<div dir="ltr"><div>Dear Fieldtrip community,</div><div><br></div><div>I am working on constructing an EEG volume conduction model. When running ft_prepare_mesh I get a warning message the meaning if which is not clear, hence I do not know how to fix it. Any help will be appreciated. Details below.</div><div><br></div><div>Code executed: </div><div><br></div><div>>mri = ft_read_mri(file_name_mri);<br></div><div><br></div><div>>cfg                             = [ ];</div><div><div><div>>cfg.brainsmooth        = 5; <br></div><div>>cfg.scalpsmooth        = 4; </div><div>>cfg.brainthreshold     = 0.5;</div><div>>cfg.scalpthreshold     = 0.1;</div></div><div>>segm_mri  = ft_volumesegment(cfg, mri);</div><div><br></div><div>>cfg                          = [ ];<br></div><div>>cfg.method             = 'projectmesh';</div><div>>cfg.tissue               = {'brain','skull','scalp'};</div><div>>cfg.numvertices     = [3000 2000 1000];</div><div><div>>surf_mesh             = ft_prepare_mesh(cfg, segm_mri);<br></div></div></div><div><br></div><div>The code executes till the end, but I get this message:</div><div>>"Warning: the segmentation is not star-shaped, please check the surface mesh"<br></div><div><br></div><div>When inspecting the mesh visually, I find no obvious abnormalities. </div><div>The meshes that do get the warning look more or less the same as the meshes of other subjects that do not get the warning.</div><div><br></div><div>What is most interesting, when I use a segmented Fieldtrip template ('~/matlab/fieldtrip/external/spm8/templates/T1.nii') as an input to ft_prepare_mesh, I also get the same warning.<br></div><div> </div><div>Here are 3 related questions:</div><div>What could be another way of checking/another indicator that the surface meshes have been constructed incorrectly, since visually they seem ok? </div><div><div>Could changing the smoothing and thresholding parameters improve the segmentation? (I haven't yet found values that do not produce the warning, though.)</div></div><div>Is this an 'important' warning that signals that my subsequent source localization might not work or might work incorrectly (i.e., I should not just ignore it) ?</div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div>Maris</div><div><br></div><div> </div><div> </div><div><br></div><div><br></div></div>