<div dir="ltr"><div><div><div>FYI, I'm pretty sure the corresponding sample code at <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock</a> is also several years out of date (I remember having problems with it in the past, it seems to be from before ft_clusterplot() existed, as it's just using ft_topoplotER). Of course I am as much to blame as anyone for not updating it. But if someone is going to update the other page then maybe this one can be done as well; I can take a crack at it if no one picks it up on bugzilla.<br><br></div>Also, is it just me or is <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/eventrelatedstatistics#permutation_test_based_on_cluster_statistics">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/eventrelatedstatistics#permutation_test_based_on_cluster_statistics</a> essentially duplicating (with what looks like a more recent example and code) what's in <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock</a> ? Would it be worthwhile to reconcile these two (and maybe replace one with a link to the other, so they don't get out of sync again)?<br><br></div>Best,<br></div>Steve<br><div><div><div><div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br><br></div>Stephen Politzer-Ahles<br>New York University, Abu Dhabi<br>Neuroscience of Language Lab<br><a href="http://www.nyu.edu/projects/politzer-ahles/" target="_blank">http://www.nyu.edu/projects/politzer-ahles/</a><br></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 7, 2015 at 2:00 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Message: 1<br>
Date: Thu, 6 Aug 2015 14:32:10 +0000<br>
From: Rajat Thomas <<a href="mailto:r.thomas@nin.knaw.nl">r.thomas@nin.knaw.nl</a>><br>
To: "<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>" <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
Subject: [FieldTrip] Error in Cluster permutation tutorial?<br>
Message-ID: <<a href="mailto:1438871530409.50689@nin.knaw.nl">1438871530409.50689@nin.knaw.nl</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Dear FieldTrippers,<br>
<br>
<br>
I followed the tutorial on<br>
<br>
<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/eventrelatedstatistics?s[]=cluster&s[]=permutation" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/eventrelatedstatistics?s[]=cluster&s[]=permutation</a><br>
<br>
at the very end, I wanted to do the ft_clusterplot but then I did not get topoplots as a function of time as in the<br>
tutorial and instead just got one plot.<br>
<br>
Is there something wrong in the way the parameters are set in the tutorial.<br>
The last part is as follows:<br>
<br>
% make a plot<br>
cfg = [];<br>
cfg.highlightsymbolseries = ['*','*','.','.','.'];<br>
cfg.layout = 'CTF151.lay';<br>
cfg.contournum = 0;<br>
cfg.markersymbol = '.';<br>
cfg.alpha = 0.05;<br>
cfg.parameter='stat';<br>
cfg.zlim<<a href="http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/techdoc/ref/zlim.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/techdoc/ref/zlim.html</a>> = [-5 5];<br>
ft_clusterplot(cfg,stat);<br>
<br>
Any input will be very helpful.<br>
<br>
Thanks.<br>
<br>
Rajat<br>
<br>
<br>
Rajat Mani Thomas<br>
Social Brain Lab<br>
Netherlands Institute for Neuroscience<br>
Amsterdam<br></blockquote></div></div></div></div></div></div></div>