<div dir="ltr">Dear Maris<div><br></div><div>I am heavily guessing here, but are the anatomical MRI images cut on top? I only encountered this in the case that the MRI slices covered an incomplete volume of the head.</div><div><br></div><div>It might be something else, though this is easy to check...</div><div><br></div><div>Good luck</div><div>Cris</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Aug 15, 2015 at 7:02 PM, Maris Skujevskis <span dir="ltr"><<a href="mailto:icelandhouse@gmail.com" target="_blank">icelandhouse@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Fieldtrip community,<div><br><div><div>When plotting the head shape with ft_volumerealign (the input to the ft_volumerealign function being simpy the output produced by the ft_read_mri), some of the subjects show deep crater-like holes in the head surface. </div><div>Images available here: <a href="https://goo.gl/photos/txeai9EfFXCn4hQ17" target="_blank">https://goo.gl/photos/txeai9EfFXCn4hQ17</a></div><div><br></div><div>Does anyone have an idea what might have caused these 'holes'?<br></div><div><br></div><div>If this is incomplete information to be able to answer the question, please ask so I can provide further details.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Maris</div><div><br></div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>