<div dir="ltr"><div>Thank you Dr. Horschig,</div><div> </div><div>I am sorry for writing the first line of my letter wrongly.</div><div> </div><div>Hamza</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On Wed, Jun 25, 2014 at 5:10 PM, "Jörn M. Horschig" <span dir="ltr"><<a href="mailto:jm.horschig@donders.ru.nl" target="_blank">jm.horschig@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear Hamzi,<br>
<br>
this might be related to different coordinate systems, see<br>
<a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/faq/how_are_the_different_head_and_mri_coordinate_systems_defined" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/<u></u>faq/how_are_the_different_<u></u>head_and_mri_coordinate_<u></u>systems_defined</a><br>

<br>
FieldTrip is using whatever coordinate system the data was spceified in, and it seems that brainstorm is using some fixed coordinate system and applied a transformation beforehands. you could e.g. notice that in Brainstorm the coordinates for the first and third dimension have about the same value, where in FieldTrip this happens for the second and third value. So I would assume the difference is due to a difference in coordinate systems.<br>

<br>
Best,<br>
Jörn<div><div class="h5"><br>
<br>
On 6/25/2014 1:41 PM, Hamza Fawzi Altakroury (Alumni) wrote:<br>
</div></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid" class="gmail_quote"><div><div class="h5">
Hello,<br>
<br>
I was checking the one of the Fieldtrip's pages to perform an have change the coordinate system of my electrodes position<br>
<br>
The page:<br>
<a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/align_eeg_electrode_positions_to_bem_headmodel" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/<u></u>example/align_eeg_electrode_<u></u>positions_to_bem_headmodel</a><br>
<br>
For doing an alignment, the fiducials positions should be given, I did not have them first, so I use the brainstorm toolbox to get them from the patient MRI.<br>
<br>
In brainstrom I found this equation for transforming from voxel to mm. (given the voxel size)<br>
<br>
Position_mm = Position_voxel .* Voxel_size.<br>
<br>
While in fieldtrip I found another statement which gives (given the transformation matrix) a different answer:<br>
<br>
warp_apply(vox2head, vox_Nas, 'homogenous');<br>
<br>
<br>
For example using brainstorm equation I got:<br>
<br>
NAS = [117.1920215.8287118.9998]<br>
<br>
<br>
And using the fieldtrip function, I got:<br>
<br>
NAS = [14.397349.392649.6322]<br>
<br>
<br>
What is the difference between the two?<br>
<br>
<br>
Thank you<br>
<br>
<br>
-- <br>
Hamza Fawzi Altakroury<br>
Graduate student - MA<br>
Faculty of Engineering and Natural Sciences<br>
Sabancı University<br>
<br>
<br></div></div>
______________________________<u></u>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/<u></u>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote>
<br>
<br>
-- <br>
Jörn M. Horschig<br>
PhD Student<br>
Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<br>
Centre for Cognitive Neuroimaging<br>
Radboud University Nijmegen<br>
Neuronal Oscillations Group<br>
FieldTrip Development Team<br>
<br>
P.O. Box 9101<br>
NL-6500 HB Nijmegen<br>
The Netherlands<br>
<br>
Contact:<br>
E-Mail: <a href="mailto:jm.horschig@donders.ru.nl" target="_blank">jm.horschig@donders.ru.nl</a><br>
Tel:    <a href="tel:%2B31-%280%2924-36-68493" target="_blank" value="+31243668493">+31-(0)24-36-68493</a><br>
Web: <a href="http://www.ru.nl/donders" target="_blank">http://www.ru.nl/donders</a><br>
<br>
Visiting address:<br>
Trigon, room 2.30<br>
Kapittelweg 29<br>
NL-6525 EN Nijmegen<br>
The Netherlands<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/<u></u>mailman/listinfo/fieldtrip</a></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Hamza Fawzi Altakroury<br>
Graduate student - MA<br>Faculty of Engineering and Natural Sciences<br>Sabancı University
</div>