<div dir="ltr"><div>Hi,<br></div><div><br></div><div>I hope someone can help me to understand the use of the lcmv beamformer, because either I am using it incorrectly, or I misunderstood the meaning of its output.</div><div><br></div><div>I am trying to get source-level power estimates of 'baseline' and 'active' time-windows. I first compute a common filter, and then apply it separately to the two conditions. I thought the power estimates would be stored, voxel-wise, in the '.avg.pow' field of the ft_sourceanalysis output. However, the values I get in the '.pow' field for the analysis of 'baseline' and 'active' windows are identical. Furthermore, the '.pow' values are identical to the '.noise' values when using <font class="" face="monospace, monospace">cfg.projectnoise = 'yes';</font>.</div><div><br></div><div>I have checked if the sensor-level data that passed on to ft_sourceanalysis is different between baseline and active - it is.</div><div><br></div><div>Also, if I do the following...</div><div>1. reconstruct virtual sensors by applying the common filter separately to baseline and active, </div><div>2. average the single-trial (virtual sensor) power estimates, </div><div>3. replace the '.pow' value for each voxel, </div><div>...then the contrast between baseline and active is correct.</div><div><br></div><div>Can anyone please help me figure out what I'm doing wrong here? Below I copied part of the code.</div><div><br></div><div>Many thanks in advance!</div><div><br></div><div>Lorenzo</div><div><br></div><div><br></div><div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace, monospace">%compute the leadfield</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace, monospace">cfg                 = [];</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace, monospace">cfg.channel         = {'MEG'};</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace, monospace">cfg.grid            = sourcemodel;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace, monospace">cfg.vol             = hdm;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace, monospace">cfg.grad            = grad;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace, monospace">cfg.normalize       = 'yes';</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace, monospace">leadfield = ft_prepare_leadfield(cfg);</font></div></div><div><br></div><div><font class="" face="monospace, monospace">%compute covariance matrix</font></div><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg = [];</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.channel = {'MEG'};</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.removemean = 'no';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.covariance = 'yes';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.covariancewindow = [-1.5 1.5];</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">tlck = ft_timelockanalysis(cfg, data);</font></div></div><div><font class="" face="monospace, monospace"><br></font></div><div><div><font class="" face="monospace, monospace">%get the common spatial filter</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg = [];</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.method          = 'lcmv';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.grid            = leadfield;</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.vol             = hdm;</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.grad            = grad;</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.lcmv.fixedori   = 'yes';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.lcmv.keepfilter = 'yes';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.lcmv.projectnoise = 'yes';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.lcmv.lambda     = '5%';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">src = ft_sourceanalysis(cfg, tlck);</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">%store the filter</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">wts = src.avg.filter;</font></div></div><div><br></div><div><div><font class="" face="monospace, monospace">%separate baseline and active windows of bandpass-filtered data</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg = [];</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.toilim = [-1.5 -0.3];</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">data_bsln = ft_redefinetrial(cfg, data);</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg = [];</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.toilim = [0.3 1.5];</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">data_actv = ft_redefinetrial(cfg, data);</font></div></div><div><font class="" face="monospace, monospace"><br></font></div><div><div><font class="" face="monospace, monospace">%timelock analysis of baseline and active</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg             = [];</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.channel     = {'MEG'};</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.keeptrials  = 'yes';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">tlck_bsln = ft_timelockanalysis(cfg, data_bsln);</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">tlck_actv = ft_timelockanalysis(cfg, data_actv);</font></div></div><div><font class="" face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">%get source-power estimates of bsln and actv separately using the pre-computed common filter (wts)</font></div><div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg                 = [];</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.method          = 'lcmv';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.vol             = hdm;</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.grid            = leadfield; </font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.grid.filter     = wts;</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">% cfg.keepfilter      = 'no';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.lcmv.fixedori   = 'yes';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.projectnoise    = 'yes';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.lambda          = '5%';</font></div><div><font class="" face="monospace, monospace">cfg.keeptrials      = 'yes';</font></div></div><div><div><font class="" face="monospace, monospace">src_bsln = ft_sourceanalysis(cfg, tlck_bsln);</font></div></div><div><font class="" face="monospace, monospace">src_actv = ft_sourceanalysis(cfg, tlck_actv);</font><br></div><div><font class="" face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font class="" face="monospace, monospace"><br></font></div></div>