<div dir="ltr">Hi Vitoria,<div><br></div><div>Yes, I guess it might be the missing channels somehow. </div><div><br></div><div>Concerning the missing chanori; I think you throw away more than just the data when you remove a channel, and when you restore it later on, things like the orientation, location etc. is not in the data anymore. I would therefor never throw away a channel, but rather fix it, to avoid these kinds of problems. Anyway, I think you can solve it by copying the .grad structure from an earier point (before having removed channels) into the data after fixing.</div><div><br></div><div>If this doesn't solve the topo problem, have you tried dividing the difference by the sum of the conditions or otherwise normalizing the difference for each subject? E.g. (Condition A - B) / (Condition A + B). <br></div><div><br></div><div>Good luck!</div><div>STephen</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 19 September 2014 01:13, Vitoria Piai <span dir="ltr"><<a href="mailto:v.piai.research@gmail.com" target="_blank">v.piai.research@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  

    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hello FT-ers, <br>
    <br>
    I was wondering whether anyone has an idea of what could be going on
    in this topo of the group-averaged ERF (difference between 2
    conditions, planar gradient). At first I thought that could be
    muscle activity, but that pattern seems to hold regardless of the
    time window I choose (and besides when I plot the EMG of some facial
    muscles, they don't differ from each other...). <br>
    What I noted now is that different sensors were excluded for
    different participants around those areas so I'm suspecting that the
    missing sensors are causing the problem (because of the way the data
    is interpolated for plotting?).<br>
    <br>
    <img src="cid:part1.08030009.01040408@gmail.com" alt="" height="254" width="244"><br>
    I tried different options in ft_topoplot but all my attempts were in
    vain. <br>
    Next, I tried using ft_channelrepair. I assumed that the correct
    order of processing steps would be to repair channels first, and
    then calculate planar gradients after. If I follow that procedure, I
    get the following error when running ft_megplanar (FT version
    20140518):<br>
    Reference to non-existent field 'chanori'.<br>
    <br>
    Error in ft_megplanar (line 242)<br>
      chanposnans = any(isnan(sens.chanpos(:))) ||
    any(isnan(sens.chanori(:)));<br>
    <br>
    If anyone could shed some light on these issues, it would be great!<br>
    Thanks a lot, <br>
    Vitoria<br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>