<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div>Hi Matthias & David,</div>
<div><br class="">
</div>
<div>You can find a brief explanation on the topic of permutation based interaction effect testing here: <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_can_i_test_an_interaction_effect_using_cluster-based_permutation_tests" class="">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_can_i_test_an_interaction_effect_using_cluster-based_permutation_tests</a></div>
<div><br class="">
</div>
<div>It also give pointers to how to implement it in Fieldtrip, which you should be familiar with. (For David: Matthias is a student in our Master CNS program, and I pointed him to the FT discussion list. Btw the list has an archive that contains many discussions
 of the interaction effect issue.)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>best,</div>
<div>Eric Maris</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class=""><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, 'Helvetica Neue', Helvetica, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127);" class=""><b class="">From:<span class="Apple-converted-space"> </span></b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, 'Helvetica Neue', Helvetica, sans-serif;" class="">David
 Groppe <<a href="mailto:david.m.groppe@gmail.com" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">david.m.groppe@gmail.com</a>><br class="">
</span></div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, 'Helvetica Neue', Helvetica, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127);" class=""><b class="">Subject:<span class="Apple-converted-space"> </span></b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, 'Helvetica Neue', Helvetica, sans-serif;" class=""><b class="">Re:
 [FieldTrip] Two-way permutation test</b><br class="">
</span></div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, 'Helvetica Neue', Helvetica, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127);" class=""><b class="">Date:<span class="Apple-converted-space"> </span></b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, 'Helvetica Neue', Helvetica, sans-serif;" class="">28
 Aug 2015 17:08:55 CEST<br class="">
</span></div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, 'Helvetica Neue', Helvetica, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127);" class=""><b class="">To:<span class="Apple-converted-space"> </span></b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, 'Helvetica Neue', Helvetica, sans-serif;" class="">FieldTrip
 discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">
</span></div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, 'Helvetica Neue', Helvetica, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127);" class=""><b class="">Reply-To:<span class="Apple-converted-space"> </span></b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, 'Helvetica Neue', Helvetica, sans-serif;" class="">FieldTrip
 discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">
</span></div>
<br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<div dir="ltr" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">Hi Matthias,<br class="">
</div>
   If I understand you correctly, you can use a t-score based permutation test to solve your problem. This procedure can test for an effect of factor A, factor B, and their interaction as described here:<br class="">
<br class="">
<a href="http://openwetware.org/wiki/Mass_Univariate_ERP_Toolbox:_within-subject_t-tests" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://openwetware.org/wiki/Mass_Univariate_ERP_Toolbox:_within-subject_t-tests</a><br class="">
<br class="">
</div>
   cheers,<br class="">
</div>
       -David<br class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">  <span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<br class="">
<div class="gmail_quote">On Fri, Aug 28, 2015 at 9:31 AM, Fritsche, M. (Matthias)<span class="Apple-converted-space"> </span><span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:m.fritsche@student.ru.nl" target="_blank" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">m.fritsche@student.ru.nl</a>></span><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:<br class="">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex;">
<div class="">
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; font-size: 10pt;" class="">
<div class="">
<div class="">Dear Fieldtrip mailing list,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">my name is Matthias Fritsche and I'm a research intern in Floris de Lange's 'Prediction & Attention' group at the Donders Center for Cognitive Neuroimaging. I'm currently working on my Master's project and have got a question I hope you might
 be able to help me with.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I'm currently at the data analysis stage of a behavioral experiment and wondered whether there is a possibility to conduct a two-way permutation test (ANOVA-style, but without actually using ANOVAs/F-values).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">My experiment has two independent variables, let’s call them A and B, and one dependent variable. Every participant was tested in all of the four conditions, A1B1, A2B1, A1B2 and A2B2. The dependent variable is a parameter of a model that is fit
 to the data. However, due to unstable fitting at the subject level, I can only obtain this parameter from the group-averaged data.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">When only interested in effects between two specific conditions, e.g. A1B1 vs A2B1, the test is straightforward. In order to create the null distribution, I randomly swap the condition labels, A1B1 and A2B1, for each participant and compute the
 resulting group test statistic (difference of the dependent variable between A1B1 and A2B1) for that permutation. One option would be to test the difference between every two conditions in this way.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">However, I wondered whether there is also a way to use a permutation test similar to a 2-way ANOVA, i.e. testing the main effects of factor A and factor B, as well as the interaction effect. For that purpose, there seem to be permutation tests
 that use ANOVAs to generate permutation distributions of F-values. However, I cannot use ANOVAs since I only have the dependent variable for the whole group and not for individual participants. Do you know of any method to solve this?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks for your help.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best,</div>
<div class="">Matthias</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
_______________________________________________<br class="">
fieldtrip mailing list<br class="">
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br class="">
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br class="">
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
<br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</body>
</html>