<div dir="ltr">Hi Maris,<div>it's interesting. I think there is no need (for now) to upload the data though. Could you attach the code that you used to generate the figures?</div><div>There might be important information there, such as the coordinate system or the resolution of the MR scans (what is the FOV? What is the slice distance? etc...)</div><div><br></div><div>It'd be great if you could patch the snippet of code.</div><div><br></div><div>All the best!</div><div>Cris</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 17, 2015 at 2:51 PM, Maris Skujevskis <span dir="ltr"><<a href="mailto:icelandhouse@gmail.com" target="_blank">icelandhouse@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Thanks for your suggestion, Cristiano. However, the anatomical images do cover the entire head! <br></div><div><br></div><div>There seem to be two possibilities - either there is something wrong in how some lower level function employed by ft_volumerealign creates the head surface out of my MR files or there are some real deformities present in my MR images.<br></div><div><br></div><div>Since I do not have a well-trained eye for this, could someone take a quick look at a couple of the original MR files of any of these subjects (same link as previously): <a href="https://goo.gl/photos/txeai9EfFXCn4hQ17" rel="noreferrer" target="_blank">https://goo.gl/photos/txeai9EfFXCn4hQ17</a> and say whether they look distorted in any way? Let me know and I will share the MR files. <br></div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Maris</div><div><br><div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>Date: Mon, 17 Aug 2015 11:46:38 +0200<br>
From: Cristiano Micheli <<a href="mailto:michelic72@gmail.com" target="_blank">michelic72@gmail.com</a>><br>
To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
Subject: Re: [FieldTrip] holes in head<br>
Message-ID:<br>
        <CADW7XCD_78QQBAj1WvM=<a href="mailto:ZT2mdpTxePPwDT72z1hU9biQ7--ipA@mail.gmail.com" target="_blank">ZT2mdpTxePPwDT72z1hU9biQ7--ipA@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<div><div class="h5"><br>
<br>
Dear Maris<br>
<br>
I am heavily guessing here, but are the anatomical MRI images cut on top? I<br>
only encountered this in the case that the MRI slices covered an incomplete<br>
volume of the head.<br>
<br>
It might be something else, though this is easy to check...<br>
<br>
Good luck<br>
Cris<br>
<br>
<br>
On Sat, Aug 15, 2015 at 7:02 PM, Maris Skujevskis <<a href="mailto:icelandhouse@gmail.com" target="_blank">icelandhouse@gmail.com</a>><br>
wrote:<br>
<br>
> Dear Fieldtrip community,<br>
><br>
> When plotting the head shape with ft_volumerealign (the input to the<br>
> ft_volumerealign function being simpy the output produced by the<br>
> ft_read_mri), some of the subjects show deep crater-like holes in the head<br>
> surface.<br>
> Images available here: <a href="https://goo.gl/photos/txeai9EfFXCn4hQ17" rel="noreferrer" target="_blank">https://goo.gl/photos/txeai9EfFXCn4hQ17</a><br>
><br>
> Does anyone have an idea what might have caused these 'holes'?<br>
><br>
> If this is incomplete information to be able to answer the question,<br>
> please ask so I can provide further details.<br>
><br>
> Best wishes,<br>
> Maris<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
><br></div></div>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20150817/b429c646/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20150817/b429c646/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<span class=""><br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br></span>
End of fieldtrip Digest, Vol 57, Issue 13<br>
*****************************************<br>
</blockquote></div><br></div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>