<div dir="ltr">Try<a href="https://www.dropbox.com/s/58zv658rtdant2c/GSN129.sfp?dl=0"> this one</a> I use</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Aug 24, 2014 at 4:08 AM, KatrinH Heimann <span dir="ltr"><<a href="mailto:katrinheimann@gmail.com" target="_blank">katrinheimann@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear all, my problems seem neverending. This time however i really need help. <div>I implemented a pipeline for ERPs. All works now, trialdefinition, preprocessing, channelreplacement, ica, componentrejection, final artifactdetection, timelock of the single subject data. However, when I wanna compute the grandaverage of the single subjects I get the following error message:</div>

<div><br></div><div><div>computing average of avg over 19 subjects</div><div>Warning: discarding electrode information because it cannot be averaged </div><div>> In ft_timelockgrandaverage at 249 </div><div>the call to "ft_timelockgrandaverage" took 0 seconds and required the additional allocation of an estimated 3 MB</div>

<div>computing average of avg over 2 subjects</div><div>Warning: discarding electrode information because it cannot be averaged </div><div>> In ft_timelockgrandaverage at 249 </div><div>the call to "ft_timelockgrandaverage" took 0 seconds and required the additional allocation of an estimated 0 MB</div>

<div>the call to "ft_prepare_layout" took 0 seconds and required the additional allocation of an estimated 0 MB</div><div>the call to "ft_topoplotER" took 0 seconds and required the additional allocation of an estimated 0 MB</div>

</div><div><br></div><div>Furthermore in the plot of the significant clusters, the channelnames are mixed up (do not correspond to my net)</div><div><br></div><div><br></div><div>I guess that there is a problem with the layout I use. </div>

<div>Here the code that I use <br></div><div><br></div><div>%For generating the layout (also in the single subjects):</div><div>















<p>cfg = [];</p>
<p>cfg.channel  = obs_data.label;</p><p><span>cfg.layout   = </span>'GSN-HydroCel-129.sfp'<span>;</span></p>
<p>cfg.feedback = <span>'yes'</span>;</p>
<p>lay          = ft_prepare_layout(cfg);</p>
<p> </p>
<p>cfg_neighb          = [];</p>
<p>cfg_neighb.feedback = <span>'yes'</span>;</p>
<p>cfg_neighb.method   = <span>'triangulation'</span>;</p>
<p>cfg_neighb.layout   = lay;</p>
<p>neighbours          = ft_prepare_neighbours(cfg_neighb, obs_data);</p>
<p> </p>
<p>obs_data.elec = ft_read_sens(<span>'GSN-HydroCel-129.sfp'</span>);</p>
<p><br></p><p>%For computing the grand average</p><p>cfg = [];</p>
<p>cfg.channel   = <span>'all'</span>;</p>
<p>cfg.latency   = <span>'all'</span>;</p>
<p>cfg.parameter = <span>'avg'</span>;</p>
<p>cfg.keepindividual = <span>'no'</span></p>
<p>GA_90         = ft_timelockgrandaverage(cfg,all90{:});  </p>
<p>GA_180        = ft_timelockgrandaverage(cfg,all180{:});</p>
<p>% "{:}" means to use data from all elements of the variable</p>
<p> </p><p>For plotting the significant clusters</p>
<p>cfg = [];</p>
<p>cfg.style     = <span>'blank'</span>;</p>
<p>cfg.layout    = lay;</p>
<p>cfg.channellabels = <span>'yes'</span>;</p>
<p>cfg.highlight = <span>'labels'</span>;</p>
<p>cfg.highlightchannel = find(stat.mask);</p>
<p>cfg.comment   = <span>'no'</span>;</p>
<p>figure; ft_topoplotER(cfg, GA_90)</p>
<p><span>title(</span>'Nonparametric: significant with cluster multiple comparison correction'<span>)</span></p><p><span><br></span></p><p><span>Do you have ANY idea to this? I am really completely helpless....</span></p>

<p>thanks and best</p><p>Katrin</p></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>