<div dir="ltr">Dear Holger,<div><br></div><div>Please see the discussion on this bug: <a href="http://bugzilla.fcdonders.nl/show_bug.cgi?id=2585">http://bugzilla.fcdonders.nl/show_bug.cgi?id=2585</a></div><div>in which it is a known bug, but still an open discussion as to solution.</div><div><br></div><div>Sorry for the problem, but perhaps your email will help spur a solution...</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Johanna</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-02-04 16:24 GMT+00:00 Holger Krause <span dir="ltr"><<a href="mailto:Holger.Krause@med.uni-duesseldorf.de" target="_blank">Holger.Krause@med.uni-duesseldorf.de</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
<br>
documentation of FT_COMPONENTANALYSIS states:<br>
<br>
> You may specify a particular seed for random numbers called by<br>
> rand/randn/randi, or the random state used by a previous call to this<br>
> function to replicate results. For example:<br>
>   cfg.randomseed   = integer seed value of user's choice<br>
>   cfg.randomseed   = comp.cfg.callinfo.randomseed (from previous call)<br>
<br>
Aiming at reproducing independent components, I would expect<br>
<br>
    cfg.method       = 'runica';<br>
    cfg.randomseed   = 5;<br>
    comp = ft_componentanalysis(cfg, some_preprocessed_data);<br>
<br>
to yield the same results as<br>
<br>
    cfg.method       = 'runica';<br>
    cfg.randomseed   = 5;<br>
    comp = ft_componentanalysis(cfg, some_preprocessed_data);<br>
<br>
Unfortunately, this is not (always) the case. As far as I can see, all the FT<br>
functions seem to handle the 'randomseed' option properly. It is<br>
'external/eeglab/runica.m', which is nasty, and sets the state of the prng to<br>
a value depending on system time (line 812):<br>
<br>
>    rand('state',sum(100*clock));  % set the random number generator state to<br>
>                               % a position dependent on the system clock<br>
<br>
I'm not sure, what's FT's policy regarding making changes to external<br>
toolboxes. In this case, I would recommend to delete the aforementioned line,<br>
as it effectively renders fieldtrip's aims to have reproducible pseudo random<br>
numbers void. And, without this line, two consecutive calls of<br>
ft_componentanalysis() seem to produce identical results (checked by eye in<br>
ft_databrowser()).<br>
<br>
Could some FT developer please comment on this?<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Holger<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
Dr. rer. nat. Holger Krause                       MEG-Labor, Raum 13.54.-1.84<br>
Telefon: <a href="tel:%2B49%20211%2081-19031" value="+492118119031">+49 211 81-19031</a>          Institut für klinische Neurowissenschaften<br>
<a href="http://www.uniklinik-duesseldorf.de/klinneurowiss" target="_blank">http://www.uniklinik-duesseldorf.de/klinneurowiss</a>        Uniklinik Düsseldorf<br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>