<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi Tyler,<br><br></div>I can't comment on the usefulness of directionality between 1400 sources, but keep in mind, that you would have to compute something in the range of 1400*1400 <br>
connections, so I hope you have a fast computer.<br><br></div>As for the regions, in case you want to use anatomically defined regions, you an either use the atlases (atlanti? atlae?) that come with fieldtrip or generate a mask from this website: <a href="http://neuro.imm.dtu.dk/services/jerne/ninf/voi.html">http://neuro.imm.dtu.dk/services/jerne/ninf/voi.html</a><br>
<br></div><div>The general idea is to build a grid with a gridpoint per voxel of your MRI using ft_prepare_sourcemodel. Then you can check which of your virtual channels is closest to the voxel-gridpoints and thus select the virtual channels that are inside your ROI.<br>
</div><div><br></div>In the first case, you can use ft_volumelookup to find the voxels corresponding to your ROI. In the latter case you can just use the mask and check which voxels are 1 (= inside your ROI).<br><br>I hope that helps, if you have specific questions, feel free to ask.<br>
<br></div>Best,<br><br></div>Julian<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 27, 2014 at 7:44 AM, Tyler Grummett <span dir="ltr"><<a href="mailto:tyler.grummett@flinders.edu.au" target="_blank">tyler.grummett@flinders.edu.au</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>​Hello fieldtrippers,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>I was just wondering whether it would be sensible to do granger causality on all 1400 virtual channels, as calculated using beamformer.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Or should you do a PCA reduction of some description beforehand.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>I was also wondering how to create regions of interest. Some of my colleagues think that we should use some kind of spatial ICA technique.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Im open to all suggestions.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Tyler<br>
</p>
<div>
<p><br>
</p>
<div name="divtagdefaultwrapper">
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div style="font-size:13px">*************************
<div style="font-family:Tahoma"><br>
</div>
<div><font face="Arial"><i>Tyler Grummett ( BBSc, BSc(Hons I))</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>PhD Candidate</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Brain Signals Laboratory</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Flinders University</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Rm 5A301</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Ext 66124</i></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>