<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; }--></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="OWAFontStyleDivID" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p style="">​JM,<br>
</p>
<p style=""><br>
</p>
<p style="">This worked well. I have used it in this order:<br>
</p>
<p style=""><br>
</p>
<p style="">ft_read_mri<br>
</p>
<p style="">ft_volumenormalise<br>
</p>
<p style="">ft_volumereslice<br>
</p>
<p style=""><br>
</p>
<p style="">Is that the correct order? Or doesnt it matter as such?<br>
</p>
<p style=""><br>
</p>
<p style="">Tyler<br>
</p>
<div>
<p><br>
</p>
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-size: 13px;">*************************
<div style="font-family:Tahoma"><br>
</div>
<div><font face="Arial"><i>Tyler Grummett ( BBSc, BSc(Hons I))</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>PhD Candidate</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Brain Signals Laboratory</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Flinders University</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Rm 5A301</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Ext 66124</i></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="color: rgb(40, 40, 40);">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> fieldtrip-bounces@science.ru.nl <fieldtrip-bounces@science.ru.nl> on behalf of jan-mathijs schoffelen <jan.schoffelen@donders.ru.nl><br>
<b>Sent:</b> Tuesday, 3 June 2014 4:49 PM<br>
<b>To:</b> FieldTrip discussion list<br>
<b>Subject:</b> Re: [FieldTrip] convert mri headmodel from ctf to mni</font>
<div> </div>
</div>
<div>Hi Tyler,
<div><br>
</div>
<div>Try using ft_volumenormalise on your variabl mri.</div>
<div><br>
</div>
<div>JM</div>
<div><br>
<div>
<div>On Jun 3, 2014, at 3:04 AM, Tyler Grummett <<a href="mailto:tyler.grummett@flinders.edu.au">tyler.grummett@flinders.edu.au</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr" style="font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px">
<div id="OWAFontStyleDivID" style="font-size:12pt; background-color:rgb(255,255,255); font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px">hello fieldtrippers,<br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px">I recently worked out how to create virtual channels using beamformer and an atlas.<br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px">However, now i have the problem of plotting the data using ft_sourceplot.<br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px">The atlas has mni coordinates, but the mri headmodel has ctf coordinates.<br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px">atlas = <br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>            dim: [91 109 91]</div>
<div>            hdr: [1x1 struct]</div>
<div>      transform: [4x4 double]</div>
<div>           unit: 'mm'</div>
<div>         tissue: [91x109x91 double]</div>
<div>    tissuelabel: {116x1 cell}</div>
<div>       coordsys: 'mni'<br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px">mri = <br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div>      anatomy: [256x256x256 double]</div>
<div>          dim: [256 256 256]</div>
<div>    transform: [4x4 double]</div>
<div>     coordsys: 'ctf'</div>
<div>         unit: 'mm'</div>
<div>          cfg: [1x1 struct]<br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px">Is there a way to change either so that I can plot the data?<br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px">Tyler<br>
</div>
<div>
<div style="margin-top:0px; margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; margin:0px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-size:13px">*************************
<div style="font-family:Tahoma"><br>
</div>
<div><font face="Arial"><i>Tyler Grummett ( BBSc, BSc(Hons I))</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>PhD Candidate</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Brain Signals Laboratory</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Flinders University</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Rm 5A301</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Ext 66124</i></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div>
</blockquote>
</div>
<br>
<div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word">
<div>Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD </div>
<div><br>
</div>
<div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>
Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>
Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div>
<div><br>
</div>
<div>Max Planck Institute for Psycholinguistics,</div>
<div>Nijmegen, The Netherlands</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div>
<div>Telephone: +31-24-3614793</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="http://www.hettaligebrein.nl">http://www.hettaligebrein.nl</a></div>
</div>
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