<div dir="ltr">Dear community,<div><br></div><div>I am doing a source analysis on Neuromag data; I used the DICS beamformer to localize theta-band sources, and want to contrast two conditions of a Stroop task.</div><div><br></div><div>I used subject-specific grids pre-warped to MNI space. Everything seems to work fine and I'm at the group level to do statistics.</div><div><br></div><div>However, I have specific hypotheses about anatomical locations, so I'd like to do stats only within frontal cortex.</div><div><br></div><div>I've searched around the tutorial web pages and the mailing list archive, and there should be an option for this in ft_sourcestatistics, via ft_read_atlas and ft_volumelookup. Currently, my code is:</div><div><br></div><div><div>aal = ft_read_atlas('Z:\Toolboxes\fieldtrip_github\fieldtrip\template\atlas\aal\ROI_MNI_V4.nii');</div><div><br></div><div>% find frontal regions</div><div>front_idx = strmatch('Front', aal.tissuelabel);</div><div><br></div><div>cfg = [];</div><div>cfg.inputcoord = 'mni';</div><div>cfg.atlas = aal;</div><div>cfg.roi = aal.tissuelabel(front_idx);</div><div>mask = ft_volumelookup(cfg, ICavg_int);</div><div><br></div><div>ICavg_int.mask = mask;</div><div>cfg               = [];</div><div>cfg.method        = 'ortho';</div><div>cfg.funparameter  = 'pow';</div><div>cfg.maskparameter = 'mask';</div><div>cfg.funcolormap = 'jet';</div><div>ft_sourceplot(cfg,ICavg_int);</div></div><div><br></div><div>This gives me a source plot with only the frontal regions, the rest masked out; so the atlas lookup seems to work. Then for source stats, in addition to the design parameters (as in <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/example/source_statistics">http://www.fieldtriptoolbox.org/example/source_statistics</a>), I add:</div><div><br></div><div><div>cfg.atlas = aal;</div><div>cfg.roi = aal.tissuelabel(front_idx);</div><div>cfg.inputcoord = 'mni';</div><div><br></div><div>Then I call:</div><div><br></div><div>stat = ft_sourcestatistics(cfg, grandavgIC{:}, grandavgCG{:});</div></div><div><br></div><div>However, the results are exactly the same with or without the atlas info attached to the cfg; all voxels are analyzed, and the obtained cluster results are the same. So it looks like ft_sourcestatistics doesn't do anything with the atlas info. In the help of ft_sourcestatistics, it says:</div><div><br></div><div><br></div><div><div>% FIXME the following needs to be reimplemented</div><div>%</div><div>% You can restrict the statistical analysis to regions of interest (ROIs)</div><div>% or to the average value inside ROIs using the following options:</div><div>%   cfg.atlas        = filename of the atlas</div><div>%   cfg.roi          = string or cell of strings, region(s) of interest from anatomical atlas</div><div>%   cfg.avgoverroi   = 'yes' or 'no' (default = 'no')</div><div>%   cfg.hemisphere   = 'left', 'right', 'both', 'combined', specifying this is</div><div>%                      required when averaging over regions</div><div>%   cfg.inputcoord   = 'mni' or 'tal', the coordinate system in which your source</div><div>%                      reconstruction is expressed</div><div><br></div><div>Does this mean this functionality doesn't work (yet)? Will it in the (near) future, and is there a workaround? Of note, I just updated to the newest fieldtrip version.</div><div><br></div><div>Thanks in advance for any thoughts or suggestions,</div><div><br></div><div>- Joram</div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Joram van Driel, PhD<div>Postdoc @ Vrije Universiteit Amsterdam</div><div>Cognitive Psychology</div><div><br></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>