<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi Tyler,<br><br></div>I attached 2 plots for you, one with evoked ERF activity, and one of the same activity but masked for the maximum.<br>As you can see, you get information about the activity for each dipole as well as the location within the volume.<br>
<br></div>As for the layout, here's how it works for me:<br><br>% Sourcedummy in this case is a source structure containing the grid .pos<br>% and .inside field<br>elec = [];<br>elec.elecpos = sourcedummy.pos(sourcedummy.inside,:);<br>
elec.chanpos = sourcedummy.pos(sourcedummy.inside,:);<br>tmp = num2cell(sourcedummy.inside);<br>elec.label = cellfun(@num2str,tmp,'UniformOutput',0);<br><br>cfg = [];<br>cfg.elec = elec;<br>cfg.projection = 'polar';<br>
<br>example_lay = ft_prepare_layout(cfg);<br><br>cfg=[];<br>cfg.layout = example_lay;<br><br>ft_layoutplot(cfg);<br><br></div><div>Please be careful with the 2D-projection of 3D-data. I'm not sure how accurate the projection is and some grid points might overlap.<br>
</div><div><br></div>Good Luck,<br><br></div>Julian<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 23, 2014 at 10:04 AM, Tyler Grummett <span dir="ltr"><<a href="mailto:tyler.grummett@flinders.edu.au" target="_blank">tyler.grummett@flinders.edu.au</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div dir="auto">
<div>Hey Julian,</div>
<div><br>
</div>
<div>That sounds good, it would be awesome if you could give me an example.</div>
<div><br>
</div>
<div>Also though, what are the steps of using ft_prepare_layout with beamformer data. I am away it gives you permissions, but how do you enter that into ft_prepare_layout.</div>
<div><br>
</div>
<div>This is only for using in trentool, otherwise I would be using your method</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div><br>
</div>
<div>Tyler <br>
<br>
</div></font></span><div><div class="h5">
<div><br>
On 23 May 2014, at 4:40 pm, "Julian Keil" <<a href="mailto:julian.keil@gmail.com" target="_blank">julian.keil@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div>Dear Tyler,
<div><br>
</div>
<div>I recently had a similar problem.</div>
<div><br>
</div>
<div>I solved this by plotting the x,y,z-coordinates of all dipoles within the BEM-Model and assign a color value depending on the power value to the dipole markers.</div>
<div><br>
</div>
<div>In short: use ft_triplot to plot the mesh of the BEM. Then select the .pos-field of the dipoles inside your volume and plot them with plot3.</div>
<div>In the plot3-step, you can assign each dipole a 'Color'-property based on your power or stats value.</div>
<div><br>
</div>
<div>Alternatively, you can use ft_prepare_layout to get a planar projection of your sources, but at least in my case it did not look too good.</div>
<div><br>
</div>
<div>Hope that helps, if you want to, I can send you an example of what the plots look like.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div><br>
</div>
<div>Julian</div>
<div> </div>
<div>
<div>
<div>Am 23.05.2014 um 04:10 schrieb Tyler Grummett:</div>
<br>
<blockquote type="cite"><span style="border-collapse:separate;font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;font-size:medium">
<div dir="ltr">
<div style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Hello fieldtrippers,<br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">I am trying to create a layout file that has the positions of the beamformer sources.<br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">The output of my beamformer analysis was 1400 channels and I am trying to create a layout file with certain position which correspond to certain sources.<br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">For example, if I wanted to plot 30 sources and all I had were the x y z position.<br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">I am hoping that this made sense, I cant quite work out what I should be asking for. I have worked out how to plot the power of the sources, but <br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">ft_topoplotIC is asking for a layout file (after I ran an ICA over it), which I cant work out how to make.<br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Tyler<br>
</div>
<div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px">
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div style="font-size:13px">*************************
<div style="font-family:Tahoma"><br>
</div>
<div><font face="Arial"><i>Tyler Grummett ( BBSc, BSc(Hons I))</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>PhD Candidate</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Brain Signals Laboratory</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Flinders University</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Rm 5A301</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Ext 66124</i></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div>
</span></blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<div><span>_______________________________________________</span><br>
<span>fieldtrip mailing list</span><br>
<span><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a></span><br>
<span><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></span></div>
</blockquote>
</div></div></div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>