<div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div>Thanks so much for all of your enthusiastic replies. I'll give a try to your suggestions<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">.</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Best wishes,</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Ying</span></div>
</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 22, 2014 at 4:47 AM, Eelke Spaak <span dir="ltr"><<a href="mailto:eelke.spaak@donders.ru.nl" target="_blank">eelke.spaak@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Haha never mind, I was totally confused. "Perpendicular" and<br>
"parallel" both start with a p...<br>
<br>
On 22 May 2014 13:42, jan-mathijs schoffelen<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br>
> Eelke,<br>
><br>
> You're absolutely right one should take the orientation that is othogonal!<br>
> In my dictionary this is exactly what the word perpendicular means ;-)...<br>
><br>
> JM<br>
><br>
> On May 22, 2014, at 1:25 PM, Eelke Spaak wrote:<br>
><br>
> Hi Ying & JM & the rest of the list,<br>
><br>
> I've never worked with cortex-constrained source reconstructions<br>
> before, but one question came to mind: doesn't it make more sense to<br>
> constrain the dipole orientations to *orthogonal* to the cortex,<br>
> rather than perpendicular? Given that currents along the aligned<br>
> dendrites of L5 pyramidal cells are (afaik) likely the most important<br>
> origin of the MEG signal, and those dendrites are oriented<br>
> approximately orthogonal to the cortical surface, isn't that what you<br>
> would expect?<br>
><br>
> Best,<br>
> Eelke<br>
><br>
> On 22 May 2014 11:47, jan-mathijs schoffelen<br>
> <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi Ying,<br>
><br>
><br>
> Yes, it's possible to constrain the dipole orientation. If you have a<br>
><br>
> cortical sheet based source model that contains a triangulation that<br>
><br>
> describes the topology, it's in principle possible to compute the<br>
><br>
> orientation perpendicular to the sheet (this can e.g. be done  by the<br>
><br>
> 'normals' function which I believe should be in ~/fieldtrip/private).<br>
><br>
> Subsequently, for each vertex in the cortical sheet you can multiply the<br>
><br>
> leadfield matrix with this vector to get a single column leadfield vector<br>
><br>
> per vertex that describes the sensor topography of a dipolar source with<br>
><br>
> orientation perpendicular to the cortex.<br>
><br>
><br>
> Best,<br>
><br>
> Jan-Mathijs<br>
><br>
><br>
> On May 22, 2014, at 11:04 AM, Eelke Spaak wrote:<br>
><br>
><br>
> Hi Ying,<br>
><br>
><br>
> In addition to this, of course first you would need a model of the<br>
><br>
> cortical surface for your subjects. See<br>
><br>
> <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/minimumnormestimate" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/minimumnormestimate</a> for how to<br>
><br>
> obtain such a model (using FreeSurfer) and getting it into FieldTrip.<br>
><br>
><br>
> Best,<br>
><br>
> Eelke<br>
><br>
><br>
> On 22 May 2014 10:56, "Jörn M. Horschig" <<a href="mailto:jm.horschig@donders.ru.nl">jm.horschig@donders.ru.nl</a>> wrote:<br>
><br>
><br>
> Hi Ying,<br>
><br>
><br>
><br>
> when computing the leadfields you can set the option cfg.reducerank, which<br>
><br>
><br>
> 'nulls' the dimension(s) which explain(s) the least variance (this is not<br>
><br>
><br>
> quite true, but figuratively speaking). I think this is what comes closest<br>
><br>
><br>
> to what you are looking for. There is no way to explicitly set desired<br>
><br>
><br>
> orientations to zero apart from modifying the leadfield structure yourself.<br>
><br>
><br>
> But that should be easily achievable, right?<br>
><br>
><br>
><br>
> Best,<br>
><br>
><br>
> Jörn<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> On 5/22/2014 10:26 AM, Ying Li wrote:<br>
><br>
><br>
><br>
> Dear all,<br>
><br>
><br>
><br>
> I tried to use fieldtrip to generate a source space and calculate lead<br>
><br>
><br>
> field matrix. I found that the dipoles in the source space has x, y, z<br>
><br>
><br>
> orientations. Is it possible to generate a source model where the dipole is<br>
><br>
><br>
> perpendicular to the cortex surface?<br>
><br>
><br>
><br>
> Actually this can be very helpful, since it will reduce the unknown<br>
><br>
><br>
> variables and make the inverse problem easier to solve. Also, there are some<br>
><br>
><br>
> inverse algorithms which require the dipole to be perpendicular to the<br>
><br>
><br>
> cortex surface.<br>
><br>
><br>
><br>
> Thanks a lot!!!<br>
><br>
><br>
><br>
> Best,<br>
><br>
><br>
><br>
> Ying<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
><br>
><br>
> fieldtrip mailing list<br>
><br>
><br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
><br>
><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
><br>
><br>
> Jörn M. Horschig<br>
><br>
><br>
> PhD Student<br>
><br>
><br>
> Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<br>
><br>
><br>
> Centre for Cognitive Neuroimaging<br>
><br>
><br>
> Radboud University Nijmegen<br>
><br>
><br>
> Neuronal Oscillations Group<br>
><br>
><br>
> FieldTrip Development Team<br>
><br>
><br>
><br>
> P.O. Box 9101<br>
><br>
><br>
> NL-6500 HB Nijmegen<br>
><br>
><br>
> The Netherlands<br>
><br>
><br>
><br>
> Contact:<br>
><br>
><br>
> E-Mail: <a href="mailto:jm.horschig@donders.ru.nl">jm.horschig@donders.ru.nl</a><br>
><br>
><br>
> Tel:    <a href="tel:%2B31-%280%2924-36-68493" value="+31243668493">+31-(0)24-36-68493</a><br>
><br>
><br>
> Web: <a href="http://www.ru.nl/donders" target="_blank">http://www.ru.nl/donders</a><br>
><br>
><br>
><br>
> Visiting address:<br>
><br>
><br>
> Trigon, room 2.30<br>
><br>
><br>
> Kapittelweg 29<br>
><br>
><br>
> NL-6525 EN Nijmegen<br>
><br>
><br>
> The Netherlands<br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
><br>
><br>
> fieldtrip mailing list<br>
><br>
><br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
><br>
><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
><br>
> fieldtrip mailing list<br>
><br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
><br>
><br>
><br>
> Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD<br>
><br>
><br>
> Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour,<br>
><br>
> Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>
><br>
> Radboud University Nijmegen, The Netherlands<br>
><br>
><br>
> Max Planck Institute for Psycholinguistics,<br>
><br>
> Nijmegen, The Netherlands<br>
><br>
><br>
> <a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a><br>
><br>
> Telephone: <a href="tel:%2B31-24-3614793" value="+31243614793">+31-24-3614793</a><br>
><br>
><br>
> <a href="http://www.hettaligebrein.nl" target="_blank">http://www.hettaligebrein.nl</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
><br>
> fieldtrip mailing list<br>
><br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
><br>
><br>
> Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD<br>
><br>
> Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour,<br>
> Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>
> Radboud University Nijmegen, The Netherlands<br>
><br>
> Max Planck Institute for Psycholinguistics,<br>
> Nijmegen, The Netherlands<br>
><br>
> <a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a><br>
> Telephone: <a href="tel:%2B31-24-3614793" value="+31243614793">+31-24-3614793</a><br>
><br>
> <a href="http://www.hettaligebrein.nl" target="_blank">http://www.hettaligebrein.nl</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div></div></blockquote></div><br></div>