<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Ying and Stan,<br></div>I had the same problem, and I solved it in a 'quick and dirty' way by changing the name of the first image of the dicom series (i.e. substituting the dots with underscores). It may help to change/add the extension of the first file too .<br></div><br></div>Best of luck!<br><br> Cris<br><div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 16, 2015 at 9:43 AM, Pelt, S. van (Stan) <span dir="ltr"><<a href="mailto:stan.vanpelt@donders.ru.nl" target="_blank">stan.vanpelt@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div link="blue" vlink="purple" lang="NL">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Dear Ying,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">As far as I understand, Fieldtrip can read in the entire series of dicom-files by just specifying the first file name of the series, just like
 you did. However, for this it is required that the series number is clear in each file name, e.g. MRI_S01_MEG.0001.0001.IMA,  MRI_S01_MEG.0001.0002.IMA, etc. I suppose that is not clear in your dicom file names.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Best,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Stan<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">--<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Stan van Pelt, PhD<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Radboud University<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Montessorilaan 3, B.01.34<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">6525 HR Nijmegen, the Netherlands<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">tel: <a href="tel:%2B31%2024%203616288" value="+31243616288" target="_blank">+31 24 3616288</a>
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"" lang="EN-US">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"" lang="EN-US"> <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a> [mailto:<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>]
<b>On Behalf Of </b>Ying Li<br>
<b>Sent:</b> woensdag 14 januari 2015 20:05<br>
<b>To:</b> FieldTrip discussion list<br>
<b>Subject:</b> [FieldTrip] How to read .dicom format using FT_READ_MRI<u></u><u></u></span></p>
</div><div><div class="h5">
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Dear all,<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I'm trying to load MRI into matlab. The MRI data I have is a series of .dicom files (~250 frames, "IMG1"~"IMG250").  I'm wondering how to specify the input parameter for the function "ft_read_mri". Since I have 250 files, which file should
 I use for the input?<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">If I only use the first file "IMG1", for example mri = ft_read_mri('IMG1');  Then I will get the following error:<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Warning: Not enough data imported.  Attempted to read 3053459760 bytes at position 2953.  Only read 534544. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">ERROR: IMG1 does not have a series number <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Error in load_dicom_series (line 42)<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">if(nargin < 1 | nargin > 3)<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Output argument "vol" (and maybe others) not assigned during call to<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">"XX\fieldtrip_20140518\external\freesurfer\load_dicom_series.m>load_dicom_series".<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Error in ft_read_mri (line 287)<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">  [img,transform,hdr,mr_params] = load_dicom_series(dcmdir,dcmdir,filename);<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I'll appreciate your reply a lot!<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Best,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Ying<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>