<div dir="ltr">Hello All, <div><br></div><div>I would like some help to  replicate an analysis done in brain vision analyzer in field trip. Here is the details of the analysis in brain vision. I have done most of the code but I get almost completely different results which is puzziling. Maybe some of the filteres are not defined properly- so if anyone has some time I would appreciate the help :-)</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks alot,</div><div>Gerome</div><div><br></div><div>Here is the brain vision sequence I am trying to replicate</div><div>  - Read in Data</div><div> - Reference to mastiod</div><div> - 100Hz Band rejection filter - bandwidth 8, slope 2</div><div> - High cuttoff (low pass filter at 45Hz with a slope of 24dB/oct)</div><div> - Low cuttoff (high pass filter at 0.53Hz, time constant 0.3002923, 24db/ oct)</div><div> - Notch Filter at 50Hz</div><div> - Segmentation</div><div> - Baseline Correction -200 ms to - 5 ms</div><div> - Averaging segments</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Here is my Field trip code: </div><div><br></div><div><div>%rereference all trials</div><div>cfg.reref = 'yes';</div><div>cfg.continuous = 'yes';</div><div><br></div><div>% reference what channels</div><div>cfg.channel = 'all';</div><div>%choose the reference channel</div><div>cfg.refchannel = {'EXG1' 'EXG2'};</div><div><br></div><div>% cfg.dataset = 'CVP1S1.bdf';</div><div>cfg.continuous = 'yes';</div><div>%</div><div><br></div><div>%bandfilter</div><div>cfg.bsfilter = 'yes';</div><div>cfg.bsfiltord = 2;</div><div>% cfg.bsfiltdir = 'onepass-zerophase';</div><div>cfg.bsfreq = [92 108];</div><div><br></div><div><br></div><div>% </div><div>%DFT</div><div>cfg.dftfilter = 'yes';</div><div><br></div><div>% IIR Filters</div><div>cfg.lpfilter = 'yes';</div><div>cfg.lpfilttype  = 'but';</div><div>% cfg.lpfiltdir = 'onepass-zerophase';</div><div>cfg.lpfreq  = 45;</div><div><br></div><div>cfg.hpfilter = 'yes';</div><div>cfg.hpfilttype  = 'but';</div><div>% cfg.hpfiltdir = 'onepass-zerophase';</div><div>cfg.hpfreq  = 0.53;</div><div><br></div><div>data = ft_preprocessing(cfg);</div><div><br></div><div><br></div><div>% Define Trial</div><div>cfg = [];</div><div>cfg.trialdef.eventtype  = 'STATUS';</div><div>cfg.dataset = eeg_file;</div><div>cfg.trialdef.eventvalue = 65522;</div><div>cfg.trialdef.prestim    = 0.2;</div><div>cfg.trialdef.poststim   = 0.3;</div><div>cfg = ft_definetrial(cfg);</div><div><br></div><div>data_vep = ft_redefinetrial(cfg, data);</div><div><br></div><div>% Baseline Correction</div><div>cfg = [];</div><div>cfg.demean = 'yes';</div><div>cfg.baselinewindow = [-0.2 -0.05];</div><div>data_vep = ft_preprocessing(cfg, data_vep);</div><div><br></div><div>%Averaging</div><div>cfg=[];</div><div>avg_data = ft_timelockanalysis(cfg, data_vep);</div><div><br></div><div><br></div><div>cfg.ylim = [-10 10];</div><div>cfg.channel = 'O1';</div><div><br></div><div>ft_singleplotER(cfg,avg_data);</div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">_____________________<div>Gerome Manson PhD Student</div><div>Laboratoire de Neuroscience Cognitives- Aix Marseille Université<br>Perceptual Motor Behavior lab- University of Toronto</div><div><a href="mailto:gerome.manson@utoronto.ca" target="_blank">gerome.manson@utoronto.ca</a><br></div><div><a href="mailto:gerome.manson@univ-amu.fr" target="_blank">gerome.manson@univ-amu.fr</a><br></div><div>416-978-6109</div><div><br></div></div></div>
</div></div>