<div dir="ltr">Dear <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:13px">Kaelasha,</span><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:13px">If I understand correctly (and as describes in the function's code), ft_realign has a default coordinate system that is used when using the different methods of realigning. When using 'interactive', this default is indeed ctf. Please try the following (specifying the coordinate system yourself) and tell us how it goes:</span></div>
<br>cfg=[];<br>cfg.method = 'interactive';<br>cfg.coordsys = 'neurmag';<br><div>mri_real = ft_volumerealign(cfg, mri);<br><br>Best,<br>Roey</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On Sat, Jul 19, 2014 at 12:54 AM, Kaelasha Tyler <span dir="ltr"><<a href="mailto:ktyler@swin.edu.au" target="_blank">ktyler@swin.edu.au</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Hi all,
<div><br>
</div>
<div>I had understood, that using ft_volumerealign, and manually marking fiducials, should produce a new structure (mri_real) with a cfg.coordsys matching the actual MEG system you are using- in my case neuromag.</div>
<div><br>
</div>
<div>However, no mater how much I play around with the ft_volumerealign, I always end up with a structure with mri_real.coordsys='ctf'.</div>
<div><br>
</div>
<div>Later down the track, my volume conduction model is not properly aligned to my sensors.</div>
<div><br>
</div>
<div>Currently I am just using the following basic code:</div>
<div>
<p style="margin-right:0px;margin-left:0px;font-size:10px;font-family:Courier">
<br>
</p>
<p style="margin-right:0px;margin-left:0px;font-size:10px;font-family:Courier">
cfg=[];</p>
<p style="margin-right:0px;margin-left:0px;font-size:10px;font-family:Courier;min-height:12px">
cfg.method = <span style="color:rgb(178,69,243)">'interactive'</span>;</p>
<p style="margin-right:0px;margin-left:0px;font-size:10px;font-family:Courier">
mri_real = ft_volumerealign(cfg, mri);</p>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Does anyone know what I am doing wrong here?</div>
<div><br>
</div>
<div>Cheers,</div>
<div>Kaelasha</div>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>