<div dir="ltr">Dear Hweeling,<div><br></div><div>Unfortunately I am not yet familiar with the PPC measure, but I guess that being a pairwise phase <b>consistancy</b> measure, it is defined over a set of trials, and can not be calculated for any individual trial (like coherence, or PLV)?</div><div><br></div><div>Just quickly reading through "The pairwise phase consistency: A bias-free measure of rhythmic neuronal synchronization" (Vinck et al., 2010), this seems to be the case.</div><div><br></div><div>Hope this helps,</div><div>roey</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 18, 2014 at 3:30 PM, Hwee Ling Lee <span dir="ltr"><<a href="mailto:hweeling.lee@gmail.com" target="_blank">hweeling.lee@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Dear all,</div><div><br></div><div>I've got a question regarding extracting pairwise phase consistency of individual trials for each subject.</div><div><br></div><div>Using the connectivity analyses tutorial as a reference, I extracted the PPC using the fourier information from the mtmfft (dpss taper).</div><div><br></div><div>Here's an example of my code:</div><div><br></div><div><div>    cfg                 = [];</div><div>    cfg.output          = 'fourier';</div><div>    cfg.channel         = {'all'};</div><div>    cfg.method          = 'mtmfft';</div><div>    cfg.keeptrials      = 'yes';</div><div>    cfg.tapsmofrq       = 5;</div><div>    </div><div>    % find the index for the c200 condition</div><div>    pre_c200_idx = find(data8.trialinfo == 200);</div><div>    </div><div>    cfg.trials          = pre_c200_idx;</div><div>    cfg.foilim          = [0 100]; % either the full range of frequencies (data2.hdr.Fs/2) or up to 100 Hz</div><div>    cfg.taper           = 'dpss';</div><div>    HLF_pre_c200        = ft_freqanalysis(cfg, data8);</div></div><div><br></div><div>The PPC is extracted using this code:</div><div><br></div><div><div>    cfg                 = [];</div><div>    cfg.trials          = 'all';</div><div>    cfg.keeptrials      = 'yes';</div><div>    cfg.channel         = {'all'};</div><div>    cfg.removemean      = 'yes';</div><div>    </div><div>    cfg.method           = 'wppc';</div><div>    cfg.channelcmb       = {cfg.channel, cfg.channel};</div><div>    </div><div>    HLF_pre_c200wppc      = ft_connectivityanalysis(cfg, HLF_pre_c200);</div></div><div><br></div><div>Although I've specified to keep individual trials, my output is still a 'chan_freq' dimord variable. It does not contain any individual trial PPC information. Is there a way to extract the connectivity for individual trials?</div><div><br></div><div>Thanks.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Hweeling</div><div><br></div></div>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>