<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)">Hi there,</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><br></div>Is there any way to "Import anatomy folder" generated by FSL into the <div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0);display:inline">FieldTrip</div>? <div><br>We are trying to work with infant MRI data pre-processed by FSL for infant EEG source estimation. <br><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0);display:inline"></div><br><br>The data description is available here: <div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0);display:inline"></div><font color="#000000" face="trebuchet ms, sans-serif"><a href="http://jerlab.psych.sc.edu/NeurodevelopmentalMRIDatabase/description.html">http://jerlab.psych.sc.edu/NeurodevelopmentalMRIDatabase/description.html</a></font><br>And, I am copying it below:<br><br>Description.<br><br>The database consists of MRI average templates for a number of ages; in 1-3 month increments through 18 months; then half-year increments through 19-5 years; then 5 year increments through 89 years. The templates were done separately for brain and head. Also included are segmentation PVE volumes for gm/wm/csf; T2W-derived CSF; and non-myelinated axons (NMA) for infants. Access to the dataset is separated by ages (infants; 0-12 mo; preschool, 15 mo through 4-0 years; children 4-5 through 10-5 yrs; adolescents 11-0 through 17-5 yrs; adults 20-89 years).<br><br>The segment data for ages 15-months and older consists of GM, WM, CSF, and T2W-derived CSF. The best combination of segments would be the image_aposteriori_seg data, using GM, WM, and T2W-derived CSF for priors. For 3 through 12 months, the best combination of segments would be the nma_seg data; using GM, WM, NMA, and T2W-derived CSF. The "CSF" PVE segments are "Other Matter" in a 3-class segmentation (GM, WM, "Other Matter") and does not reflect actual CSF. The T2W-derived CSF is identified as bright voxels in the T2W scan and represent actual CSF in the brain or head. There is an atlas derived from FSL "Harvard-Oxford" cortical and subcortical atlas for the infants, 8 10 12 14 16 18, and 20-24 year old templates.<br><br>Overview:<br><br>ANTS....brain.nii.gz: Average MRI template derived from extracted brain<br>ANTS....head.nii.gz: Average MRI template derived from whole head<br>ANTS....brain-head: brain extracted from head template <br>ANTS....T2W_brain: MRI template separate for extracted brain T2W<br>ANTS....T2W_head: MRI template separate for whole head T2W<br><br>Segments<br>AVG...T2W_brain...: T2W for individual participants, warped to template, averaged<br>AVG...image_seg_...: Image-based segment averages<br>AVG...image_aposteriori_seg_.. : Age-template priors with a posteriori FAST<br>AVG...MNI_aposteriori_seg_...: AVG of MNI-template priors, with a posteriori FAST<br>AVG...nma_seg_: For infants, non-myelinated axons separate from gray matter<br>AVG....seg_csf: "Other matter" in 3-class segmentation<br>AVG....seg_t2wcsf: T2W-derived CSF<br><br>Atlas:<br>ANTS...brain...brainstem: The individual files have the brain areas<br>ANTS...brain_atlas: Segmented atlas for all brain areas<div><div></div></div>
</div><div><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><div class="gmail_default" style="display:inline"></div><span style="font-family:arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34)">Please help.</span><span style="font-family:arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34)"> </span></div><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)">Thanks,</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,0)">Berdakh. </div><br></div></div>