<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Dear Robert,<br><br></div>thanks for the prompt reply. I was using the 20150113 version. I have now downloaded the most recent version (20150308).<br><br></div>As you predicted the last error disappeared, but after running the same script, I got this one:<br><br>Error using getdimord (line 15)<br>field "avg" not present in data<br><br>Error in ft_timelockstatistics (line 114)<br>dimord = getdimord(varargin{1}, cfg.parameter);<br><br></div>It is weird that it is looking for "avg" since I had to indicate keepindividual='yes' in the ft_timelockgrandaverage step.<br><br></div>I am sure it is something silly, but if someone is willing to help me out here, I would be grateful.<br><br></div>Many thanks,<br></div>Davide<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 9, 2015 at 6:52 PM, Robert Oostenveld <span dir="ltr"><<a href="mailto:r.oostenveld@donders.ru.nl" target="_blank">r.oostenveld@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Davide<br>
<br>
The details of the error messages reveal that you are using an old version of FieldTrip. Some of the low level functions it shows do not exist any more.<br>
<br>
Please update to the latest version and try again.<br>
<br>
Robert<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
> On 9 mrt. 2015, at 18:28, Davide Rivolta <<a href="mailto:drivolta81@gmail.com">drivolta81@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Dear all,<br>
><br>
> I am trying to look at ERPs stats with my EGI cap (I have 16 subjects - within subjects design).<br>
> According to the code I use, I get in the order, an ERROR or I see something weird and I wish to have an opinion.<br>
> See the script below:<br>
><br>
> Here is my script:<br>
> % ERPs grandaverage calculation for 4 conditions<br>
> cfg = [];<br>
> cfg.keepindividual = 'yes';<br>
> ERPs_FP_grandavg = ft_timelockgrandaverage(cfg, FP_block{:});<br>
> ERPs_FS_grandavg = ft_timelockgrandaverage(cfg, FS_block{:});<br>
> ERPs_HP_grandavg = ft_timelockgrandaverage(cfg, HP_block{:});<br>
> ERPs_HS_grandavg = ft_timelockgrandaverage(cfg, HS_block{:});<br>
><br>
> % t-tests<br>
> cfg            = [];<br>
> cfg.method     = 'triangulation';<br>
> cfg.layout   = 'GSN-HydroCel-128.sfp';<br>
> cfg.neighbourdist  = 2;<br>
> cfg.senstype   = 'EEG';<br>
> neighbours_EEG = ft_prepare_neighbours(cfg, ERPs_FP_grandavg);<br>
><br>
> cfg = [];<br>
> cfg.channel     = 'EEG';<br>
> cfg.minnbchan   = 2;<br>
> cfg.neighbours  = neighbours_EEG;<br>
> cfg.latency     = [1.17 1.25];<br>
> cfg.avgovertime = 'no';<br>
> cfg.parameter   = 'avg';<br>
> cfg.method      = 'montecarlo';<br>
> cfg.statistic   = 'ft_statfun_depsamplesT';<br>
> cfg.alpha       = 0.05;<br>
> cfg.clusteralpha = 0.05;<br>
> cfg.correctm    = 'cluster';<br>
> cfg.correcttail = 'prob';<br>
> cfg.numrandomization = 1000;<br>
> cfg.tail = 0;<br>
> cfg.clustertail = 0;<br>
><br>
> Nsub = length(names);<br>
> cfg.design(1,1:2*Nsub)  = [ones(1,Nsub) 2*ones(1,Nsub)];<br>
> cfg.design(2,1:2*Nsub)  = [1:Nsub 1:Nsub];<br>
> cfg.ivar                = 1; % the 1st row in cfg.design contains the independent variable<br>
> cfg.uvar                = 2; % the 2nd row in cfg.design contains the subject number<br>
><br>
> IF I USE THIS CODE:<br>
> stat = ft_timelockstatistics(cfg,ERPs_FP_grandavg,ERPs_FS_grandavg);<br>
><br>
> I GET TE ERROR:<br>
> Reference to non-existent field 'dat'.<br>
><br>
> Error in prepare_timefreq_data>forcedimord (line 531)<br>
>   Nrepl = size(output.dat, repldim);<br>
><br>
> Error in prepare_timefreq_data (line 87)<br>
>   [remember{c}, hascrsspctrm] = forcedimord(varargin{c});<br>
><br>
> Error in statistics_wrapper (line 235)<br>
>   [cfg, data] = prepare_timefreq_data(cfg, varargin{:});<br>
><br>
> Error in ft_timelockstatistics (line 113)<br>
> [stat, cfg] = statistics_wrapper(cfg, varargin{:});<br>
><br>
><br>
> - Note that this worked in very earlier versions of FT<br>
><br>
><br>
><br>
> IF I USE THIS CODE<br>
> stat = ft_timelockstatistics(cfg,FP_block{:},FS_block{:});<br>
><br>
> IT RUNS, BUT I GET SOMETHING WEIRD WITH T-VALUES BELOW 1 and 4 clusters (see attched figure).<br>
><br>
><br>
> What I am doing wrong? Any advice would be great.<br>
><br>
><br>
> Many thanks,<br>
> Davide<br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Davide Rivolta, PhD<br>
</div></div>> <stat_plot.tif><br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature">Davide Rivolta, PhD<br></div>
</div>