> > > cfg.channel = {'MEG', '-MLP31', '-MLO12'};<br>> > > cfg.latency = 'all';<br>> > > cfg.frequency = 20;<br>> > > cfg.method = 'montecarlo';<br>> > > cfg.statistic = 'ft_statfun_indepsamplesT';<br>> > > cfg.correctm = 'cluster';<br>> > > cfg.clusteralpha = 0.05;<br>> > > cfg.clusterstatistic = 'maxsum';<br>> > > cfg.minnbchan = 2;<br>> > > cfg.tail = 0;<br>> > > cfg.clustertail = 0;<br>> > > cfg.alpha = 0.025;<br>> > > cfg.numrandomization = 500;<br>> > > % prepare_neighbours determines what sensors may form clusters<br>> > > cfg_neighb.method = 'distance';<br>> > > cfg.neighbours = ft_prepare_neighbours(cfg_neighb, dataFC);<br>> > ><br>> > > design = zeros(1,size(freqFIC_planar_cmb.powspctrm,1) +<br>> > > size(freqFC_planar_cmb.powspctrm,1));<br>> > > design(1,1:size(freqFIC_planar_cmb.powspctrm,1)) = 1;<br>> > ><br>> > design(1,(size(freqFIC_planar_cmb.powspctrm,1)+1):(size(freqFIC_planar_cmb.powspctrm,1)+...<br>> > > size(freqFC_planar_cmb.powspctrm,1))) = 2;<br>> > ><br>> > > cfg.design = design;<br>> > > cfg.ivar = 1;<br>> > ><br>> > > [stat] = ft_freqstatistics(cfg, freqFIC_planar_cmb, freqFC_planar_cmb);<br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > 2016-01-18 17:57 GMT+00:00 Tzvetan Popov <<a href="mailto:tzvetan.popov@uni-konstanz.de" target="_blank">tzvetan.popov@uni-konstanz.de</a><br>> > >:<br>> > ><br>> > > ><br>> > > > Hi Victoria,<br>> > > ><br>> > > > oopsy, I think I confused you dramatically. I?m sorry for this. You are<br>> > > > right I was only scrolling up to the part where the mags were<br>> > analyzed. As<br>> > > > for combining the MEG*2 and MEG*3 I was wrong there too. Of course you<br>> > can<br>> > > > threat them separately, as I was naively thinking as non-neuormag<br>> > user, but<br>> > > > indeed combination of both is recommended as I have now learned<br>> > :-)(thanks<br>> > > > Phillip). I ran the following steps and I guess this should work for<br>> > you.<br>> > > > best<br>> > > > tzvetan<br>> > > ><br>> > > > %%<br>> > > > cfg = [];<br>> > > > ComCon = ft_combineplanar(cfg,FreqCon);<br>> > > > %%<br>> > > > cfg = []<br>> > > > cfg.method = 'triangulation';<br>> > > > cfg.layout = 'neuromag306cmb.lay';<br>> > > > cfg.senstype = 'MEG';<br>> > > > neighbours = ft_prepare_neighbours(cfg, ComCon)<br>> > > > %%<br>> > > > % plot neighbours<br>> > > > cfg=[];<br>> > > > cfg.neighbours = neighbours;<br>> > > > cfg.layout = 'neuromag306cmb.lay';<br>> > > > ft_neighbourplot(cfg);<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > _______________________________________________<br>> > > > fieldtrip mailing list<br>> > > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> > > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<br>> > <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/de08d8f1/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/de08d8f1/attachment-0001.html</a><br>> > ><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 7<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 20:50:24 +0100<br>> > > From: Cristiano Micheli <<a href="mailto:michelic72@gmail.com" target="_blank">michelic72@gmail.com</a>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > > 256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > > Message-ID:<br>> > > <CADW7XCC8BvdVKRAEMw4Jt8v3T6zXjF2zHF_T_4h8ZkuvTbc=<a href="mailto:1Q@mail.gmail.com" target="_blank">1Q@mail.gmail.com</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > ><br>> > > Dear Laith,<br>> > ><br>> > > this might be possible if you have the subject-specific MRI by following<br>> > > the tutorial here:<br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem</a><br>> > ><br>> > > and using the function ft_prepare_mesh and the tutorial command:<br>> > ><br>> > > cfg=[];<br>> > > cfg.tissue={'brain','skull','scalp'};<br>> > > cfg.numvertices = [3000 2000 1000];<br>> > > bnd=ft_prepare_mesh(cfg,segmentedmri);<br>> > ><br>> > ><br>> > > which uses the segmented MRI (see tutorial). The bnd(3) variable should<br>> > > contain your triangulated surface with 1000 vertices. Let me know if that<br>> > > works. Of course you should see the skin and the neck in the original<br>> > MRI.<br>> > ><br>> > > If you do not have an anatomical MRI that extends down to the chin you<br>> > > could try with a template, such as this:<br>> > ><br>> > <a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/beamformer_extended/subjectK.mri" target="_blank">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/beamformer_extended/subjectK.mri</a><br>> > > and the corresponding segmented version<br>> > ><br>> > <a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/beamformer_extended/segmentedmri.mat" target="_blank">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/beamformer_extended/segmentedmri.mat</a><br>> > ><br>> > > This goes down to the chin. Then you take care of rearranging the<br>> > position<br>> > > of the EEG electrodes according to this:<br>> > ><br>> > ><br>> > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/example/align_eeg_electrode_positions_to_bem_headmodel" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/example/align_eeg_electrode_positions_to_bem_headmodel</a><br>> > ><br>> > > I hope this helped<br>> > > Cris<br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > On Tue, Jan 19, 2016 at 5:41 PM, Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>><br>> > > wrote:<br>> > ><br>> > > > Dear Cris,<br>> > > ><br>> > > > thank you very much for your answer. I am refering to an issue that was<br>> > > > discussed in this thread from April 2013:<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > [FieldTrip] source analysis EEG data without MRI<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > The thread however does not offer a segmentation or head model for<br>> > > > download. Some electrodes in the EGI 256-electrodes cap are placed on<br>> > the<br>> > > > cheeks or on the back of the neck and these areas are not modeled by<br>> > the<br>> > > > standard BEM skin compartment in the standard BEM model. My question<br>> > was<br>> > > > about a standard segmentation that extends the skin (and skull)<br>> > compartment<br>> > > > downwards to allow these electrodes to sit on the nodes of the skin<br>> > mesh.<br>> > > ><br>> > > > Best,<br>> > > > Laith<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > _______________________________________________<br>> > > > fieldtrip mailing list<br>> > > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> > > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<br>> > <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/0e42f0b5/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/0e42f0b5/attachment-0001.html</a><br>> > ><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 8<br>> > > Date: Wed, 20 Jan 2016 12:17:12 +0800<br>> > > From: Munsif Jatoi <<a href="mailto:munsif.jatoi@gmail.com" target="_blank">munsif.jatoi@gmail.com</a>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > Message-ID:<br>> > > <CAHnJ=<a href="mailto:SUHe84yNDVnTLKhGdJBri0mvOdbU0rPqM-Z3-0Gv71Ycg@mail.gmail.com" target="_blank">SUHe84yNDVnTLKhGdJBri0mvOdbU0rPqM-Z3-0Gv71Ycg@mail.gmail.com</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > ><br>> > > Dear Aishwarya,<br>> > ><br>> > > Please refer to main help tutorials.<br>> > ><br>> > > Also, you can find out the survey papers written in this area. For more,<br>> > > SPM website can provide good help.<br>> > ><br>> > > Best,<br>> > > Munsif.<br>> > ><br>> > > On Wed, Jan 20, 2016 at 1:06 AM, Hom?lle, S. (Simon) <<br>> > > <a href="mailto:S.Homolle@donders.ru.nl" target="_blank">S.Homolle@donders.ru.nl</a>> wrote:<br>> > ><br>> > > > Dear Aishwarya,<br>> > > ><br>> > > > Under <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial</a> there are several<br>> > > > tutorials about source reconstruction.<br>> > > ><br>> > > > My recommended start would be:<br>> > > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem</a><br>> > > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate</a><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > Hopefully this provides you good start working with EEG source<br>> > > > reconstruction<br>> > > ><br>> > > > Best regards,<br>> > > ><br>> > > > Simon Hom?lle<br>> > > > PhD Candidate<br>> > > > Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<br>> > > > Centre for Cognitive Neuroimaging<br>> > > > Radboud University Nijmegen<br>> > > > Phone: +31-(0)24-36-65059<br>> > > > ------------------------------<br>> > > > *From:* <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a> [<br>> > <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>]<br>> > > > on behalf of aishwarya selvaraj [<a href="mailto:aishwaryaselvaraj1708@gmail.com" target="_blank">aishwaryaselvaraj1708@gmail.com</a>]<br>> > > > *Sent:* Tuesday, January 19, 2016 5:52 PM<br>> > > > *To:* fieldtrip, donders<br>> > > > *Subject:* [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > ><br>> > > > Hi guys,<br>> > > > I'm currently working on source localization of EEG signals .<br>> > > > Im very new to it .<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > Can Anyone provide any inputs ??<br>> > > > It would be of great help .<br>> > > ><br>> > > > --<br>> > > > Regards,<br>> > > > Aishwarya<br>> > > ><br>> > > > _______________________________________________<br>> > > > fieldtrip mailing list<br>> > > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> > > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > ><br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > --<br>> > > Munsif Ali H.Jatoi,<br>> > ><br>> > > Ph D Scholar,<br>> > > Centre for Intelligent Signals and Imaging Research,<br>> > > Universiti Teknologi PETRONAS,<br>> > > Malaysia.<br>> > ><br>> > > <a href="http://scholar.google.com.my/citations?user=Y6g6jOAAAAAJ&hl=en" target="_blank">http://scholar.google.com.my/citations?user=Y6g6jOAAAAAJ&hl=en</a><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<br>> > <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/4f6391e8/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/4f6391e8/attachment-0001.html</a><br>> > ><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 9<br>> > > Date: Wed, 20 Jan 2016 13:36:16 +0300<br>> > > From: Olga Sysoeva <<a href="mailto:olga.v.sysoeva@gmail.com" target="_blank">olga.v.sysoeva@gmail.com</a>><br>> > > To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > > Subject: [FieldTrip] problems with mri interpolation<br>> > > Message-ID:<br>> > > <<a href="mailto:CADtsnVcJLhrPPfq-P1Htj-RmfgzDDgqNhr8vsAoJ2mxxCV7seQ@mail.gmail.com" target="_blank">CADtsnVcJLhrPPfq-P1Htj-RmfgzDDgqNhr8vsAoJ2mxxCV7seQ@mail.gmail.com</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > ><br>> > > Dear Fieldtrippers,<br>> > ><br>> > ><br>> > > I'm encounter the problem with MRI interpolation and reslicing using<br>> > ><br>> > > FT_VOLUMERESLICE.<br>> > ><br>> > > I have read my MRI from fif.file and this mri variable contains<br>> > ><br>> > > mri_K0012.unit, 'm'<br>> > ><br>> > > mri_K0012.dim, [432, 512, 180]<br>> > ><br>> > > mri_K0012.anatomy, <432, 512, 180 int16><br>> > ><br>> > > mri_K0012.hdr, (1*1 structure)<br>> > ><br>> > > mri_K0012.transform, (4*4 double)<br>> > ><br>> > > mri_K0012.coordsys 'neuromag'.<br>> > ><br>> > ><br>> > > Than I used<br>> > ><br>> > ><br>> > > mri = ft_volumereslice([], mri);<br>> > ><br>> > ><br>> > > the output is<br>> > ><br>> > ><br>> > > ?the input is volume data with dimensions [432<br>> > > 512 180]<br>> > ><br>> > > reslicing from [432 512 180] to [256 256 256]<br>> > ><br>> > > the input is volume data with dimensions [256<br>> > > 256 256]<br>> > ><br>> > > the input is volume data with dimensions [432<br>> > > 512 180]<br>> > ><br>> > > selecting subvolume of 0.0%<br>> > ><br>> > > reslicing and interpolating anatomy<br>> > ><br>> > > interpolating<br>> > ><br>> > > ??? Attempted to access sel(1); index out of<br>> > > bounds because numel(sel)=0.<br>> > ><br>> > ><br>> > > Error in ==> ft_sourceinterpolate>my_interpn<br>> > > at 663<br>> > ><br>> > > ft_progress(sel(1)/num, 'interpolating<br>> > > %.1f%%\n', 100*sel(1)/num);<br>> > ><br>> > ><br>> > > Error in ==> ft_sourceinterpolate at 583<br>> > ><br>> > > av( sel) = my_interpn(fv, ax(sel),<br>> > > ay(sel), az(sel), cfg.interpmethod,<br>> > ><br>> > > cfg.feedback);<br>> > ><br>> > ><br>> > > Error in ==> ft_volumereslice at 176<br>> > ><br>> > > resliced = ft_sourceinterpolate(tmpcfg, mri,<br>> > > resliced);?<br>> > ><br>> > ><br>> > > I'm using matlab 7.6.0 (R2008a) and recently<br>> > > downloaded fieltrip (also in my previous version of 2013 the error<br>> > > was the same).<br>> > ><br>> > ><br>> > > I'd be thankful for the comments.<br>> > ><br>> > ><br>> > > Best Regards,<br>> > ><br>> > > Olga.<br>> > ><br>> > > P.S.Actually, I can project my sources<br>> > > meaningfully into not interpolated MRI, altoough the images are<br>> > > plotted upside down.<br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<br>> > <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/653068d3/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/653068d3/attachment-0001.html</a><br>> > ><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > _______________________________________________<br>> > > fieldtrip mailing list<br>> > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > ><br>> > > End of fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 18<br>> > > *****************************************<br>> ><br>> > _______________________________________________<br>> > fieldtrip mailing list<br>> > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> ><br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160121/5f4a716a/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160121/5f4a716a/attachment-0001.html</a>><br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> Message: 2<br>> Date: Thu, 21 Jan 2016 21:59:06 +0900<br>> From: "Muhammad Naveed Iqbal Qureshi" <<a href="mailto:mniqureshi@gist.ac.kr" target="_blank">mniqureshi@gist.ac.kr</a>><br>> To: <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> Subject: [FieldTrip] difficulty in loading BCI-IV-2a dataset into<br>>   fieldtrip       for preprocessing<br>> Message-ID: <000b01d1544b$8323d8e0$896b8aa0$@<a href="http://gist.ac.kr" target="_blank">gist.ac.kr</a>><br>> Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> <br>> Hi, <br>> <br>>  <br>> <br>> I am using BCI competition IV dataset 2a for my experiment.<br>> <br>> I want to preprocess it with field trip. <br>> <br>>  <br>> <br>> I have written the following code for this task.<br>> <br>>  <br>> <br>> addpath(genpath('E:\bbci_data\fieldtrip-20160118\fieldtrip-20160118'));<br>> <br>> cd 'E:\bbci_data\BCICIV_2a_gdf\';<br>> <br>>  <br>> <br>> %% Field Trip preprocessing code<br>> <br>> for i=1:9<br>> <br>> file=num2str(i);<br>> <br>> file=strcat('A0',file,'T.gdf');  <br>> <br>> cfg = [];<br>> <br>> cfg.dataset = file ;<br>> <br>> cfg.trialdef.eventtype = 'Stimulus';<br>> <br>> cfg.trialdef.eventvalue = {'left', 'right', 'both feet', 'tongue'};<br>> <br>> cfg.trialdef.triallength = 8;                      % duration in seconds<br>> <br>> cfg.trialdef.ntrials     = inf;                    % number of trials, inf<br>> results in as many as possible<br>> <br>> cfg.trialdef.prestim = 3;<br>> <br>> cfg.trialdef.poststim = 6;<br>> <br>> cfg = ft_definetrial(cfg);<br>> <br>>  <br>> <br>>       cfg.bpfilter = 'yes';<br>> <br>>       cfg.bpfreq = [0.5 100];<br>> <br>>       cfg.bpfilttype = 'but';<br>> <br>>       cfg.bpfiltord = 5;<br>> <br>>       cfg.demean = 'yes';<br>> <br>>       cfg.detrend = 'yes';<br>> <br>>       trialdata_EO{i} = ft_preprocessing(cfg);<br>> <br>> end<br>> <br>>  <br>> <br>> However, this code does not import the event and trigger information from<br>> the header file of the data.<br>> <br>> I will be highly obliged if anyone can help me in this regard.<br>> <br>>  <br>> <br>> Thank in advance.<br>> <br>>  <br>> <br>> Best Regards,<br>> Muhammad Naveed Iqbal Qureshi<br>> <br>> <br>> <br>>  <br>> <br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160121/1dbb2d2d/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160121/1dbb2d2d/attachment-0001.html</a>><br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> Message: 3<br>> Date: Thu, 21 Jan 2016 20:14:01 +0200<br>> From: saeed zahran <<a href="mailto:saeedzahran@hotmail.com" target="_blank">saeedzahran@hotmail.com</a>><br>> To: "<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>" <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> Subject: Re: [FieldTrip] fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 19<br>> Message-ID: <DUB125-W30A23224F6DFC1BFBEED32B7C30@phx.gbl><br>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>> <br>> Thank you Jan and Cristiano;<br>> <br>> I downloaded another version of Fieldtrip thus the below error disappear:<br>> Error in triangle4pt (line 57)<br>> sph_pnt = pnt([tri(jj,:) lv],:);<br>> <br>> But now I have another error:<br>> <br>> Error using surface_nesting (line 26)<br>> the compartment nesting cannot be determined<br>> <br>> Error in ft_headmodel_bemcp (line 66)<br>> order = surface_nesting(vol.bnd, 'insidefirst');<br>> <br>> Error in ft_prepare_headmodel (line 253)<br>>       vol = ft_headmodel_bemcp(geometry, 'conductivity', cfg.conductivity);<br>> <br>> Error in openmeeg_eeg_leadfield_example (line 100)<br>> vol = ft_prepare_headmodel(cfg, vol);<br>> Thank you for any suggestion<br>> <br>> Cristiano, I record the contraction of the uterus;<br>> <br>> <br>> Best regards<br>> Saeed Zahran<br>> <br>> > From: <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><br>> > Subject: fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 19<br>> > To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > Date: Thu, 21 Jan 2016 12:00:02 +0100<br>> > <br>> > Send fieldtrip mailing list submissions to<br>> >  <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > <br>> > To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>> >        <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>> >        <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><br>> > <br>> > You can reach the person managing the list at<br>> >    <a href="mailto:fieldtrip-owner@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-owner@science.ru.nl</a><br>> > <br>> > When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>> > than "Re: Contents of fieldtrip digest..."<br>> > <br>> > <br>> > Today's Topics:<br>> > <br>> >    1. Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> >       data recorded with EGI caps (Laith Hamid)<br>> >    2. Re: Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> >       data recorded with EGI caps (Laith Hamid) (RICHARDS, JOHN)<br>> >    3. Re: fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 18 (saeed zahran)<br>> >    4. Re: fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 18<br>> >       (Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs))<br>> > <br>> > <br>> > ----------------------------------------------------------------------<br>> > <br>> > Message: 1<br>> > Date: Wed, 20 Jan 2016 13:39:30 +0100<br>> > From: Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>><br>> > To: Fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > Subject: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> >      256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > Message-ID: <<a href="mailto:5ee6eeedb5d8a3a42f96840711d87ef1@mail.uni-kiel.de" target="_blank">5ee6eeedb5d8a3a42f96840711d87ef1@mail.uni-kiel.de</a>><br>> > Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> > <br>> >  <br>> > <br>> > Dear Cris,<br>> > <br>> > thank you very much for your answers yesterday. The segmentedmri<br>> > contained 'white', 'grey' and 'csf' so I needed to repeat the<br>> > segmentation using 'brain', 'skull' and 'scalp' as described in the<br>> > tutorial "Creating a BEM volume conduction model of the head for<br>> > source-reconstruction of EEG data" and everything worked smoothly<br>> > afterwards. The problem is solved now.<br>> > <br>> > Best,<br>> > Laith <br>> > <br>> >  <br>> > -------------- next part --------------<br>> > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/e700c8d6/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/e700c8d6/attachment-0001.html</a>><br>> > <br>> > ------------------------------<br>> > <br>> > Message: 2<br>> > Date: Wed, 20 Jan 2016 14:39:13 +0000<br>> > From: "RICHARDS, JOHN" <<a href="mailto:RICHARDS@mailbox.sc.edu" target="_blank">RICHARDS@mailbox.sc.edu</a>><br>> > To: "<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>" <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>>,<br>> >       "<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>" <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>><br>> > Subject: Re: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> >        256-electrode EEG data recorded with EGI caps (Laith Hamid)<br>> > Message-ID: <<a href="mailto:D0C0492E-CD7A-43AA-960D-189E95D5309B@mailbox.sc.edu" target="_blank">D0C0492E-CD7A-43AA-960D-189E95D5309B@mailbox.sc.edu</a>><br>> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > <br>> > Laith:<br>> > <br>> > I have a ?neurodevelopmental MRI database? (Richards, Sanchez et al., 2015; see my www site) that has average MRI templates that could be used.  Each average has the whole head down to about the top of the neck.  I did these purposely since I use EEG recording and the MNI template did not even go down far enough for the EGI 128 channel net.  <br>> > <br>> > The database has average MRI templates for head (T1, T2) and brain.  I also have FEM segmented heads for the entire head that could be used for this.  Additionally, I have BEM segmented heads (e.g., brain, csf, skull, scalp), but ironically, I cut these off about 10% below the EGI 128 channel electrodes.  However, you could use the three inner compartments for this and just add the rest of the head below the compartment?or use the whole-head FEM as is for a FEM-model, or use the segmented area below the skull for a whole-head BEM model.  I also have average 128-channel EGI electrodes for each template.<br>> > <br>> > Additionally, the ?developmental? part of the ?neurodevelopmental MRI database? is that I have these for a wide range of ages (all ages?).  I have a average for young adults (20-24 yrs), and average templates and FEM/BEM models for groups from 3 months through adulthood, and into late adulthood. So if you have specific neuro-pediatric applications you might be interested in using an age appropriate MRI average template rather than an adult template.  <br>> > <br>> > See my www site for journal article references re this, and <a href="http://jerlab.psych.sc.edu/NeurodevelopmentalMRIDatabase/" target="_blank">http://jerlab.psych.sc.edu/NeurodevelopmentalMRIDatabase/</a><br>> > <br>> > Finally?  I have been using these head models for FT-based FEM and BEM models.  Possibly some of the actually field trip models I have would be useful to you.  Some of the parts of the model do not use the electrodes (e.g., grid-dipoles, head-model) whereas the final models (leadfield) requires the electrode locations. The database also includes ?virtual? electrodes for the 10-10 system, which might be used to generate the 256 channel locations by knowing the relation between the 10-10 system and the EGI system based on EGI ELP files for the 256 channels.<br>> > <br>> > John<br>> > <br>> > ***********************************************<br>> > John E. Richards Carolina Distinguished Professor<br>> > Department of Psychology<br>> > University of South Carolina<br>> > Columbia, SC  29208<br>> > Dept Phone: 803 777 2079<br>> > Fax: 803 777 9558<br>> > Email: <a href="mailto:richards-john@sc.edu" target="_blank">richards-john@sc.edu</a><br>> > HTTP: <a href="http://jerlab.psych.sc.edu" target="_blank">jerlab.psych.sc.edu</a><br>> > ***********************************************<br>> > <br>> > <br>> > <br>> > <br>> > >----------------------------------------------------------------------<br>> > ><br>> > >Message: 1<br>> > >Date: Tue, 19 Jan 2016 15:35:00 +0100<br>> > >From: Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>><br>> > >To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > >Subject: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > >       256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > >Message-ID: <<a href="mailto:0c2e8c0fa08db25ba3bb87c130fe0d7f@mail.uni-kiel.de" target="_blank">0c2e8c0fa08db25ba3bb87c130fe0d7f@mail.uni-kiel.de</a>><br>> > >Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> > ><br>> > > <br>> > ><br>> > >Dear community, <br>> > ><br>> > >My name is Laith Hamid and I am working in the University Medical<br>> > >Complex of Schleswig-Holstein in Kiel on source analysis of epileptic<br>> > >spikes and seizures. Currently I am analysing an EEG data set that was<br>> > >recorded using a 256-channel EGI system and I wanted to ask whether you<br>> > >have a standard BEM or FEM head model that extends enough downwards to<br>> > >accomodate all 256 electrodes. The current standard BEM model in the<br>> > >template folder of Fieldtrip isn't appropriate for source analysis of<br>> > >256-channel EGI data. <br>> > ><br>> > >Thank you very much in advance for your help! <br>> > ><br>> > >Best, <br>> > ><br>> > >Laith<br>> > <br>> > <br>> > <br>> > ------------------------------<br>> > <br>> > Message: 3<br>> > Date: Wed, 20 Jan 2016 19:37:32 +0200<br>> > From: saeed zahran <<a href="mailto:saeedzahran@hotmail.com" target="_blank">saeedzahran@hotmail.com</a>><br>> > To: "<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>" <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > Subject: Re: [FieldTrip] fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 18<br>> > Message-ID: <DUB125-W5597106FD75ADF3E7BD054B7C20@phx.gbl><br>> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>> > <br>> > Dear Fieldtrip community,<br>> > <br>> > I define the volume conductor as:<br>> > <br>> > vol = [];<br>> > vol.bnd(1).pnt=skinpnt<br>> > vol.bnd(1).tri=skinf<br>> >  <br>> >  vol.bnd(2).pnt=uteruspnt<br>> >  vol.bnd(2).tri=uterusf<br>> >  <br>> >  vol.bnd(3).pnt=uterinecontentpnt<br>> >  vol.bnd(3).tri=uterinecontentf<br>> >  <br>> >  vol.cond = c;<br>> > <br>> > <br>> > But it result with the below error:<br>> > <br>> > Subscript indices must either be real positive integers or logicals.<br>> > <br>> > Error in triangle4pt (line 57)<br>> >     sph_pnt = pnt([tri(jj,:) lv],:);<br>> > <br>> > Error in ft_headmodel_bemcp (line 101)<br>> > vol = triangle4pt(vol);<br>> > <br>> > Error in ft_prepare_headmodel (line 253)<br>> >       vol = ft_headmodel_bemcp(geometry, 'conductivity', cfg.conductivity);<br>> > <br>> > Error in openmeeg_eeg_leadfield_example_me (line 91)<br>> > vol = ft_prepare_headmodel(cfg, vol);<br>> >  <br>> > <br>> > Thank you very much in advance for your help! <br>> > <br>> > Best regards<br>> > Saeed Zahran<br>> > <br>> > > From: <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><br>> > > Subject: fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 18<br>> > > To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > > Date: Wed, 20 Jan 2016 12:00:02 +0100<br>> > > <br>> > > Send fieldtrip mailing list submissions to<br>> > >   <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > > <br>> > > To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>> > >         <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>> > >      <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><br>> > > <br>> > > You can reach the person managing the list at<br>> > >     <a href="mailto:fieldtrip-owner@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-owner@science.ru.nl</a><br>> > > <br>> > > When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>> > > than "Re: Contents of fieldtrip digest..."<br>> > > <br>> > > <br>> > > Today's Topics:<br>> > > <br>> > >    1. Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> > >       data recorded with EGI caps (Laith Hamid)<br>> > >    2. Re: Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> > >       data recorded with EGI caps (Cristiano Micheli)<br>> > >    3. Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> > >       data recorded with EGI caps (Laith Hamid)<br>> > >    4. Source Localisation (aishwarya selvaraj)<br>> > >    5. Re: Source Localisation (Hom?lle)<br>> > >    6. Re: plotting neighbours (victoria schroeder)<br>> > >    7. Re: Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> > >       data recorded with EGI caps (Cristiano Micheli)<br>> > >    8. Re: Source Localisation (Munsif Jatoi)<br>> > >    9. problems with mri interpolation (Olga Sysoeva)<br>> > > <br>> > > <br>> > > ----------------------------------------------------------------------<br>> > > <br>> > > Message: 1<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 15:35:00 +0100<br>> > > From: Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>><br>> > > To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > > Subject: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > >     256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > > Message-ID: <<a href="mailto:0c2e8c0fa08db25ba3bb87c130fe0d7f@mail.uni-kiel.de" target="_blank">0c2e8c0fa08db25ba3bb87c130fe0d7f@mail.uni-kiel.de</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> > > <br>> > >  <br>> > > <br>> > > Dear community, <br>> > > <br>> > > My name is Laith Hamid and I am working in the University Medical<br>> > > Complex of Schleswig-Holstein in Kiel on source analysis of epileptic<br>> > > spikes and seizures. Currently I am analysing an EEG data set that was<br>> > > recorded using a 256-channel EGI system and I wanted to ask whether you<br>> > > have a standard BEM or FEM head Subscript indices must either be real positive integers or logicals.<br>> > <br>> > Error in triangle4pt (line 57)<br>> >     sph_pnt = pnt([tri(jj,:) lv],:);<br>> > <br>> > Error in ft_headmodel_bemcp (line 101)<br>> > vol = triangle4pt(vol);<br>> > <br>> > Error in ft_prepare_headmodel (line 253)<br>> >       vol = ft_headmodel_bemcp(geometry, 'conductivity', cfg.conductivity);<br>> > <br>> > Error in openmeeg_eeg_leadfield_example_me (line 91)<br>> > vol = ft_prepare_headmodel(cfg, vol);<br>> >  model that extends enough downwards to<br>> > > accomodate all 256 electrodes. The current standard BEM model in the<br>> > > template folder of Fieldtrip isn't appropriate for source analysis of<br>> > > 256-channel EGI data. <br>> > > <br>> > > Thank you very much in advance for your help! <br>> > > <br>> > > Best, <br>> > > <br>> > > Laith <br>> > > <br>> > >  <br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/f8805c11/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/f8805c11/attachment-0001.html</a>><br>> > > <br>> > > ------------------------------<br>> > > <br>> > > Message: 2<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 16:16:54 +0100<br>> > > From: Cristiano Micheli <<a href="mailto:michelic72@gmail.com" target="_blank">michelic72@gmail.com</a>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > >   256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > > Message-ID:<br>> > >       <<a href="mailto:CADW7XCCywrPeWqGTqfP6jWoeLuvBo52poPfRyAPy9__VvkbDLg@mail.gmail.com" target="_blank">CADW7XCCywrPeWqGTqfP6jWoeLuvBo52poPfRyAPy9__VvkbDLg@mail.gmail.com</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > > <br>> > > Dear Laith,<br>> > > <br>> > > thanks for your question. You could refer to a factory schematic layout<br>> > > such as the one in figure 4 of this publication:<br>> > > <a href="http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fnhum.2011.00159/abstract" target="_blank">http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fnhum.2011.00159/abstract</a><br>> > > <br>> > > and subsequently use the function ft_prepare_layout to manually track the<br>> > > points of the custom design on your own (if you dont want to wait for<br>> > > somebody from the FT to do the same for you).<br>> > > <br>> > > cfg = [];<br>> > > cfg.image = 'figure4_layout_256_Frontiers.png';<br>> > > lay = ft_prepare_layout(cfg);<br>> > > <br>> > > The following tutorial describes the procedure in more details:<br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/layout" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/layout</a><br>> > > <br>> > > Please do not hesitate to get in touch with me for this and other matters.<br>> > > <br>> > > All the best<br>> > > Cris Micheli<br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > On Tue, Jan 19, 2016 at 3:35 PM, Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>><br>> > > wrote:<br>> > > <br>> > > > Dear community,<br>> > > ><br>> > > > My name is Laith Hamid and I am working in the University Medical Complex<br>> > > > of Schleswig-Holstein in Kiel on source analysis of epileptic spikes and<br>> > > > seizures. Currently I am analysing an EEG data set that was recorded using<br>> > > > a 256-channel EGI system and I wanted to ask whether you have a standard<br>> > > > BEM or FEM head model that extends enough downwards to accomodate all 256<br>> > > > electrodes. The current standard BEM model in the template folder of<br>> > > > Fieldtrip isn't appropriate for source analysis of 256-channel EGI data.<br>> > > ><br>> > > > Thank you very much in advance for your help!<br>> > > ><br>> > > > Best,<br>> > > ><br>> > > > Laith<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > _______________________________________________<br>> > > > fieldtrip mailing list<br>> > > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> > > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/659988fa/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/659988fa/attachment-0001.html</a>><br>> > > <br>> > > ------------------------------<br>> > > <br>> > > Message: 3<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 17:41:48 +0100<br>> > > From: Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>><br>> > > To: Fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > >     256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > > Message-ID: <<a href="mailto:61e8cefadba890a26ecd0b9adf0bca9b@mail.uni-kiel.de" target="_blank">61e8cefadba890a26ecd0b9adf0bca9b@mail.uni-kiel.de</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> > > <br>> > >  <br>> > > <br>> > > Dear Cris,<br>> > > <br>> > > thank you very much for your answer. I am refering to an issue that was<br>> > > discussed in this thread from April 2013: <br>> > > <br>> > > [FieldTrip] source analysis EEG data without MRI <br>> > > <br>> > > The thread however does not offer a segmentation or head model for<br>> > > download. Some electrodes in the EGI 256-electrodes cap are placed on<br>> > > the cheeks or on the back of the neck and these areas are not modeled by<br>> > > the standard BEM skin compartment in the standard BEM model. My question<br>> > > was about a standard segmentation that extends the skin (and skull)<br>> > > compartment downwards to allow these electrodes to sit on the nodes of<br>> > > the skin mesh.<br>> > > <br>> > > Best,<br>> > > Laith <br>> > > <br>> > >  <br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/49665b0c/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/49665b0c/attachment-0001.html</a>><br>> > > <br>> > > ------------------------------<br>> > > <br>> > > Message: 4<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 16:52:55 +0000<br>> > > From: aishwarya selvaraj <<a href="mailto:aishwaryaselvaraj1708@gmail.com" target="_blank">aishwaryaselvaraj1708@gmail.com</a>><br>> > > To: "fieldtrip, donders" <<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>> > > Subject: [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > Message-ID: <<a href="mailto:3ff5de7a69704e8d9e873e3f94120ad7@EXPRD01.hosting.ru.nl" target="_blank">3ff5de7a69704e8d9e873e3f94120ad7@EXPRD01.hosting.ru.nl</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> > > <br>> > > Hi guys,<br>> > > I'm currently working on source localization of EEG signals .<br>> > > Im very new  to it .<br>> > > <br>> > > <br>> > > Can Anyone provide any inputs ??<br>> > > It would be of great help .<br>> > > <br>> > > --<br>> > > Regards,<br>> > > Aishwarya<br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/3459ed12/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/3459ed12/attachment-0001.html</a>><br>> > > <br>> > > ------------------------------<br>> > > <br>> > > Message: 5<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 17:06:13 +0000<br>> > > From: Hom?lle, S. (Simon) <<a href="mailto:S.Homolle@donders.ru.nl" target="_blank">S.Homolle@donders.ru.nl</a>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > Message-ID:<br>> > >   <<a href="mailto:2247A6E8AF3DB04AAB11BDDD86B72F830335254E@exprd01.hosting.ru.nl" target="_blank">2247A6E8AF3DB04AAB11BDDD86B72F830335254E@exprd01.hosting.ru.nl</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>> > > <br>> > > Dear Aishwarya,<br>> > > <br>> > > Under <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial</a> there are several tutorials about source reconstruction.<br>> > > <br>> > > My recommended start would be:<br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem</a><br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate</a><br>> > > <br>> > > <br>> > > Hopefully this provides you good start working with EEG source reconstruction<br>> > > <br>> > > Best regards,<br>> > > <br>> > > Simon Hom?lle<br>> > > PhD Candidate<br>> > > Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<br>> > > Centre for Cognitive Neuroimaging<br>> > > Radboud University Nijmegen<br>> > > Phone: +31-(0)24-36-65059<br>> > > ________________________________<br>> > > From: <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a> [<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>] on behalf of aishwarya selvaraj [<a href="mailto:aishwaryaselvaraj1708@gmail.com" target="_blank">aishwaryaselvaraj1708@gmail.com</a>]<br>> > > Sent: Tuesday, January 19, 2016 5:52 PM<br>> > > To: fieldtrip, donders<br>> > > Subject: [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > <br>> > > Hi guys,<br>> > > I'm currently working on source localization of EEG signals .<br>> > > Im very new  to it .<br>> > > <br>> > > <br>> > > Can Anyone provide any inputs ??<br>> > > It would be of great help .<br>> > > <br>> > > --<br>> > > Regards,<br>> > > Aishwarya<br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/d2425227/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/d2425227/attachment-0001.html</a>><br>> > > <br>> > > ------------------------------<br>> > > <br>> > > Message: 6<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 17:49:21 +0000<br>> > > From: victoria schroeder <<a href="mailto:vic.schroeder2@gmail.com" target="_blank">vic.schroeder2@gmail.com</a>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] plotting neighbours<br>> > > Message-ID:<br>> > >  <CAOWWpozcLgcLNqgF4rMrTRZ_=<a href="mailto:e8cYCvXgeY5ZJYXx_9YmWnJ_w@mail.gmail.com" target="_blank">e8cYCvXgeY5ZJYXx_9YmWnJ_w@mail.gmail.com</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > > <br>> > > Thank you very much Philipp and Tzvetan!<br>> > > <br>> > > Things have become much clearer now.<br>> > > <br>> > > I would like to follow up with a very related question. I am trying to<br>> > > replicate the analysis for the cluster based permutation test using the<br>> > > code and the data provided. However, i run into two problems here<br>> > > <br>> > > First, i get the following error if i use the original code:<br>> > > Attempted to access cfg.frequency(2); index out of bounds because<br>> > > numel(cfg.frequency)=1.<br>> > > <br>> > > Error in ft_freqstatistics (line 187)<br>> > > cfg.frequency = [max(cfg.frequency(1), fmin), min(cfg.frequency(2), fmax)];<br>> > > <br>> > > Therefore , i change the input cfg.frequency=20 to cfg.frequency=[20 20].<br>> > > However, then no significant clusters are found. Which becomes clear when<br>> > > trying to plot the cluster or by looking at the output of<br>> > > ft_freqstatistics.<br>> > > <br>> > > Does the change in the code , change the output? How can i avoid the error<br>> > > mentioned above and still get the same output from ft_freqstatistics as the<br>> > > one provided on the webpage?<br>> > > <br>> > > <br>> > > The relevant section of the toturial is provided below.<br>> > > Thank you!<br>> > > <br>> > > Victoria<br>> > > <br>> > > Permutation test<br>> > > <br>> > > Now, run *ft_freqstatistics<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/reference/ft_freqstatistics" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/reference/ft_freqstatistics</a>>* to compare<br>> > > freqFIC_planar_cmb and freqFC_planar_cmb. Except for the field cfg.latency,<br>> > > the following configuration is identical to the configuration that was used<br>> > > for comparing event-related averages in the cluster-based permutation tests<br>> > > on event related fields tutorial<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock</a>>.<br>> > > Also see this tutorial<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock</a>> for<br>> > > a detailed explanation of all the configuration settings. You can read more<br>> > > about the *ft_prepare_neighbours<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/reference/ft_prepare_neighbours" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/reference/ft_prepare_neighbours</a>>* function<br>> > > in the FAQ's<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_does_ft_prepare_neighbours_work" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_does_ft_prepare_neighbours_work</a>>.<br>> > > <br>> > > To load the planar gradient TFRs (also available on the FieldTrip FTP<br>> > >  servers,freqFIC_planar_cmb.mat<br>> > > <<a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/cluster_permutation_freq/freqFIC_planar_cmb.mat" target="_blank">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/cluster_permutation_freq/freqFIC_planar_cmb.mat</a>><br>> > >  and freqFC_planar_cmb.mat<br>> > > <<a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/cluster_permutation_freq/freqFC_planar_cmb.mat" target="_blank">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/cluster_permutation_freq/freqFC_planar_cmb.mat</a>>),<br>> > > use:<br>> > > <br>> > > load freqFIC_planar_cmb<br>> > > load freqFC_planar_cmb<br>> > > <br>> > > cfg = [];<br>> > > cfg.channel          = {'MEG', '-MLP31', '-MLO12'};<br>> > > cfg.latency          = 'all';<br>> > > cfg.frequency        = 20;<br>> > > cfg.method           = 'montecarlo';<br>> > > cfg.statistic        = 'ft_statfun_indepsamplesT';<br>> > > cfg.correctm         = 'cluster';<br>> > > cfg.clusteralpha     = 0.05;<br>> > > cfg.clusterstatistic = 'maxsum';<br>> > > cfg.minnbchan        = 2;<br>> > > cfg.tail             = 0;<br>> > > cfg.clustertail      = 0;<br>> > > cfg.alpha            = 0.025;<br>> > > cfg.numrandomization = 500;<br>> > > % prepare_neighbours determines what sensors may form clusters<br>> > > cfg_neighb.method    = 'distance';<br>> > > cfg.neighbours       = ft_prepare_neighbours(cfg_neighb, dataFC);<br>> > > <br>> > > design = zeros(1,size(freqFIC_planar_cmb.powspctrm,1) +<br>> > > size(freqFC_planar_cmb.powspctrm,1));<br>> > > design(1,1:size(freqFIC_planar_cmb.powspctrm,1)) = 1;<br>> > > design(1,(size(freqFIC_planar_cmb.powspctrm,1)+1):(size(freqFIC_planar_cmb.powspctrm,1)+...<br>> > >   size(freqFC_planar_cmb.powspctrm,1))) = 2;<br>> > > <br>> > > cfg.design           = design;<br>> > > cfg.ivar             = 1;<br>> > > <br>> > > [stat] = ft_freqstatistics(cfg, freqFIC_planar_cmb, freqFC_planar_cmb);<br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > 2016-01-18 17:57 GMT+00:00 Tzvetan Popov <<a href="mailto:tzvetan.popov@uni-konstanz.de" target="_blank">tzvetan.popov@uni-konstanz.de</a>>:<br>> > > <br>> > > ><br>> > > > Hi Victoria,<br>> > > ><br>> > > > oopsy, I think I confused you dramatically. I?m sorry for this. You are<br>> > > > right I was only scrolling up to the part where the mags were analyzed. As<br>> > > > for combining the MEG*2 and MEG*3 I was wrong there too. Of course you can<br>> > > > threat them separately, as I was naively thinking as non-neuormag user, but<br>> > > > indeed combination of both is recommended as I have now learned :-)(thanks<br>> > > > Phillip). I ran the following steps and I guess this should work for you.<br>> > > > best<br>> > > > tzvetan<br>> > > ><br>> > > > %%<br>> > > > cfg = [];<br>> > > > ComCon = ft_combineplanar(cfg,FreqCon);<br>> > > > %%<br>> > > > cfg = []<br>> > > > cfg.method = 'triangulation';<br>> > > > cfg.layout           = 'neuromag306cmb.lay';<br>> > > > cfg.senstype         = 'MEG';<br>> > > > neighbours = ft_prepare_neighbours(cfg, ComCon)<br>> > > > %%<br>> > > > % plot neighbours<br>> > > > cfg=[];<br>> > > > cfg.neighbours = neighbours;<br>> > > > cfg.layout           = 'neuromag306cmb.lay';<br>> > > > ft_neighbourplot(cfg);<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > _______________________________________________<br>> > > > fieldtrip mailing list<br>> > > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> > > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/de08d8f1/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/de08d8f1/attachment-0001.html</a>><br>> > > <br>> > > ------------------------------<br>> > > <br>> > > Message: 7<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 20:50:24 +0100<br>> > > From: Cristiano Micheli <<a href="mailto:michelic72@gmail.com" target="_blank">michelic72@gmail.com</a>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > >  256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > > Message-ID:<br>> > >       <CADW7XCC8BvdVKRAEMw4Jt8v3T6zXjF2zHF_T_4h8ZkuvTbc=<a href="mailto:1Q@mail.gmail.com" target="_blank">1Q@mail.gmail.com</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > > <br>> > > Dear Laith,<br>> > > <br>> > > this might be possible if you have the subject-specific MRI by following<br>> > > the tutorial here:<br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem</a><br>> > > <br>> > > and using the function ft_prepare_mesh and the tutorial command:<br>> > > <br>> > > cfg=[];<br>> > > cfg.tissue={'brain','skull','scalp'};<br>> > > cfg.numvertices = [3000 2000 1000];<br>> > > bnd=ft_prepare_mesh(cfg,segmentedmri);<br>> > > <br>> > > <br>> > > which uses the segmented MRI (see tutorial). The bnd(3) variable should<br>> > > contain your triangulated surface with 1000 vertices. Let me know if that<br>> > > works. Of course you should see the skin and the neck in the original MRI.<br>> > > <br>> > > If you do not have an anatomical MRI that extends down to the chin you<br>> > > could try with a template, such as this:<br>> > > <a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/beamformer_extended/subjectK.mri" target="_blank">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/beamformer_extended/subjectK.mri</a><br>> > > and the corresponding segmented version<br>> > > <a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/beamformer_extended/segmentedmri.mat" target="_blank">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/beamformer_extended/segmentedmri.mat</a><br>> > > <br>> > > This goes down to the chin. Then you take care of rearranging the position<br>> > > of the EEG electrodes according to this:<br>> > > <br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/example/align_eeg_electrode_positions_to_bem_headmodel" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/example/align_eeg_electrode_positions_to_bem_headmodel</a><br>> > > <br>> > > I hope this helped<br>> > > Cris<br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > On Tue, Jan 19, 2016 at 5:41 PM, Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>><br>> > > wrote:<br>> > > <br>> > > > Dear Cris,<br>> > > ><br>> > > > thank you very much for your answer. I am refering to an issue that was<br>> > > > discussed in this thread from April 2013:<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > [FieldTrip] source analysis EEG data without MRI<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > The thread however does not offer a segmentation or head model for<br>> > > > download. Some electrodes in the EGI 256-electrodes cap are placed on the<br>> > > > cheeks or on the back of the neck and these areas are not modeled by the<br>> > > > standard BEM skin compartment in the standard BEM model. My question was<br>> > > > about a standard segmentation that extends the skin (and skull) compartment<br>> > > > downwards to allow these electrodes to sit on the nodes of the skin mesh.<br>> > > ><br>> > > > Best,<br>> > > > Laith<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > _______________________________________________<br>> > > > fieldtrip mailing list<br>> > > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> > > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/0e42f0b5/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/0e42f0b5/attachment-0001.html</a>><br>> > > <br>> > > ------------------------------<br>> > > <br>> > > Message: 8<br>> > > Date: Wed, 20 Jan 2016 12:17:12 +0800<br>> > > From: Munsif Jatoi <<a href="mailto:munsif.jatoi@gmail.com" target="_blank">munsif.jatoi@gmail.com</a>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > Message-ID:<br>> > >    <CAHnJ=<a href="mailto:SUHe84yNDVnTLKhGdJBri0mvOdbU0rPqM-Z3-0Gv71Ycg@mail.gmail.com" target="_blank">SUHe84yNDVnTLKhGdJBri0mvOdbU0rPqM-Z3-0Gv71Ycg@mail.gmail.com</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > > <br>> > > Dear Aishwarya,<br>> > > <br>> > > Please refer to main help tutorials.<br>> > > <br>> > > Also, you can find out the survey papers written in this area. For more,<br>> > > SPM website can provide good help.<br>> > > <br>> > > Best,<br>> > > Munsif.<br>> > > <br>> > > On Wed, Jan 20, 2016 at 1:06 AM, Hom?lle, S. (Simon) <<br>> > > <a href="mailto:S.Homolle@donders.ru.nl" target="_blank">S.Homolle@donders.ru.nl</a>> wrote:<br>> > > <br>> > > > Dear Aishwarya,<br>> > > ><br>> > > > Under <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial</a> there are several<br>> > > > tutorials about source reconstruction.<br>> > > ><br>> > > > My recommended start would be:<br>> > > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem</a><br>> > > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate</a><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > Hopefully this provides you good start working with EEG source<br>> > > > reconstruction<br>> > > ><br>> > > > Best regards,<br>> > > ><br>> > > > Simon Hom?lle<br>> > > > PhD Candidate<br>> > > > Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<br>> > > > Centre for Cognitive Neuroimaging<br>> > > > Radboud University Nijmegen<br>> > > > Phone: +31-(0)24-36-65059<br>> > > > ------------------------------<br>> > > > *From:* <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a> [<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>]<br>> > > > on behalf of aishwarya selvaraj [<a href="mailto:aishwaryaselvaraj1708@gmail.com" target="_blank">aishwaryaselvaraj1708@gmail.com</a>]<br>> > > > *Sent:* Tuesday, January 19, 2016 5:52 PM<br>> > > > *To:* fieldtrip, donders<br>> > > > *Subject:* [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > ><br>> > > > Hi guys,<br>> > > > I'm currently working on source localization of EEG signals .<br>> > > > Im very new  to it .<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > Can Anyone provide any inputs ??<br>> > > > It would be of great help .<br>> > > ><br>> > > > --<br>> > > > Regards,<br>> > > > Aishwarya<br>> > > ><br>> > > > _______________________________________________<br>> > > > fieldtrip mailing list<br>> > > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> > > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > ><br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > -- <br>> > > Munsif Ali H.Jatoi,<br>> > > <br>> > > Ph D Scholar,<br>> > > Centre for Intelligent Signals and Imaging Research,<br>> > > Universiti Teknologi PETRONAS,<br>> > > Malaysia.<br>> > > <br>> > > <a href="http://scholar.google.com.my/citations?user=Y6g6jOAAAAAJ&hl=en" target="_blank">http://scholar.google.com.my/citations?user=Y6g6jOAAAAAJ&hl=en</a><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/4f6391e8/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/4f6391e8/attachment-0001.html</a>><br>> > > <br>> > > ------------------------------<br>> > > <br>> > > Message: 9<br>> > > Date: Wed, 20 Jan 2016 13:36:16 +0300<br>> > > From: Olga Sysoeva <<a href="mailto:olga.v.sysoeva@gmail.com" target="_blank">olga.v.sysoeva@gmail.com</a>><br>> > > To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > > Subject: [FieldTrip] problems with mri interpolation<br>> > > Message-ID:<br>> > >   <<a href="mailto:CADtsnVcJLhrPPfq-P1Htj-RmfgzDDgqNhr8vsAoJ2mxxCV7seQ@mail.gmail.com" target="_blank">CADtsnVcJLhrPPfq-P1Htj-RmfgzDDgqNhr8vsAoJ2mxxCV7seQ@mail.gmail.com</a>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > > <br>> > > Dear Fieldtrippers,<br>> > > <br>> > > <br>> > > I'm encounter the problem with MRI interpolation and reslicing using<br>> > > <br>> > > FT_VOLUMERESLICE.<br>> > > <br>> > > I have read my MRI from fif.file and this mri variable contains<br>> > > <br>> > > mri_K0012.unit, 'm'<br>> > > <br>> > > mri_K0012.dim, [432, 512, 180]<br>> > > <br>> > > mri_K0012.anatomy, <432, 512, 180 int16><br>> > > <br>> > > mri_K0012.hdr, (1*1 structure)<br>> > > <br>> > > mri_K0012.transform, (4*4 double)<br>> > > <br>> > > mri_K0012.coordsys 'neuromag'.<br>> > > <br>> > > <br>> > > Than I used<br>> > > <br>> > > <br>> > > mri = ft_volumereslice([], mri);<br>> > > <br>> > > <br>> > > the output is<br>> > > <br>> > > <br>> > >  ?the input is volume data with dimensions [432<br>> > > 512 180]<br>> > > <br>> > > reslicing from [432 512 180] to [256 256 256]<br>> > > <br>> > > the input is volume data with dimensions [256<br>> > > 256 256]<br>> > > <br>> > > the input is volume data with dimensions [432<br>> > > 512 180]<br>> > > <br>> > > selecting subvolume of 0.0%<br>> > > <br>> > > reslicing and interpolating anatomy<br>> > > <br>> > > interpolating<br>> > > <br>> > > ??? Attempted to access sel(1); index out of<br>> > > bounds because numel(sel)=0.<br>> > > <br>> > > <br>> > >  Error in ==> ft_sourceinterpolate>my_interpn<br>> > > at 663<br>> > > <br>> > >   ft_progress(sel(1)/num, 'interpolating<br>> > > %.1f%%\n', 100*sel(1)/num);<br>> > > <br>> > > <br>> > >  Error in ==> ft_sourceinterpolate at 583<br>> > > <br>> > >           av( sel) = my_interpn(fv, ax(sel),<br>> > > ay(sel), az(sel), cfg.interpmethod,<br>> > > <br>> > >           cfg.feedback);<br>> > > <br>> > > <br>> > >  Error in ==> ft_volumereslice at 176<br>> > > <br>> > > resliced = ft_sourceinterpolate(tmpcfg, mri,<br>> > > resliced);?<br>> > > <br>> > > <br>> > >  I'm using matlab 7.6.0 (R2008a) and recently<br>> > > downloaded fieltrip (also in my previous version of 2013 the error<br>> > > was the same).<br>> > > <br>> > > <br>> > >  I'd be thankful for the comments.<br>> > > <br>> > > <br>> > >  Best Regards,<br>> > > <br>> > > Olga.<br>> > > <br>> > > P.S.Actually, I can project  my sources<br>> > > meaningfully into not interpolated MRI, altoough the images are<br>> > > plotted upside down.<br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/653068d3/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/653068d3/attachment-0001.html</a>><br>> > > <br>> > > ------------------------------<br>> > > <br>> > > _______________________________________________<br>> > > fieldtrip mailing list<br>> > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > <br>> > > End of fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 18<br>> > > *****************************************<br>> >                                        <br>> > -------------- next part --------------<br>> > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/0d8cf652/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/0d8cf652/attachment-0001.html</a>><br>> > <br>> > ------------------------------<br>> > <br>> > Message: 4<br>> > Date: Thu, 21 Jan 2016 08:16:55 +0000<br>> > From: "Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)" <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>><br>> > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > Subject: Re: [FieldTrip] fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 18<br>> > Message-ID: <<a href="mailto:BFFF5195-2F08-4233-B4D5-A0F8F69C17D7@fcdonders.ru.nl" target="_blank">BFFF5195-2F08-4233-B4D5-A0F8F69C17D7@fcdonders.ru.nl</a>><br>> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>> > <br>> > Saeed,<br>> > <br>> > are you using 0 or 1 indexing for your triangles? You probably want to use 1 indexing.<br>> > <br>> > Best,<br>> > Jan-Mathijs<br>> > <br>> > <br>> > On Jan 20, 2016, at 6:37 PM, saeed zahran <<a href="mailto:saeedzahran@hotmail.com" target="_blank">saeedzahran@hotmail.com</a><mailto:<a href="mailto:saeedzahran@hotmail.com" target="_blank">saeedzahran@hotmail.com</a>>> wrote:<br>> > <br>> > Dear Fieldtrip community,<br>> > <br>> > I define the volume conductor as:<br>> > <br>> > vol = [];<br>> > vol.bnd(1).pnt=skinpnt<br>> > vol.bnd(1).tri=skinf<br>> > <br>> >  vol.bnd(2).pnt=uteruspnt<br>> >  vol.bnd(2).tri=uterusf<br>> > <br>> >  vol.bnd(3).pnt=uterinecontentpnt<br>> >  vol.bnd(3).tri=uterinecontentf<br>> > <br>> >  vol.cond = c;<br>> > <br>> > <br>> > But it result with the below error:<br>> > <br>> > Subscript indices must either be real positive integers or logicals.<br>> > <br>> > Error in triangle4pt (line 57)<br>> >     sph_pnt = pnt([tri(jj,:) lv],:);<br>> > <br>> > Error in ft_headmodel_bemcp (line 101)<br>> > vol = triangle4pt(vol);<br>> > <br>> > Error in ft_prepare_headmodel (line 253)<br>> >       vol = ft_headmodel_bemcp(geometry, 'conductivity', cfg.conductivity);<br>> > <br>> > Error in openmeeg_eeg_leadfield_example_me (line 91)<br>> > vol = ft_prepare_headmodel(cfg, vol);<br>> > <br>> > <br>> > Thank you very much in advance for your help!<br>> > <br>> > Best regards<br>> > Saeed Zahran<br>> > <br>> > > From: <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 18<br>> > > To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Date: Wed, 20 Jan 2016 12:00:02 +0100<br>> > ><br>> > > Send fieldtrip mailing list submissions to<br>> > > <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > ><br>> > > To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>> > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>> > > <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a>><br>> > ><br>> > > You can reach the person managing the list at<br>> > > <a href="mailto:fieldtrip-owner@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-owner@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip-owner@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-owner@science.ru.nl</a>><br>> > ><br>> > > When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>> > > than "Re: Contents of fieldtrip digest..."<br>> > ><br>> > ><br>> > > Today's Topics:<br>> > ><br>> > > 1. Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> > > data recorded with EGI caps (Laith Hamid)<br>> > > 2. Re: Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> > > data recorded with EGI caps (Cristiano Micheli)<br>> > > 3. Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> > > data recorded with EGI caps (Laith Hamid)<br>> > > 4. Source Localisation (aishwarya selvaraj)<br>> > > 5. Re: Source Localisation (Hom?lle)<br>> > > 6. Re: plotting neighbours (victoria schroeder)<br>> > > 7. Re: Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG<br>> > > data recorded with EGI caps (Cristiano Micheli)<br>> > > 8. Re: Source Localisation (Munsif Jatoi)<br>> > > 9. problems with mri interpolation (Olga Sysoeva)<br>> > ><br>> > ><br>> > > ----------------------------------------------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 1<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 15:35:00 +0100<br>> > > From: Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a><mailto:<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>>><br>> > > To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > > 256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > > Message-ID: <<a href="mailto:0c2e8c0fa08db25ba3bb87c130fe0d7f@mail.uni-kiel.de" target="_blank">0c2e8c0fa08db25ba3bb87c130fe0d7f@mail.uni-kiel.de</a><mailto:<a href="mailto:0c2e8c0fa08db25ba3bb87c130fe0d7f@mail.uni-kiel.de" target="_blank">0c2e8c0fa08db25ba3bb87c130fe0d7f@mail.uni-kiel.de</a>>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > Dear community,<br>> > ><br>> > > My name is Laith Hamid and I am working in the University Medical<br>> > > Complex of Schleswig-Holstein in Kiel on source analysis of epileptic<br>> > > spikes and seizures. Currently I am analysing an EEG data set that was<br>> > > recorded using a 256-channel EGI system and I wanted to ask whether you<br>> > > have a standard BEM or FEM head Subscript indices must either be real positive integers or logicals.<br>> > <br>> > Error in triangle4pt (line 57)<br>> >     sph_pnt = pnt([tri(jj,:) lv],:);<br>> > <br>> > Error in ft_headmodel_bemcp (line 101)<br>> > vol = triangle4pt(vol);<br>> > <br>> > Error in ft_prepare_headmodel (line 253)<br>> >       vol = ft_headmodel_bemcp(geometry, 'conductivity', cfg.conductivity);<br>> > <br>> > Error in openmeeg_eeg_leadfield_example_me (line 91)<br>> > vol = ft_prepare_headmodel(cfg, vol);<br>> >  model that extends enough downwards to<br>> > > accomodate all 256 electrodes. The current standard BEM model in the<br>> > > template folder of Fieldtrip isn't appropriate for source analysis of<br>> > > 256-channel EGI data.<br>> > ><br>> > > Thank you very much in advance for your help!<br>> > ><br>> > > Best,<br>> > ><br>> > > Laith<br>> > ><br>> > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/f8805c11/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/f8805c11/attachment-0001.html</a>><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 2<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 16:16:54 +0100<br>> > > From: Cristiano Micheli <<a href="mailto:michelic72@gmail.com" target="_blank">michelic72@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:michelic72@gmail.com" target="_blank">michelic72@gmail.com</a>>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > > 256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > > Message-ID:<br>> > > <<a href="mailto:CADW7XCCywrPeWqGTqfP6jWoeLuvBo52poPfRyAPy9__VvkbDLg@mail.gmail.com" target="_blank">CADW7XCCywrPeWqGTqfP6jWoeLuvBo52poPfRyAPy9__VvkbDLg@mail.gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:CADW7XCCywrPeWqGTqfP6jWoeLuvBo52poPfRyAPy9__VvkbDLg@mail.gmail.com" target="_blank">CADW7XCCywrPeWqGTqfP6jWoeLuvBo52poPfRyAPy9__VvkbDLg@mail.gmail.com</a>>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > ><br>> > > Dear Laith,<br>> > ><br>> > > thanks for your question. You could refer to a factory schematic layout<br>> > > such as the one in figure 4 of this publication:<br>> > > <a href="http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fnhum.2011.00159/abstract" target="_blank">http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fnhum.2011.00159/abstract</a><br>> > ><br>> > > and subsequently use the function ft_prepare_layout to manually track the<br>> > > points of the custom design on your own (if you dont want to wait for<br>> > > somebody from the FT to do the same for you).<br>> > ><br>> > > cfg = [];<br>> > > cfg.image = 'figure4_layout_256_Frontiers.png';<br>> > > lay = ft_prepare_layout(cfg);<br>> > ><br>> > > The following tutorial describes the procedure in more details:<br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/layout" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/layout</a><br>> > ><br>> > > Please do not hesitate to get in touch with me for this and other matters.<br>> > ><br>> > > All the best<br>> > > Cris Micheli<br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > On Tue, Jan 19, 2016 at 3:35 PM, Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a><mailto:<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>>><br>> > > wrote:<br>> > ><br>> > > > Dear community,<br>> > > ><br>> > > > My name is Laith Hamid and I am working in the University Medical Complex<br>> > > > of Schleswig-Holstein in Kiel on source analysis of epileptic spikes and<br>> > > > seizures. Currently I am analysing an EEG data set that was recorded using<br>> > > > a 256-channel EGI system and I wanted to ask whether you have a standard<br>> > > > BEM or FEM head model that extends enough downwards to accomodate all 256<br>> > > > electrodes. The current standard BEM model in the template folder of<br>> > > > Fieldtrip isn't appropriate for source analysis of 256-channel EGI data.<br>> > > ><br>> > > > Thank you very much in advance for your help!<br>> > > ><br>> > > > Best,<br>> > > ><br>> > > > Laith<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > _______________________________________________<br>> > > > fieldtrip mailing list<br>> > > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>> > > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/659988fa/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/659988fa/attachment-0001.html</a>><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 3<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 17:41:48 +0100<br>> > > From: Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a><mailto:<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>>><br>> > > To: Fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>>><br>> > > Subject: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > > 256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > > Message-ID: <<a href="mailto:61e8cefadba890a26ecd0b9adf0bca9b@mail.uni-kiel.de" target="_blank">61e8cefadba890a26ecd0b9adf0bca9b@mail.uni-kiel.de</a><mailto:<a href="mailto:61e8cefadba890a26ecd0b9adf0bca9b@mail.uni-kiel.de" target="_blank">61e8cefadba890a26ecd0b9adf0bca9b@mail.uni-kiel.de</a>>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > Dear Cris,<br>> > ><br>> > > thank you very much for your answer. I am refering to an issue that was<br>> > > discussed in this thread from April 2013:<br>> > ><br>> > > [FieldTrip] source analysis EEG data without MRI<br>> > ><br>> > > The thread however does not offer a segmentation or head model for<br>> > > download. Some electrodes in the EGI 256-electrodes cap are placed on<br>> > > the cheeks or on the back of the neck and these areas are not modeled by<br>> > > the standard BEM skin compartment in the standard BEM model. My question<br>> > > was about a standard segmentation that extends the skin (and skull)<br>> > > compartment downwards to allow these electrodes to sit on the nodes of<br>> > > the skin mesh.<br>> > ><br>> > > Best,<br>> > > Laith<br>> > ><br>> > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/49665b0c/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/49665b0c/attachment-0001.html</a>><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 4<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 16:52:55 +0000<br>> > > From: aishwarya selvaraj <<a href="mailto:aishwaryaselvaraj1708@gmail.com" target="_blank">aishwaryaselvaraj1708@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:aishwaryaselvaraj1708@gmail.com" target="_blank">aishwaryaselvaraj1708@gmail.com</a>>><br>> > > To: "fieldtrip, donders" <<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>>><br>> > > Subject: [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > Message-ID: <<a href="mailto:3ff5de7a69704e8d9e873e3f94120ad7@EXPRD01.hosting.ru.nl" target="_blank">3ff5de7a69704e8d9e873e3f94120ad7@EXPRD01.hosting.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:3ff5de7a69704e8d9e873e3f94120ad7@EXPRD01.hosting.ru.nl" target="_blank">3ff5de7a69704e8d9e873e3f94120ad7@EXPRD01.hosting.ru.nl</a>>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> > ><br>> > > Hi guys,<br>> > > I'm currently working on source localization of EEG signals .<br>> > > Im very new to it .<br>> > ><br>> > ><br>> > > Can Anyone provide any inputs ??<br>> > > It would be of great help .<br>> > ><br>> > > --<br>> > > Regards,<br>> > > Aishwarya<br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/3459ed12/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/3459ed12/attachment-0001.html</a>><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 5<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 17:06:13 +0000<br>> > > From: Hom?lle, S. (Simon) <<a href="mailto:S.Homolle@donders.ru.nl" target="_blank">S.Homolle@donders.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:S.Homolle@donders.ru.nl" target="_blank">S.Homolle@donders.ru.nl</a>>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > Message-ID:<br>> > > <<a href="mailto:2247A6E8AF3DB04AAB11BDDD86B72F830335254E@exprd01.hosting.ru.nl" target="_blank">2247A6E8AF3DB04AAB11BDDD86B72F830335254E@exprd01.hosting.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:2247A6E8AF3DB04AAB11BDDD86B72F830335254E@exprd01.hosting.ru.nl" target="_blank">2247A6E8AF3DB04AAB11BDDD86B72F830335254E@exprd01.hosting.ru.nl</a>>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>> > ><br>> > > Dear Aishwarya,<br>> > ><br>> > > Under <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial</a> there are several tutorials about source reconstruction.<br>> > ><br>> > > My recommended start would be:<br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem</a><br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate</a><br>> > ><br>> > ><br>> > > Hopefully this provides you good start working with EEG source reconstruction<br>> > ><br>> > > Best regards,<br>> > ><br>> > > Simon Hom?lle<br>> > > PhD Candidate<br>> > > Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<br>> > > Centre for Cognitive Neuroimaging<br>> > > Radboud University Nijmegen<br>> > > Phone: +31-(0)24-36-65059<br>> > > ________________________________<br>> > > From: <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>> [<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>>] on behalf of aishwarya selvaraj [<a href="mailto:aishwaryaselvaraj1708@gmail.com" target="_blank">aishwaryaselvaraj1708@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:aishwaryaselvaraj1708@gmail.com" target="_blank">aishwaryaselvaraj1708@gmail.com</a>>]<br>> > > Sent: Tuesday, January 19, 2016 5:52 PM<br>> > > To: fieldtrip, donders<br>> > > Subject: [FieldTrip] Source Localisation<br>> > ><br>> > > Hi guys,<br>> > > I'm currently working on source localization of EEG signals .<br>> > > Im very new to it .<br>> > ><br>> > ><br>> > > Can Anyone provide any inputs ??<br>> > > It would be of great help .<br>> > ><br>> > > --<br>> > > Regards,<br>> > > Aishwarya<br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/d2425227/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/d2425227/attachment-0001.html</a>><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 6<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 17:49:21 +0000<br>> > > From: victoria schroeder <<a href="mailto:vic.schroeder2@gmail.com" target="_blank">vic.schroeder2@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:vic.schroeder2@gmail.com" target="_blank">vic.schroeder2@gmail.com</a>>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] plotting neighbours<br>> > > Message-ID:<br>> > > <CAOWWpozcLgcLNqgF4rMrTRZ_=<a href="mailto:e8cYCvXgeY5ZJYXx_9YmWnJ_w@mail.gmail.com" target="_blank">e8cYCvXgeY5ZJYXx_9YmWnJ_w@mail.gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:CAOWWpozcLgcLNqgF4rMrTRZ_" target="_blank">CAOWWpozcLgcLNqgF4rMrTRZ_</a>=<a href="mailto:e8cYCvXgeY5ZJYXx_9YmWnJ_w@mail.gmail.com" target="_blank">e8cYCvXgeY5ZJYXx_9YmWnJ_w@mail.gmail.com</a>>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > ><br>> > > Thank you very much Philipp and Tzvetan!<br>> > ><br>> > > Things have become much clearer now.<br>> > ><br>> > > I would like to follow up with a very related question. I am trying to<br>> > > replicate the analysis for the cluster based permutation test using the<br>> > > code and the data provided. However, i run into two problems here<br>> > ><br>> > > First, i get the following error if i use the original code:<br>> > > Attempted to access cfg.frequency(2); index out of bounds because<br>> > > numel(cfg.frequency)=1.<br>> > ><br>> > > Error in ft_freqstatistics (line 187)<br>> > > cfg.frequency = [max(cfg.frequency(1), fmin), min(cfg.frequency(2), fmax)];<br>> > ><br>> > > Therefore , i change the input cfg.frequency=20 to cfg.frequency=[20 20].<br>> > > However, then no significant clusters are found. Which becomes clear when<br>> > > trying to plot the cluster or by looking at the output of<br>> > > ft_freqstatistics.<br>> > ><br>> > > Does the change in the code , change the output? How can i avoid the error<br>> > > mentioned above and still get the same output from ft_freqstatistics as the<br>> > > one provided on the webpage?<br>> > ><br>> > ><br>> > > The relevant section of the toturial is provided below.<br>> > > Thank you!<br>> > ><br>> > > Victoria<br>> > ><br>> > > Permutation test<br>> > ><br>> > > Now, run *ft_freqstatistics<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/reference/ft_freqstatistics" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/reference/ft_freqstatistics</a>>* to compare<br>> > > freqFIC_planar_cmb and freqFC_planar_cmb. Except for the field cfg.latency,<br>> > > the following configuration is identical to the configuration that was used<br>> > > for comparing event-related averages in the cluster-based permutation tests<br>> > > on event related fields tutorial<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock</a>>.<br>> > > Also see this tutorial<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock</a>> for<br>> > > a detailed explanation of all the configuration settings. You can read more<br>> > > about the *ft_prepare_neighbours<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/reference/ft_prepare_neighbours" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/reference/ft_prepare_neighbours</a>>* function<br>> > > in the FAQ's<br>> > > <<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_does_ft_prepare_neighbours_work" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_does_ft_prepare_neighbours_work</a>>.<br>> > ><br>> > > To load the planar gradient TFRs (also available on the FieldTrip FTP<br>> > > servers,freqFIC_planar_cmb.mat<br>> > > <<a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/cluster_permutation_freq/freqFIC_planar_cmb.mat" target="_blank">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/cluster_permutation_freq/freqFIC_planar_cmb.mat</a>><br>> > > and freqFC_planar_cmb.mat<br>> > > <<a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/cluster_permutation_freq/freqFC_planar_cmb.mat" target="_blank">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/cluster_permutation_freq/freqFC_planar_cmb.mat</a>>),<br>> > > use:<br>> > ><br>> > > load freqFIC_planar_cmb<br>> > > load freqFC_planar_cmb<br>> > ><br>> > > cfg = [];<br>> > > cfg.channel = {'MEG', '-MLP31', '-MLO12'};<br>> > > cfg.latency = 'all';<br>> > > cfg.frequency = 20;<br>> > > cfg.method = 'montecarlo';<br>> > > cfg.statistic = 'ft_statfun_indepsamplesT';<br>> > > cfg.correctm = 'cluster';<br>> > > cfg.clusteralpha = 0.05;<br>> > > cfg.clusterstatistic = 'maxsum';<br>> > > cfg.minnbchan = 2;<br>> > > cfg.tail = 0;<br>> > > cfg.clustertail = 0;<br>> > > cfg.alpha = 0.025;<br>> > > cfg.numrandomization = 500;<br>> > > % prepare_neighbours determines what sensors may form clusters<br>> > > cfg_neighb.method = 'distance';<br>> > > cfg.neighbours = ft_prepare_neighbours(cfg_neighb, dataFC);<br>> > ><br>> > > design = zeros(1,size(freqFIC_planar_cmb.powspctrm,1) +<br>> > > size(freqFC_planar_cmb.powspctrm,1));<br>> > > design(1,1:size(freqFIC_planar_cmb.powspctrm,1)) = 1;<br>> > > design(1,(size(freqFIC_planar_cmb.powspctrm,1)+1):(size(freqFIC_planar_cmb.powspctrm,1)+...<br>> > > size(freqFC_planar_cmb.powspctrm,1))) = 2;<br>> > ><br>> > > cfg.design = design;<br>> > > cfg.ivar = 1;<br>> > ><br>> > > [stat] = ft_freqstatistics(cfg, freqFIC_planar_cmb, freqFC_planar_cmb);<br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > 2016-01-18 17:57 GMT+00:00 Tzvetan Popov <<a href="mailto:tzvetan.popov@uni-konstanz.de" target="_blank">tzvetan.popov@uni-konstanz.de</a><mailto:<a href="mailto:tzvetan.popov@uni-konstanz.de" target="_blank">tzvetan.popov@uni-konstanz.de</a>>>:<br>> > ><br>> > > ><br>> > > > Hi Victoria,<br>> > > ><br>> > > > oopsy, I think I confused you dramatically. I?m sorry for this. You are<br>> > > > right I was only scrolling up to the part where the mags were analyzed. As<br>> > > > for combining the MEG*2 and MEG*3 I was wrong there too. Of course you can<br>> > > > threat them separately, as I was naively thinking as non-neuormag user, but<br>> > > > indeed combination of both is recommended as I have now learned :-)(thanks<br>> > > > Phillip). I ran the following steps and I guess this should work for you.<br>> > > > best<br>> > > > tzvetan<br>> > > ><br>> > > > %%<br>> > > > cfg = [];<br>> > > > ComCon = ft_combineplanar(cfg,FreqCon);<br>> > > > %%<br>> > > > cfg = []<br>> > > > cfg.method = 'triangulation';<br>> > > > cfg.layout = 'neuromag306cmb.lay';<br>> > > > cfg.senstype = 'MEG';<br>> > > > neighbours = ft_prepare_neighbours(cfg, ComCon)<br>> > > > %%<br>> > > > % plot neighbours<br>> > > > cfg=[];<br>> > > > cfg.neighbours = neighbours;<br>> > > > cfg.layout = 'neuromag306cmb.lay';<br>> > > > ft_neighbourplot(cfg);<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > _______________________________________________<br>> > > > fieldtrip mailing list<br>> > > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>> > > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/de08d8f1/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/de08d8f1/attachment-0001.html</a>><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 7<br>> > > Date: Tue, 19 Jan 2016 20:50:24 +0100<br>> > > From: Cristiano Micheli <<a href="mailto:michelic72@gmail.com" target="_blank">michelic72@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:michelic72@gmail.com" target="_blank">michelic72@gmail.com</a>>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] Standard BEM or FEM models for use with<br>> > > 256-electrode EEG data recorded with EGI caps<br>> > > Message-ID:<br>> > > <CADW7XCC8BvdVKRAEMw4Jt8v3T6zXjF2zHF_T_4h8ZkuvTbc=<a href="mailto:1Q@mail.gmail.com" target="_blank">1Q@mail.gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:CADW7XCC8BvdVKRAEMw4Jt8v3T6zXjF2zHF_T_4h8ZkuvTbc" target="_blank">CADW7XCC8BvdVKRAEMw4Jt8v3T6zXjF2zHF_T_4h8ZkuvTbc</a>=<a href="mailto:1Q@mail.gmail.com" target="_blank">1Q@mail.gmail.com</a>>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > ><br>> > > Dear Laith,<br>> > ><br>> > > this might be possible if you have the subject-specific MRI by following<br>> > > the tutorial here:<br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem</a><br>> > ><br>> > > and using the function ft_prepare_mesh and the tutorial command:<br>> > ><br>> > > cfg=[];<br>> > > cfg.tissue={'brain','skull','scalp'};<br>> > > cfg.numvertices = [3000 2000 1000];<br>> > > bnd=ft_prepare_mesh(cfg,segmentedmri);<br>> > ><br>> > ><br>> > > which uses the segmented MRI (see tutorial). The bnd(3) variable should<br>> > > contain your triangulated surface with 1000 vertices. Let me know if that<br>> > > works. Of course you should see the skin and the neck in the original MRI.<br>> > ><br>> > > If you do not have an anatomical MRI that extends down to the chin you<br>> > > could try with a template, such as this:<br>> > > <a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/beamformer_extended/subjectK.mri" target="_blank">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/beamformer_extended/subjectK.mri</a><br>> > > and the corresponding segmented version<br>> > > <a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/beamformer_extended/segmentedmri.mat" target="_blank">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/beamformer_extended/segmentedmri.mat</a><br>> > ><br>> > > This goes down to the chin. Then you take care of rearranging the position<br>> > > of the EEG electrodes according to this:<br>> > ><br>> > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/example/align_eeg_electrode_positions_to_bem_headmodel" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/example/align_eeg_electrode_positions_to_bem_headmodel</a><br>> > ><br>> > > I hope this helped<br>> > > Cris<br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > On Tue, Jan 19, 2016 at 5:41 PM, Laith Hamid <<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a><mailto:<a href="mailto:lah@pedneuro.uni-kiel.de" target="_blank">lah@pedneuro.uni-kiel.de</a>>><br>> > > wrote:<br>> > ><br>> > > > Dear Cris,<br>> > > ><br>> > > > thank you very much for your answer. I am refering to an issue that was<br>> > > > discussed in this thread from April 2013:<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > [FieldTrip] source analysis EEG data without MRI<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > The thread however does not offer a segmentation or head model for<br>> > > > download. Some electrodes in the EGI 256-electrodes cap are placed on the<br>> > > > cheeks or on the back of the neck and these areas are not modeled by the<br>> > > > standard BEM skin compartment in the standard BEM model. My question was<br>> > > > about a standard segmentation that extends the skin (and skull) compartment<br>> > > > downwards to allow these electrodes to sit on the nodes of the skin mesh.<br>> > > ><br>> > > > Best,<br>> > > > Laith<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > _______________________________________________<br>> > > > fieldtrip mailing list<br>> > > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>> > > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > ><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/0e42f0b5/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160119/0e42f0b5/attachment-0001.html</a>><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 8<br>> > > Date: Wed, 20 Jan 2016 12:17:12 +0800<br>> > > From: Munsif Jatoi <<a href="mailto:munsif.jatoi@gmail.com" target="_blank">munsif.jatoi@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:munsif.jatoi@gmail.com" target="_blank">munsif.jatoi@gmail.com</a>>><br>> > > To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>>><br>> > > Subject: Re: [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > Message-ID:<br>> > > <CAHnJ=<a href="mailto:SUHe84yNDVnTLKhGdJBri0mvOdbU0rPqM-Z3-0Gv71Ycg@mail.gmail.com" target="_blank">SUHe84yNDVnTLKhGdJBri0mvOdbU0rPqM-Z3-0Gv71Ycg@mail.gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:CAHnJ" target="_blank">CAHnJ</a>=<a href="mailto:SUHe84yNDVnTLKhGdJBri0mvOdbU0rPqM-Z3-0Gv71Ycg@mail.gmail.com" target="_blank">SUHe84yNDVnTLKhGdJBri0mvOdbU0rPqM-Z3-0Gv71Ycg@mail.gmail.com</a>>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > ><br>> > > Dear Aishwarya,<br>> > ><br>> > > Please refer to main help tutorials.<br>> > ><br>> > > Also, you can find out the survey papers written in this area. For more,<br>> > > SPM website can provide good help.<br>> > ><br>> > > Best,<br>> > > Munsif.<br>> > ><br>> > > On Wed, Jan 20, 2016 at 1:06 AM, Hom?lle, S. (Simon) <<br>> > > <a href="mailto:S.Homolle@donders.ru.nl" target="_blank">S.Homolle@donders.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:S.Homolle@donders.ru.nl" target="_blank">S.Homolle@donders.ru.nl</a>>> wrote:<br>> > ><br>> > > > Dear Aishwarya,<br>> > > ><br>> > > > Under <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial</a> there are several<br>> > > > tutorials about source reconstruction.<br>> > > ><br>> > > > My recommended start would be:<br>> > > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem</a><br>> > > > <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/minimumnormestimate</a><br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > Hopefully this provides you good start working with EEG source<br>> > > > reconstruction<br>> > > ><br>> > > > Best regards,<br>> > > ><br>> > > > Simon Hom?lle<br>> > > > PhD Candidate<br>> > > > Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<br>> > > > Centre for Cognitive Neuroimaging<br>> > > > Radboud University Nijmegen<br>> > > > Phone: +31-(0)24-36-65059<br>> > > > ------------------------------<br>> > > > *From:* <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>> [<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>>]<br>> > > > on behalf of aishwarya selvaraj [<a href="mailto:aishwaryaselvaraj1708@gmail.com" target="_blank">aishwaryaselvaraj1708@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:aishwaryaselvaraj1708@gmail.com" target="_blank">aishwaryaselvaraj1708@gmail.com</a>>]<br>> > > > *Sent:* Tuesday, January 19, 2016 5:52 PM<br>> > > > *To:* fieldtrip, donders<br>> > > > *Subject:* [FieldTrip] Source Localisation<br>> > > ><br>> > > > Hi guys,<br>> > > > I'm currently working on source localization of EEG signals .<br>> > > > Im very new to it .<br>> > > ><br>> > > ><br>> > > > Can Anyone provide any inputs ??<br>> > > > It would be of great help .<br>> > > ><br>> > > > --<br>> > > > Regards,<br>> > > > Aishwarya<br>> > > ><br>> > > > _______________________________________________<br>> > > > fieldtrip mailing list<br>> > > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>> > > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > > ><br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > --<br>> > > Munsif Ali H.Jatoi,<br>> > ><br>> > > Ph D Scholar,<br>> > > Centre for Intelligent Signals and Imaging Research,<br>> > > Universiti Teknologi PETRONAS,<br>> > > Malaysia.<br>> > ><br>> > > <a href="http://scholar.google.com.my/citations?user=Y6g6jOAAAAAJ&hl=en" target="_blank">http://scholar.google.com.my/citations?user=Y6g6jOAAAAAJ&hl=en</a><br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/4f6391e8/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/4f6391e8/attachment-0001.html</a>><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > Message: 9<br>> > > Date: Wed, 20 Jan 2016 13:36:16 +0300<br>> > > From: Olga Sysoeva <<a href="mailto:olga.v.sysoeva@gmail.com" target="_blank">olga.v.sysoeva@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:olga.v.sysoeva@gmail.com" target="_blank">olga.v.sysoeva@gmail.com</a>>><br>> > > To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> > > Subject: [FieldTrip] problems with mri interpolation<br>> > > Message-ID:<br>> > > <<a href="mailto:CADtsnVcJLhrPPfq-P1Htj-RmfgzDDgqNhr8vsAoJ2mxxCV7seQ@mail.gmail.com" target="_blank">CADtsnVcJLhrPPfq-P1Htj-RmfgzDDgqNhr8vsAoJ2mxxCV7seQ@mail.gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:CADtsnVcJLhrPPfq-P1Htj-RmfgzDDgqNhr8vsAoJ2mxxCV7seQ@mail.gmail.com" target="_blank">CADtsnVcJLhrPPfq-P1Htj-RmfgzDDgqNhr8vsAoJ2mxxCV7seQ@mail.gmail.com</a>>><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > ><br>> > > Dear Fieldtrippers,<br>> > ><br>> > ><br>> > > I'm encounter the problem with MRI interpolation and reslicing using<br>> > ><br>> > > FT_VOLUMERESLICE.<br>> > ><br>> > > I have read my MRI from fif.file and this mri variable contains<br>> > ><br>> > > mri_K0012.unit, 'm'<br>> > ><br>> > > mri_K0012.dim, [432, 512, 180]<br>> > ><br>> > > mri_K0012.anatomy, <432, 512, 180 int16><br>> > ><br>> > > mri_K0012.hdr, (1*1 structure)<br>> > ><br>> > > mri_K0012.transform, (4*4 double)<br>> > ><br>> > > mri_K0012.coordsys 'neuromag'.<br>> > ><br>> > ><br>> > > Than I used<br>> > ><br>> > ><br>> > > mri = ft_volumereslice([], mri);<br>> > ><br>> > ><br>> > > the output is<br>> > ><br>> > ><br>> > > ?the input is volume data with dimensions [432<br>> > > 512 180]<br>> > ><br>> > > reslicing from [432 512 180] to [256 256 256]<br>> > ><br>> > > the input is volume data with dimensions [256<br>> > > 256 256]<br>> > ><br>> > > the input is volume data with dimensions [432<br>> > > 512 180]<br>> > ><br>> > > selecting subvolume of 0.0%<br>> > ><br>> > > reslicing and interpolating anatomy<br>> > ><br>> > > interpolating<br>> > ><br>> > > ??? Attempted to access sel(1); index out of<br>> > > bounds because numel(sel)=0.<br>> > ><br>> > ><br>> > > Error in ==> ft_sourceinterpolate>my_interpn<br>> > > at 663<br>> > ><br>> > > ft_progress(sel(1)/num, 'interpolating<br>> > > %.1f%%\n', 100*sel(1)/num);<br>> > ><br>> > ><br>> > > Error in ==> ft_sourceinterpolate at 583<br>> > ><br>> > > av( sel) = my_interpn(fv, ax(sel),<br>> > > ay(sel), az(sel), cfg.interpmethod,<br>> > ><br>> > > cfg.feedback);<br>> > ><br>> > ><br>> > > Error in ==> ft_volumereslice at 176<br>> > ><br>> > > resliced = ft_sourceinterpolate(tmpcfg, mri,<br>> > > resliced);?<br>> > ><br>> > ><br>> > > I'm using matlab 7.6.0 (R2008a) and recently<br>> > > downloaded fieltrip (also in my previous version of 2013 the error<br>> > > was the same).<br>> > ><br>> > ><br>> > > I'd be thankful for the comments.<br>> > ><br>> > ><br>> > > Best Regards,<br>> > ><br>> > > Olga.<br>> > ><br>> > > P.S.Actually, I can project my sources<br>> > > meaningfully into not interpolated MRI, altoough the images are<br>> > > plotted upside down.<br>> > > -------------- next part --------------<br>> > > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/653068d3/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160120/653068d3/attachment-0001.html</a>><br>> > ><br>> > > ------------------------------<br>> > ><br>> > > _______________________________________________<br>> > > fieldtrip mailing list<br>> > > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>> > > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > ><br>> > > End of fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 18<br>> > > *****************************************<br>> > _______________________________________________<br>> > fieldtrip mailing list<br>> > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>> > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > <br>> > -------------- next part --------------<br>> > An HTML attachment was scrubbed...<br>> > URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160121/d9124654/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160121/d9124654/attachment-0001.html</a>><br>> > <br>> > ------------------------------<br>> > <br>> > _______________________________________________<br>> > fieldtrip mailing list<br>> > <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> > <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> > <br>> > End of fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 19<br>> > *****************************************<br>>                                         <br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160121/043a7628/attachment.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160121/043a7628/attachment.html</a>><br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> _______________________________________________<br>> fieldtrip mailing list<br>> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>> <br>> End of fieldtrip Digest, Vol 62, Issue 20<br>> *****************************************<br></div>                                        </div></div>
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