<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hello Matthias,<br><br></div>It is possible to do a factorial test in Fieldtrip, you just have to hack the data a little bit. See this post from Eric Maris: <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_can_i_test_an_interaction_effect_using_cluster-based_permutation_tests">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_can_i_test_an_interaction_effect_using_cluster-based_permutation_tests</a><br></div>(also <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2011-January/003447.html">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2011-January/003447.html</a>, which is an older message recommending the same procedure if I remember correctly)<br><br></div>Best,<br></div>Steve<br><div><div><div><div><br><br><div><br><br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
Message: 7<br>
Date: Fri, 28 Aug 2015 11:08:55 -0400<br>
From: David Groppe <<a href="mailto:david.m.groppe@gmail.com">david.m.groppe@gmail.com</a>><br>
To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
Subject: Re: [FieldTrip] Two-way permutation test<br>
Message-ID:<br>
        <CAOgkko=yGuk2EX2UFLoA+Zi9bVnMBeNWGt=<a href="mailto:B32PZbahoLy%2BT0w@mail.gmail.com">B32PZbahoLy+T0w@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi Matthias,<br>
   If I understand you correctly, you can use a t-score based permutation<br>
test to solve your problem. This procedure can test for an effect of factor<br>
A, factor B, and their interaction as described here:<br>
<br>
<a href="http://openwetware.org/wiki/Mass_Univariate_ERP_Toolbox:_within-subject_t-tests" rel="noreferrer" target="_blank">http://openwetware.org/wiki/Mass_Univariate_ERP_Toolbox:_within-subject_t-tests</a><br>
<br>
   cheers,<br>
       -David<br>
<br>
<br>
On Fri, Aug 28, 2015 at 9:31 AM, Fritsche, M. (Matthias) <<br>
<a href="mailto:m.fritsche@student.ru.nl">m.fritsche@student.ru.nl</a>> wrote:<br>
<br>
> Dear Fieldtrip mailing list,<br>
><br>
> my name is Matthias Fritsche and I'm a research intern in Floris de<br>
> Lange's 'Prediction & Attention' group at the Donders Center for Cognitive<br>
> Neuroimaging. I'm currently working on my Master's project and have got a<br>
> question I hope you might be able to help me with.<br>
><br>
> I'm currently at the data analysis stage of a behavioral experiment and<br>
> wondered whether there is a possibility to conduct a two-way permutation<br>
> test (ANOVA-style, but without actually using ANOVAs/F-values).<br>
><br>
> My experiment has two independent variables, let?s call them A and B, and<br>
> one dependent variable. Every participant was tested in all of the four<br>
> conditions, A1B1, A2B1, A1B2 and A2B2. The dependent variable is a<br>
> parameter of a model that is fit to the data. However, due to unstable<br>
> fitting at the subject level, I can only obtain this parameter from the<br>
> group-averaged data.<br>
><br>
> When only interested in effects between two specific conditions, e.g. A1B1<br>
> vs A2B1, the test is straightforward. In order to create the null<br>
> distribution, I randomly swap the condition labels, A1B1 and A2B1, for each<br>
> participant and compute the resulting group test statistic (difference of<br>
> the dependent variable between A1B1 and A2B1) for that permutation. One<br>
> option would be to test the difference between every two conditions in this<br>
> way.<br>
><br>
> However, I wondered whether there is also a way to use a permutation test<br>
> similar to a 2-way ANOVA, i.e. testing the main effects of factor A and<br>
> factor B, as well as the interaction effect. For that purpose, there seem<br>
> to be permutation tests that use ANOVAs to generate permutation<br>
> distributions of F-values. However, I cannot use ANOVAs since I only have<br>
> the dependent variable for the whole group and not for individual<br>
> participants. Do you know of any method to solve this?<br>
><br>
> Thanks for your help.<br>
><br>
> Best,<br>
> Matthias<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20150828/7f8230bf/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20150828/7f8230bf/attachment-0001.html</a>><br>
<br><br></blockquote></div><br></div></div></div></div></div></div></div>