<div dir="ltr"><br clear="all"><div>Hi all,</div><div><br></div><div>I am trying to use AAL atlas on cortical mesh generated for individual subjects using freesurfer.</div><div><br></div><div>When I do it on standard (template) sourcemodel, it works fine.</div>
<div>







<p class=""><span class="">aal = ft_read_atlas(</span>'/Users/gopalar/Documents/MATLAB/fieldtrip-20140430/template/atlas/aal/ROI_MNI_V4.nii'<span class="">);</span></p>
<p class="">sourcemodel=ft_read_headshape('cortex_8196.surf.gii');<br></p><p class="">sourcemodel2=ft_sourceinterpolate(cfg,atlas,sourcemodel);<br></p></div><div>sourcemodel2.tissue has all the parcellations numbered and indexed.</div>
<div><br></div><div>when sourcemodel was generated for individual subjects, the above steps does not work well. ft_sourceinterpolate do not yield all parcellations and they are anatomically skewed. I guess some co-registration of individual cortical mesh with standard template needed. Or are grids are the only other option. I really would like to use the cortical mesh instead of grids in my analysis.</div>
<div><br></div><div>Thanks for your help</div><div><br></div><div>Raghavan </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><i>Raghavan Gopalakrishnan,</i><div><i>Principal Research Engineer, </i></div>
<div><i>Cleveland Clinic</i></div></div>
</div>