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 New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=NL style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>And at the end I get a matrix:  <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>  1.0e+003 *<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>   -0.2038    6.1450   -0.2048<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>   -0.2038    6.1450   -0.2048<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>   -0.2038    6.1450   -0.2048<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>   -0.2038    6.1450   -0.2048<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>...<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Then I attempt to preprocess again: <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt;text-autospace:none'><span lang=PT style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg=[];</span><span lang=PT style='font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt;text-autospace:none'><span lang=PT style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg.dataset=</span><span lang=PT style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#A020F0'>'C:\eeg_anita\data\S14\s14_CI_1.cnt'</span><span lang=PT style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>;</span><span lang=PT style='font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt;text-autospace:none'><span lang=PT style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg.headerfile=</span><span lang=PT style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#A020F0'>'C:\eeg_anita\data\S14\s14_CI_1.cnt'</span><span lang=PT style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>;</span><span lang=PT style='font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg.trl=trl;</span><span style='font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg_test=ft_preprocessing(cfg);</span><span style='font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>and I get an error: <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>??? Error using ==> ft_read_data at 206<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>cannot read data before the begin of the file<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Error in ==> ft_preprocessing at 563<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>      dat = ft_read_data(cfg.datafile, 'header', hdr, 'begsample', begsample, 'endsample', endsample, 'chanindx', rawindx,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:36.0pt'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>      'checkboundary', strcmp(cfg.continuous, 'no'), 'dataformat', cfg.dataformat)<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Nikola<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> fieldtrip-bounces@science.ru.nl [mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl] <b>On Behalf Of </b>Pelt, S. van (Stan)<br><b>Sent:</b> 14 July 2015 09:25<br><b>To:</b> FieldTrip discussion list<br><b>Subject:</b> Re: [FieldTrip] using ft_definetrial<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Hi Nikola,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>You might also try a workaround:<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>     <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>% read the events from the data<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>event = ft_read_event('C:\eeg_anita\data\S14\s14_CI_1.cnt');<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>    <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>% search for "trigger" events<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>triggers=[];<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>for i=1:size(event,1) <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>     a=find(strcmp(event(i).type,'trigger')==1); <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>     if a>0<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>         triggers=[triggers; event(i).value event(i).sample]; <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>     end <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>end<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>% make cfg.trl: I think this is where things go wrong in your script. You could check what’s in triggers(:,1). Otherwise, what’s below should work:<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>u1=find(ismember(triggers(:,1),[1 3 6 9])); % select your eventvalue(s) of interest<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>trl= [triggers(u1,2)-.2*fs triggers(u1,2)+6*fs repmat(-.2*fs,numel(u1),1)]; % 0.2 prestim, 6s post-stim, with fs being your sampling frequency<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>% next, do preprocessing, with cfg.trl=trl;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a> [<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl">mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>] <b>On Behalf Of </b>Jörn M. Horschig<br><b>Sent:</b> dinsdag 14 juli 2015 8:38<br><b>To:</b> 'FieldTrip discussion list'<br><b>Subject:</b> Re: [FieldTrip] using ft_definetrial<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Hi Nikola,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>seems to be a nasty problem. I’d start with using event = ft_read_events(cfg.dataset) and then check up the event-structure on how they are defined there. ft_trialfun_general is literally checking that event-structure, so defining them like they are specified in there might help. <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Best,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Jörn<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:9.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#626264'>--<o:p></o:p></span></b></p><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:9.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#255A9E'><o:p> </o:p></span></b></p><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:9.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#255A9E'>Jörn M. Horschig, PhD</span></b><span lang=EN-US style='font-size:9.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#626264'>, Software Engineer</span><b><span lang=EN-US style='font-size:9.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:black'><o:p></o:p></span></b></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><a href="http://www.artinis.com/"><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#626264'>Artinis Medical Systems</span></a></span><span lang=EN-US style='font-size:9.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#626264'>  |  +31 481 350 980 </span><b><span lang=EN-US style='font-size:9.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#255A9E'><o:p></o:p></span></b></p></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt'><div><div style='border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>From:</span></b><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a> [<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl">mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>] <b>On Behalf Of </b>Nikola Valchev<br><b>Sent:</b> Monday, July 13, 2015 9:51 PM<br><b>To:</b> 'FieldTrip discussion list'<br><b>Subject:</b> Re: [FieldTrip] using ft_definetrial<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Nope. That’s not it. No matter if I declare it as a double or string when I call the eventtype ‘trigger’ instead of ‘?’ they are not read. <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Nikola<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> </span><span lang=EN-US><a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl"><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>fieldtrip-bounces@science.ru.nl</span></a></span><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> [</span><span lang=EN-US><a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl"><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl</span></a></span><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>] <b>On Behalf Of </b>Pelt, S. van (Stan)<br><b>Sent:</b> 13 July 2015 19:30<br><b>To:</b> FieldTrip discussion list<br><b>Subject:</b> Re: [FieldTrip] using ft_definetrial<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><div><p class=MsoNormal>What about<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>cfg.trialdef.eventvalue     = 1;<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><div><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><p class=MsoNormal><span lang=NL>Op 13 jul. 2015, om 18:36 heeft Eelke Spaak <</span><span lang=EN-US><a href="mailto:eelke.spaak@donders.ru.nl"><span lang=NL>eelke.spaak@donders.ru.nl</span></a></span><span lang=NL>> het volgende geschreven:<o:p></o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><span lang=NL><o:p> </o:p></span></p><div><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt;orphans: auto;text-align:start;widows: auto;-webkit-text-stroke-width: 0px;word-spacing:0px'><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>cfg.trialdef.eventvalue     = {'1'};<o:p></o:p></span></p></blockquote></div></blockquote></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>