<div dir="ltr">Hi Jan,<div><br></div><div>Regarding the time-resolved PLV, isn't it different to do it with mtmconvol, which in my view provides a TFR, than with a time signal based on the Hilbert transform which estimates instantaneous phase.</div><div><br></div><div>My doubt is that the time-resolved PLV will need three or four cycles for good spectral estimation, and two things can happen:</div><div>1 - I analyse non-overlapping chunks and get a low number of time-points.</div><div>2 - I analyse highly overlapping segments and thus a lot of PLV estimations but not really independent from each other and therefore biasing the comparison to other conditions</div><div><br></div><div>With the Hilbert derived transform I would theoretically have as many independent estimates of the PLV, right?</div><div><br></div><div>Is there a caveat in my line of thought? I might be missing something here...</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Jose Rebola</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 9, 2015 at 11:23 AM, Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <span dir="ltr"><<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
<div>Hi Jose,</div>
<div><span class=""><br>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">
<div>1.<br>
<div>I want to perform this analysis intra-subject.</div>
<div>I have a plv value for the elctrode combination 1&2 at 30Hz for condition 1, and another value for condition 2 (they both have 80 trials)</div>
<div>Not sure I understand what you mean by permuting the trial labels and what I would do with the obtained values. </div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
</span><div>See:</div>
<div>
<div><br>
</div>
<div><span style="font-family:Calibri,Geneva,Arial,Verdana,sans-serif;line-height:22px;text-align:justify;background-color:rgb(255,255,255)">Maris E., Schoffelen J.M., Fries P.</span><em style="padding:0px;margin:0px;font-family:Calibri,Geneva,Arial,Verdana,sans-serif;line-height:22px;text-align:justify;background-color:rgb(255,255,255)"><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=17395267" title="" rel="nofollow" style="padding:1px 0px 1px 16px;margin:0px;color:purple;text-decoration:none;background-image:url(http://www.fieldtriptoolbox.org/lib/tpl/FieldTripV2/images/link_icon.gif);background-color:transparent;background-repeat:no-repeat no-repeat" target="_blank">Nonparametric
 statistical testing of coherence differences.</a></em><span style="font-family:Calibri,Geneva,Arial,Verdana,sans-serif;line-height:22px;text-align:justify;background-color:rgb(255,255,255)"> J Neurosci Methods. 2007 Jun 15;163(1):161-75.</span></div>
<div><br>
</div>
</div><span class="">
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">
<div>
<div>2.</div>
<div>Also, is it not possible to do this along time?</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div></span>
Yes, in principle one could compute a time-resolved PLV. This should be done with cfg.method = ‘mtmconvol’, in ft_freqanalysis.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div><br>
</div>
<div>Jan-Mathijs</div></font></span><div><div class="h5">
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">On Thu, Jul 9, 2015 at 10:33 AM, Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)
<span dir="ltr"><<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">Hi Jose,
<div><br>
</div>
<div>I can think of one out of 2 things:</div>
<div>-you formulate a null hypothesis pertaining to a group of subjects, and do statistical inference across subjects (e.g. by permuting the condition labels), or</div>
<div>-you formulate a null hypothesis pertaining to the observations belonging to the individual conditions, and do statistical inference across observations, e.g. by permuting the trial labels.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best wishes,</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<br>
<div>
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD, Senior researcher
<div><br>
Max Planck Institute for Psycholinguistics<br>
Donders Centre for Cognitive Neuroimaging</div>
<div><br>
E-mail: <a href="mailto:j.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">j.schoffelen@donders.ru.nl</a><br>
Telephone: <a href="tel:%2B31-24-3614793" value="+31243614793" target="_blank">+31-24-3614793</a><br>
<br>
<a href="http://www.hettaligebrein.nl/" target="_blank">http://www.hettaligebrein.nl</a></div>
<div><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org</a></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div>
<div>
<div>On Jul 9, 2015, at 11:24 AM, Jose Rebola <<a href="mailto:jrebola@gmail.com" target="_blank">jrebola@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br>
</div>
</div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div>
<div dir="ltr">Hi,
<div><br>
</div>
<div>Is there a straightforward way to compare any connectivity measure at a given frequency (say, plv at 30Hz between electrodes 1 and 2) across conditions? I end up with one value per channel combination per frequency per condition, so what is the right way
 to compare?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks in advance,</div>
<div><br>
</div>
<div>Jose Rebola</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></blockquote>
</div>
<br>
</div></div></div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>