<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear Fieldtrip users,<br><br></div>I am working with
 a 128 channel EEG data and am currently in the process of calculating 
non-parametric Granger causality measures. I am following the steps 
outlined in Dhamala, Rangarajan, and Ding (2008) from NeuroImage.<br><br></div>However,
 I'm facing the curious problem that my output data from calling 
ft_connectivity has a grangerspctrm made up only of NaN and 0 values. 
Does anyone have insight as to why that might be? I've tried playing 
around with cfg.toi and the location of our virtual channels, but 
neither seems to help. <br><br></div>My code is below, where 'source01' 
and 'source02' refer to virtual channels we created based off powspctrm 
data from beamformer source localization on our own data, according to 
steps outlined in the FT connectivity tutorial.<br><br><i>data = <br>label: {2x1 cell}<br>trial: {1x155 cell}<br>time: {1x155 cell}<br>fsample: 250<br>cfg: [1x1 struct]<br>sampleinfo: [155x2 double]<br><br>% perform multitaper analysis<br>cfg = [];<br>cfg.method = 'mtmconvol';<br>cfg.channelcmb = { 'all' 'all'};<br>cfg.fsample = 250;<br>cfg.channel = data.label;<br>cfg.output = 'powandcsd';<br>cfg.foi = 0:1:20;                      <br>cfg.toi = -0.5:0.004:1.5;       <br>cfg.taper = 'hanning';<br>cfg.t_ftimwin = 4 ./ cfg.foi;            <br>freq = ft_freqanalysis(cfg, data_both);</i><br><br></div>Note: I've checked the values in freq.powspctrm, and though there are NaNs around the temporal edges, there is real data amid the time frame of interest. I've attached a sample TFR plot.<br><div><br><i>% compute granger causality<br>cfg = [];<br>cfg.method = 'granger';<br>cfg.channel = {'source01' 'source02'};<br>cfg.channelcmb = {'all' 'all'};<br>granger = ft_connectivityanalysis(cfg, freq);<br><br>% plot<br>cfg = [];<br>cfg.parameter = 'grangerspctrm';<br>cfg.zlim = [0 .5];<br>cfg.refchannel = 'source02';<br>cfg.directionality = 'outflow';<br>ft_singleplotTFR(cfg, granger);</i><br><br></div><div>However, this plot is a blank no matter which values I seem to choose as a zlim.<br><br></div><div>Any tips are much appreciated - thanks! <br><br>(Please excuse my re-posting of a similar message twice - I'm simply hoping to catch a few more responses. As far as I can tell, this issue has not yet been addressed in the digest archives - though if I'm mistaken please feel free to point me to the appropriate thread!)<br><br></div><div>Best,<br><br></div>Helen Wieffering</div>