<div dir="ltr">Dear Robert,<div><br></div><div>Thank you for your lines.</div><div><br></div><div>I have now written a matlab script, which uses the bwconncomp.m function for clustering.</div><div><br></div><div>In this context, I have the following question concerning the initial T-value threshold (which allows binarization and subsequent clustering).</div><div><br></div><div>I have bivariate histograms of two conditions, which I want to compare for differences (N=50). When doing point-wise paried T-tests, my T-values have a cdf-like shape and go from -8 to +8, meaning, that I have potentially significant positive and (slightly more) negative differences.</div><div><br></div><div>In the paper it says :</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><font face="times new roman, serif">(1) For every sample, compare the MEG-signal on the two types
of trials (...) by means of a t-value (or some
other number that quantifies the effect at this sample). <br>(2) Select all samples whose t-value is larger than some threshold.
(This threshold may or may not be based on the
sampling distribution of the t-value under the null hypothesis,
but this does not affect the validity of the nonparametric
test; see further.) <br>(3) Cluster the selected samples in connected sets on the basis
of temporal adjacency. </font></blockquote><div><br></div><div>And then later :</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><font face="times new roman, serif">Also, for a two-sided test, the clustering in
step 3 is performed separately for samples with a positive and a
negative t-value.</font></blockquote><div><br></div><div>=> So is it right to choose the threshold for the positive T-values and the negative T-values separately?</div><div><br></div><div>=> Would you then choose the outer 97.5 percentile as the threshold  (i.e. T>7.2 for the positive and T< -6.3 for the negative values)? </div><div><br></div><div>However this is drastically more restrictive than a T-value of >2.0097 in case of a single two-sided paired T-test with df=49 (N=50), which would be applied without any correction.</div><div><br></div><div>The choice of this initial threshold defines the cluster size!</div><div><br></div><div>I would be grateful for any hint! Thank you in advance!</div><div>Best,</div><div>Markus</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-09-02 14:14 GMT+02:00 Robert Oostenveld <span dir="ltr"><<a href="mailto:r.oostenveld@donders.ru.nl" target="_blank">r.oostenveld@donders.ru.nl</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Markus,<br>
<br>
That is not something which is not is easily implemented in a single script. It requires a whole variety of functionality which is part of the FT toolbox (shuffling, clustering, bookeeping), but which cannot easily be used if your data is in another format. Perhaps you can reformat your data to make it FT-like.<br>
<br>
best regards,<br>
Robert<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
On 31 Aug 2015, at 13:56, Markus Gschwind <<a href="mailto:markus.gschwind@gmail.com">markus.gschwind@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> Dear all,<br>
><br>
> I wonder if someone could guide me how to use the cluster-based permutation testing after (Maris & Oostenvidle, 2007) on non-fieldtrip data, for example on simple matrices in matlab.<br>
><br>
> Or is there even a matlab script around?<br>
><br>
> Thanks in advance,<br>
> Markus<br>
><br>
><br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote></div><br></div>