
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>

</head>

<body fpstyle="1" ocsi="0">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi all,

<div><br>

</div>

<div>I had understood, that using ft_volumerealign, and manually marking fiducials, should produce a new structure (mri_real) with a cfg.coordsys matching the actual MEG system you are using- in my case neuromag.</div>

<div><br>

</div>

<div>However, no mater how much I play around with the ft_volumerealign, I always end up with a structure with mri_real.coordsys='ctf'.</div>

<div><br>

</div>

<div>Later down the track, my volume conduction model is not properly aligned to my sensors.</div>

<div><br>

</div>

<div>Currently I am just using the following basic code:</div>

<div>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-size: 10px; font-family: Courier;">

<br>

</p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-size: 10px; font-family: Courier;">

cfg=[];</p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-size: 10px; font-family: Courier; min-height: 12px;">

cfg.method = <span style="color: rgb(178, 69, 243);">'interactive'</span>;</p>

<p style="margin-right: 0px; margin-left: 0px; font-size: 10px; font-family: Courier;">

mri_real = ft_volumerealign(cfg, mri);</p>

</div>

<div><br>

</div>

<div>Does anyone know what I am doing wrong here?</div>

<div><br>

</div>

<div>Cheers,</div>

<div>Kaelasha</div>

</div>

</body>

</html>