<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)">Hello Jan-Mathijs,</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)">My apologies for not being constructive in posing my question. <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)">By anatomy folder I meant the MRI segmentation results (<span style="font-size:12.8000001907349px;font-family:arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34)">scalp, outer skull, inner skull (CSF) and brain) generated by FSL. </span></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:12.8000001907349px;font-family:arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34)"><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><i>Can I use the FieldTrip to load those segmentation results to generate meshes and model BEM for source estimation? </i></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-family:arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34);font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-family:arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34);font-size:12.8000001907349px">As you know that extracting cortical matters from infant MRI is an extremely difficult task as</span><div class="gmail_default" style="font-size:12.8000001907349px;display:inline"> </div><span style="font-family:arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34);font-size:12.8000001907349px">most MRI segmentation tools are developed using adult brain parameters. </span><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-family:arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34);font-size:12.8000001907349px">And, I presume that "</span><span style="font-family:Calibri,Geneva,Arial,Verdana,sans-serif;font-size:15px;line-height:22.5px;text-align:justify">ft_volumesegment" cannot handle infant MRI segmentation. </span></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)">Thanks again,</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)">Berdakh. </div><br style="font-size:12.8000001907349px"><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_extra"><div><div><div dir="ltr"><div><br></div></div></div></div><div class="gmail_quote">On Sun, Feb 8, 2015 at 3:08 AM, Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <span dir="ltr"><<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
<div>Hi Berdakh,</div>
<div><br>
</div>
What do you mean with ‘import anatomy folder’? Please check out the links below in order to formulate your question more constructively.
<div><br>
</div>
<div><a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/faq/how_to_ask_good_questions_to_the_community" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/faq/how_to_ask_good_questions_to_the_community</a></div>
<div><br>
</div>
<div><a href="http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1002202</a></div>
<div><br>
</div>
<div>Note that FieldTrip’s low-level fileio functions know how to deal with compressed nifti files, so if your question means ‘can I use FieldTrip to load in images that have been constructed with FSL’, the answer would be yes.</div>
<div>For information about supported dataformats, see: <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/dataformat" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/dataformat</a></div>
<div><br>
<div>Best wishes,</div>
<div><br>
</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
<div><div><div>
<div>On Feb 7, 2015, at 7:32 PM, Berdakh Abibullaev <<a href="mailto:berdakho@gmail.com" target="_blank">berdakho@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br>
</div></div><blockquote type="cite"><div><div>
<div dir="ltr">
<div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">Hi there,</div>
<div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><br>
</div>
Is there any way to "Import anatomy folder" generated by FSL into the
<div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;display:inline">
FieldTrip</div>
? 
<div><br>
We are trying to work with infant MRI data pre-processed by FSL for infant EEG source estimation.
<br>
<div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;display:inline">
</div>
<br>
<br>
The data description is available here:
<div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;display:inline">
</div>
<font face="trebuchet ms, sans-serif"><a href="http://jerlab.psych.sc.edu/NeurodevelopmentalMRIDatabase/description.html" target="_blank">http://jerlab.psych.sc.edu/NeurodevelopmentalMRIDatabase/description.html</a></font><br>
And, I am copying it below:<br>
<br>
Description.<br>
<br>
The database consists of MRI average templates for a number of ages; in 1-3 month increments through 18 months; then half-year increments through 19-5 years; then 5 year increments through 89 years. The templates were done separately for brain and head. Also
 included are segmentation PVE volumes for gm/wm/csf; T2W-derived CSF; and non-myelinated axons (NMA) for infants. Access to the dataset is separated by ages (infants; 0-12 mo; preschool, 15 mo through 4-0 years; children 4-5 through 10-5 yrs; adolescents 11-0
 through 17-5 yrs; adults 20-89 years).<br>
<br>
The segment data for ages 15-months and older consists of GM, WM, CSF, and T2W-derived CSF. The best combination of segments would be the image_aposteriori_seg data, using GM, WM, and T2W-derived CSF for priors. For 3 through 12 months, the best combination
 of segments would be the nma_seg data; using GM, WM, NMA, and T2W-derived CSF. The "CSF" PVE segments are "Other Matter" in a 3-class segmentation (GM, WM, "Other Matter") and does not reflect actual CSF. The T2W-derived CSF is identified as bright voxels
 in the T2W scan and represent actual CSF in the brain or head. There is an atlas derived from FSL "Harvard-Oxford" cortical and subcortical atlas for the infants, 8 10 12 14 16 18, and 20-24 year old templates.<br>
<br>
Overview:<br>
<br>
ANTS....brain.nii.gz: Average MRI template derived from extracted brain<br>
ANTS....head.nii.gz: Average MRI template derived from whole head<br>
ANTS....brain-head: brain extracted from head template <br>
ANTS....T2W_brain: MRI template separate for extracted brain T2W<br>
ANTS....T2W_head: MRI template separate for whole head T2W<br>
<br>
Segments<br>
AVG...T2W_brain...: T2W for individual participants, warped to template, averaged<br>
AVG...image_seg_...: Image-based segment averages<br>
AVG...image_aposteriori_seg_.. : Age-template priors with a posteriori FAST<br>
AVG...MNI_aposteriori_seg_...: AVG of MNI-template priors, with a posteriori FAST<br>
AVG...nma_seg_: For infants, non-myelinated axons separate from gray matter<br>
AVG....seg_csf: "Other matter" in 3-class segmentation<br>
AVG....seg_t2wcsf: T2W-derived CSF<br>
<br>
Atlas:<br>
ANTS...brain...brainstem: The individual files have the brain areas<br>
ANTS...brain_atlas: Segmented atlas for all brain areas
<div>
<div></div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">
<div style="display:inline"></div>
<span style="font-family:arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34)">Please help.</span><span style="font-family:arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34)"> </span></div>
<br>
</div>
<div>
<div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">Thanks,</div>
<div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">Berdakh.
</div>
<br>
</div>
</div></div></div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div></div>