<div dir="ltr">Hi Katrin,<div><br></div><div>It may help to see your code, but hopefully this will help. It should be as simple as taking your epoched data from ft_definetrial and ft_preprocessing, then creating two configurations for your timewindows and running ft_redefinetrial.</div>
<div><br></div><div>For example (from the fieldtrip tutorial, slightly simplified by me for explanatory purposes):</div><div><br></div><div>***</div><div><br></div><div><div>% find the interesting segments of data</div><div>
<br></div><div>cfg                             = [];                                                      % empty configuration</div><div>cfg.dataset                 = 'Subject01.ds';                                    % name of CTF dataset  </div>
<div>cfg.trialdef.eventtype    = 'backpanel trigger';</div><div>cfg.trialdef.prestim       = 1;</div><div>cfg.trialdef.poststim     = 2;</div><div>cfg.trialdef.eventvalue   = 3;                                                       % event value of FIC</div>
<div>cfg                             = ft_definetrial(cfg);            </div><div>  </div><div>% preprocess the data</div><div><br></div><div>cfg.channel                 = {'MEG'};                     </div><div>dataFIC                      = ft_preprocessing(cfg);<br>
</div><div><br></div><div>% define time window</div><div><br></div><div>cfg                            = [];                                           </div><div>cfg.toilim                   = [-0.5 0];                       </div>
<div>dataPre                     = ft_redefinetrial(cfg, dataFIC);</div><div>   </div><div>cfg.toilim                   = [0.8 1.3];                       </div><div>dataPost                   = ft_redefinetrial(cfg, dataFIC);</div>
</div><div><br></div><div>***</div><div><br></div><div>So if your code resembles this, you are defining in cfg.trialdef.prestim and cfg.trialdef.poststim a timewindow that encompasses both your baseline period and stimulus period, then for cfg.toilim in the ft_redefinetrial section you are setting one to your baseline period and the other to your stimulus period, and outputting them into separate variables.</div>
<div><br></div><div>Hopefully this helps. Also, if you haven't done so already, I would strongly recommend you run through the tutorial, as it may help answer questions like this in the future (assuming I've properly identified the issue).</div>
<div><br></div><div>Good luck,</div><div><br></div><div>Max</div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 27, 2014 at 12:10 PM, KatrinH Heimann <span dir="ltr"><<a href="mailto:katrinheimann@gmail.com" target="_blank">katrinheimann@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div>my name is Katrin Heimann, I am phd student at the University of Parma. New to Fieldtrip.</div>
<div>I am doing an EEG analysis, still in the preprocessing phase. </div>
<div>It is a within trials design. I would like to compare a baseline period with an experimental condition (visual stimulus).</div><div><br></div><div> I have a trigger after a fixation cross, then a baseline period (approx 1 sec) , then the period of my stimulus (1 sec- starting with a bottom press (trigger)).</div>

<div><br></div><div> As I would like to apply the same baseline correction for both (the fixationcross period)  I planned to first define my trials as long trials including the timewindows of baseline and the stimulus period, applying filter and baselinecorrection on those long pieces. However, as I do not wanna do the artifact detection on the whole pieces (but seperately for baseline and stimulus, to avoid that I have to throw away too many trials) I would like to redefine my trials then, cutting out only baseline period and only stimulus period (starting with another trigger (triggervalue=resp).. </div>

<div><br></div><div><b>Unfortunately I do not understand how I can change the trigger used with ft redefine trial. </b></div><div><br></div><div>Anybody who could give me an example how that is done?</div>
<div>Thanks a million</div><div>Katrin</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">
Max Cantor<div>Research Assistant</div><div>Computational Neurolinguistics Lab</div><div>University of Michigan</div></div>
</div></div>