<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div>Dear Robert,<br><br></div><div>it seems that defining a full path vs. only the filename (even if in current folder) makes the difference.<br><br></div><div>filename = '/file/to/path/name.bdf' %events are found, everything ok<br></div><div>filename = 'name.bdf' %file is found and processed by ft_definetrials but NO events are found<br></div><div><br></div><div>This is very odd. I don't get a "file not found" error but just "0 events". <br><br></div><div>Greetings,<br></div><div>Paul <br></div><div><br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Paul,<br>
<br>
I suppose it is an incompatibility between your particular BDF file and the code. I suggest you use MATLAB debugging facilities to check what is wrong in the lower-level code. See <a href="http://tinyurl.com/oy7b496" target="_blank">http://tinyurl.com/oy7b496</a>.<br>
<br>
best regards,<br>
Robert<br>
<br>
<br>
<br>
On 25 May 2015, at 15:51, Paul Zerr <<a href="mailto:zerr.paul@googlemail.com">zerr.paul@googlemail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> I have not. I can read in the header but that's about it.<br>
> I don't have any older matlab versions here to test it with either.<br>
><br>
> From what I understand ft_preprocessing should be capable of reading bdf's directly with only the file name as input arg.<br>
><br>
> Greetings,<br>
> Paul Zerr<br>
><br>
><br>
> From: <<a href="mailto:bibi.raquel@gmail.com">bibi.raquel@gmail.com</a>><br>
> To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
> Subject: Re: [FieldTrip] biosemi bdf >> read_24bit error + no events<br>
>         found<br>
> Message-ID: <<a href="mailto:5560dddf.0b91340a.2dab.ffffdae5@mx.google.com">5560dddf.0b91340a.2dab.ffffdae5@mx.google.com</a>><br>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
><br>
> Have you resolved this issue?<br>
><br>
><br>
> From: Paul Zerr<br>
> Sent: ?Thursday?, ?May? ?14?, ?2015 ?8?:?01? ?AM<br>
> To: FieldTrip discussion list<br>
><br>
><br>
> Hi all,<br>
><br>
> I'm new to fieldtrip so forgive me if my mistake is obvious.<br>
> I want to import my raw, markerless dataset (<a href="http://www.filedropper.com/1_20" target="_blank">http://www.filedropper.com/1_20</a>) with<br>
><br>
> cfg = [];<br>
> cfg.dataset = '2.bdf';<br>
> data = ft_preprocessing(cfg)<br>
><br>
> However, I get<br>
><br>
> reading and preprocessing<br>
> error opening file: 2.bdf<br>
> One or more output arguments not assigned during call to "read_24bit".<br>
><br>
> Error in read_biosemi_bdf>readLowLevel (line 274)<br>
>   buf = read_24bit(filename, offset, numwords);<br>
><br>
> Error in read_biosemi_bdf (line 242)<br>
>       buf = readLowLevel(filename, offset, epochlength); % see below in subfunction<br>
><br>
> Error in ft_read_data (line 321)<br>
>     dat = read_biosemi_bdf(filename, hdr, begsample, endsample, chanindx);<br>
><br>
> Error in ft_preprocessing (line 578)<br>
>       dat = ft_read_data(cfg.datafile, 'header', hdr, 'begsample', begsample,<br>
>       'endsample', endsample, 'chanindx', rawindx, 'checkboundary',<br>
>       strcmp(cfg.continuous, 'no'), 'dataformat', cfg.dataformat)<br>
><br>
> Error in Untitled (line 19)<br>
> data = ft_preprocessing(cfg)<br>
><br>
> Using cfg.trialdef.eventtype = '?'; outputs "no events were found in the datafile" for ft_definetrial even for datasets with many markers. Converting to EDF+ did not help as it then says "channels with different sampling rate not supported". Specifying only one channel makes no difference. The file itself is fine (opens well in BvA).<br>
><br>
> Defining only one channel to preprocess gives the same error.<br>
><br>
> I couldn't find a solution in the archives, the faq, wiki or documentation.<br>
><br>
> I'm using debian stable & matlab 2014a. Same issue at DCC computers running windows & matlab 2013a.<br>
><br>
> Any ideas?<br>
><br>
> Much appreciated,<br>
><br>
> Paul Zerr<br>
> _______________________________________________<br></blockquote></div></div></div>