<div dir="ltr"><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">Dear all,</font></font></font></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal">
<font color="#000000" size="3" face="Calibri"> </font></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">I am using an intracranial EEG dataset to compare average high gamma power waveforms between conditions. I want to correct for multiple comparisons across time, but not across number of electrodes. Here is my input code:</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font color="#000000" size="3" face="Calibri"> </font></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal">
<font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">cfg=[];</font></font></font></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">cfg.latency = [0.05 .5];</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">cfg.parameter = 'trial';</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">cfg.method = 'montecarlo';</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">cfg.correctm = 'cluster';</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">cfg.neighbours = [];</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">cfg.numrandomization = 1000;</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">cfg.statistic = 'indepsamplesT';</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">cfg.channel = ‘all’;</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">cfg.alpha = 0.05;</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">cfg.clusteralpha = 0.05;</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">cfg.tail = 0;</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">stats = ft_timelockstatistics(cfg, data,control); <span> </span></font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font color="#000000" size="3" face="Calibri"> </font></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal">
<font color="#000000" size="3" face="Calibri">Fieldtrip’s montecarlo reference page (</font><a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/reference/ft_statistics_montecarlo" target="_blank"><font color="#0000ff" size="3" face="Calibri">http://fieldtrip.fcdonders.nl/reference/ft_statistics_montecarlo</font></a><font face="Calibri"><font size="3"><font color="#000000">) says, “If you specify an empty neighbourhood structure, clustering will only be done in frequency and time (if available) and not over neighbouring channels.”</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font color="#000000" size="3" face="Calibri"> </font></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal">
<font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">However, my input code corrects for the number of channels as well. As an example, when cfg.channel = ‘all’ for ft_timelockstatistics, then Elec11 is not significant. However, if the analysis is limited to Elec11 (cfg.channel = 11), then Elec11 has a significant cluster.</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font color="#000000" size="3" face="Calibri"> </font></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal">
<font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">Is there a mistake in my code that is causing this? Or is there an older version of fieldtrip that doesn’t correct for # of channels, when cfg.neighbours is empty? Thank you for your input!</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font color="#000000" size="3" face="Calibri"> </font></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal">
<font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">Best regards,</font></font></font></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal">
<font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">Kristen</font></font></font></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font color="#000000" size="3" face="Calibri"> </font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">Kristen Berry</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">Research Assistant</font></font></font></p>
<font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"></font><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal" class="MsoNormal"><font size="3"><font color="#000000"><font face="Calibri">NYU School of Medicine</font></font></font></p>
</div>