<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">

If you want the anatomical image to be displayed exactly the same as the template image you need to do the following 2 things:

<div><br>

</div>

<div>-call ft_volumerealign, and impose a RAS coordinate system.</div>

<div>-call ft_volumereslice, to align the i/j/k voxel axes with the x/y/z coordinate axes (which in the previous step were constructed to be RAS).</div>

<div><br>

</div>

<div>Best,</div>

<div>Jan-Mathijs</div>

<div><br>

</div>

<div><br>

</div>

<div><br>

<div>

<div>On Sep 25, 2015, at 4:46 PM, Wu, Jia <<a href="mailto:jia.wu@yale.edu">jia.wu@yale.edu</a>> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<blockquote type="cite">

<div ocsi="0" fpstyle="1" style="font-family: Calibri; font-size: 15px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">

<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; font-size: 10pt;">Hi,<br>

<br>

I have a question about the orientation of MRI and source plot. I made the some comparison plot as below.<br>

<a href="http://imgur.com/a/FoMAH" target="_blank">http://imgur.com/a/FoMAH</a><br>

<br>

The top image is a plot of the T1template, which follows the convention that the top left is coronal, top right is sagittal and the bottom left is axial.<span class="Apple-converted-space"> </span><br>

<br>

The bottom image is from Subject01.mri downloaded from the fieldtrip server and applied volumeslice. (Without using volumeslice the orientation is not correct either). The coronal and sagittal views were switched.<span class="Apple-converted-space"> </span><br>

<br>

I'm wondering whether there is a way that I can change the orientation of the plot.<br>

<br>

best,<br>

-jia<br>

</div>

_______________________________________________<br>

fieldtrip mailing list<br>

<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>

<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div>

</blockquote>

</div>

<br>

</div>

</body>

</html>