<div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.333333969116211px">hi all</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.333333969116211px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.333333969116211px">
<div><div>fieldtrip my experience is limited, and attempt a head model. </div><div><br></div><div>I analyze the documents for the user's site, and could reach the head model is presented in the official website successfully. But when trying to do the same from imr own size: 512x512x22, throws me the following errors when trying to run the function ft_headmodel. </div>
<div><br></div><div>What could be the problem? </div><div><br></div><div>because with the Subject01.mri file, the code itself works fine, but with the mri.mat (attached) file not working properly</div></div><div><br></div>
<div>the error is as follows<br></div><div><br></div><div><div>Warning: please specify cfg.method='projectmesh', 'iso2mesh' or 'isosurface' </div><div>> In ft_prepare_mesh at 116</div><div>  In ft_prepare_headmodel at 251</div>
<div>  In fm_0 at 41 </div><div>Warning: using 'projectmesh' as default </div><div>> In ft_prepare_mesh at 117</div><div>  In ft_prepare_headmodel at 251</div><div>  In fm_0 at 41 </div><div>making mesh for scalp tissue</div>
<div>making mesh for brain tissue</div><div>making mesh for skull tissue</div><div>converting seg</div><div>creating probabilistic representation for scalp</div><div>creating probabilistic representation for brain</div><div>
creating probabilistic representation for skull</div><div>triangulating the outer boundary of compartment 1 (scalp) with 3000 vertices</div><div>triangulating the outer boundary of compartment 2 (brain) with 3000 vertices</div>
<div>triangulating the outer boundary of compartment 3 (skull) with 3000 vertices</div><div>the call to "ft_prepare_mesh" took 6 seconds</div><div>Error using surface_nesting (line 26)</div><div>the compartment nesting cannot be determined</div>
<div><br></div><div>Error in ft_headmodel_bemcp (line 66)</div><div>order = surface_nesting(vol.bnd, 'insidefirst');</div><div><br></div><div>Error in ft_prepare_headmodel (line 257)</div><div>      vol = ft_headmodel_bemcp(geometry, 'conductivity', cfg.conductivity);</div>
<div><br></div><div>Error in fm_0 (line 41)</div><div>vol        = ft_prepare_headmodel(cfg, segmentedmri);</div><div><br></div><div><br></div><div>the used code is:</div><div><br></div><div><div>%% load MRI data</div><div>
 mri = ft_read_mri('IM-0001-0001.dcm');</div><div> disp(mri)%muestra informacion de mri data</div><div><br></div><div><br></div><div> cfg           = [];</div><div> cfg.output    = {'brain','skull','scalp'};%escoge las superficies</div>
<div> segmentedmri  = ft_volumesegment(cfg, mri);%Realiza la segmentacion</div><div> save segmentedmri segmentedmri</div><div> disp(segmentedmri)</div><div><br></div><div><br></div><div>%% Mesh</div><div><br></div><div> cfg=[];</div>
<div> cfg.tissue={'brain','skull','scalp'};</div><div> cfg.numvertices = [3000 2000 1000];</div><div> bnd=ft_prepare_mesh(cfg,segmentedmri);</div><div> save bnd bnd</div><div> disp(bnd(1))</div><div>
%% Head Model</div><div><br></div><div>cfg        = [];</div><div>cfg.method ='bemcp';% el tipo de modelo se puede cambiar</div><div>vol        = ft_prepare_headmodel(cfg, segmentedmri);</div><div>save vol vol</div>
<div>disp(vol)</div></div></div></div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div style="text-align:center"><font color="#20124d"><b>Gamaliel Huerta</b></font></div><div style="text-align:center"><font color="#20124d"><b>Ingeniería Civil Biomédica</b></font></div>
<div style="text-align:center"><font color="#20124d"><b>Universidad de Valparaíso</b></font></div></div>
</div>