<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)"><style><!--
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transforming the individual IC components back to sensor level and then looking at the EEG amplitudes, which would be valid. In fieldtrip you could realize this be using ft_rejectcomponent with ‘cfg.component’ set to all components except the one you would like to keep.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I personally prefer to see whether the topography matches the location of areas that are stimulated by the coil and to check whether the averaged IC time courses contains the large exponential decay I would like to remove. <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Could it be that after removing these high amplitude ICs your TEPs only look more noisy because the vertical scaling changes while plotting? In other words, the noise was already there before but you are just zooming in more because the plotting function does not have to fit the high amplitude components in the figure?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Best,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Jim<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> fieldtrip-bounces@science.ru.nl [mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl] <b>On Behalf Of </b>Bingshuo Li<br><b>Sent:</b> dinsdag 15 april 2014 13:22<br><b>To:</b> FieldTrip discussion list<br><b>Subject:</b> Re: [FieldTrip] Question re: TMS-EEG FT Tutorial<o:p></o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><div><p class=MsoNormal>Hi Jim,<br><br>Thank you very much again for your thoughtful response! I truly appreciate it! I see your point now why you interpolate after ICA. It makes sense and I think your argument is very valid. Indeed, bad channels always come up fairly independently anyways. I can for sure do my channel inspection after the ICA.<br><br>Another question along the same line: Would you suggest to categorize all the IC with more than, say 30 uV, on the time-locked averaged IC, as muscle artifacts as suggested by Korhonen et al. (2011)? I often feel very puzzled when it comes to picking up ICs for removal. I feel that if I remove those high amplitude ICs, my averaged TEPs look worse. However, by keeping those high amplitude ICs, I am letting in signals with no biological plausibility. Any thoughts on that? <br><br>Thanks very much!<br><br>Regards,<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><p class=MsoNormal>Bingshuo<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><br clear=all><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>-----<br>Bingshuo Li (MSc. candidate)<br>Systems Neurophysiology Group<br>Centre for Integrative Neuroscience<br>University of Tuebingen<br>Otfried-Mueller-Str. 25<br>D-72076 Tuebingen, Germany<br><a href="mailto:bingshuo.li@student.uni-tuebingen.de" target="_blank">bingshuo.li@student.uni-tuebingen.de</a><br>+49-7071-29-89029<o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><o:p> </o:p></p><div><p class=MsoNormal>On Fri, Apr 11, 2014 at 12:48 PM, Herring, J.D. (Jim) <<a href="mailto:j.herring@fcdonders.ru.nl" target="_blank">j.herring@fcdonders.ru.nl</a>> wrote:<o:p></o:p></p><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Dear Bingshuo,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I am forwarding your e-mail to the Fieldtrip mailinglist so that others can benefit and/or contribute from our discussion. </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>The reason why I like to postpone the interpolation to after the ICA is that I noticed that when interpolating before ICA the interpolated data would load onto one component. Removing this component did not make sense as it would leave a flat line in the TEP, keeping it in did not make sense either because the interpolation was done with, for example, the decay artifact still in the data. After removing the decay artifact with ICA you would be left with a sharp peak in the interpolated segment. </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I see that it is difficult to reject trials and channels before interpolation but keep in mind that before having done ICA large amounts of variance of the data can be explained by the TMS related artifacts, these will most likely cloud the detection of other types of artifacts with functions such as ft_rejectvisual. </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>In my experience bad channels show up as separate independent components anyway and can be removed after having run the ICA, but that may depend on a number of factors I’m not aware of. </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>If you would like to reject bad channels prior to running ICA you could also try to run ft_rejectvisual and specify cfg.latency to contain only your pre-TMS period or a period post-TMS that does not contain any large artifacts. That way you should at least be able to run metrics on your data to remove bad channels. In any case you can always run ft_databrowser on your data to visually inspect your channel time courses for bad channels prior to running the ICA.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>In any case you are of course free to try running the ICA after interpolation yourself and share your experiences, perhaps this works fine for you </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:Wingdings;color:#1F497D'>J</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Best,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Jim</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Bingshuo Li [mailto:<a href="mailto:bingshuo.li@cin.uni-tuebingen.de" target="_blank">bingshuo.li@cin.uni-tuebingen.de</a>] <br><b>Sent:</b> donderdag 10 april 2014 16:36<br><b>To:</b> <a href="mailto:j.herring@fcdonders.ru.nl" target="_blank">j.herring@fcdonders.ru.nl</a><br><b>Subject:</b> Question re: TMS-EEG FT Tutorial</span><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'>Dear Jim, <o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'>I inquired you about a TMS-EEG question a while ago and you referred me to the TMS-EEG tutorial on Fieldtrip's website. As I was following the steps of the tutorial, there is a new question that come up to me -- Is it really necessary to postpone the interpolation of the TMS artifact until the ICA is done? Would there be any bad consequences if I interpolate first and then run the ICA over the entire interpolated trial(s)? The reason I am asking this question is that I would like to visually inspect my data first and remove bad channels or trials (if any) prior to ICA. If the artifact is not interpolated, it is really difficult to run visual inspection or metrics on the data.. Following the logic of the tutorial, I can only visual inspection after the ICA, which I think might not be a good idea as I was told that a bad channel can easily bias the ICA result..<o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Do you have any insights in this? Thank you very much for your time in advance! <br><br>Sincerely, <o:p></o:p></p><div><div><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><br clear=all><o:p></o:p></p><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>-----<br>Bingshuo Li (MSc. candidate)<br>Systems Neurophysiology Group<br>Centre for Integrative Neuroscience<br>University of Tuebingen<br>Otfried-Mueller-Str. 25<br>D-72076 Tuebingen, Germany<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><a href="mailto:bingshuo.li@cin.uni-tuebingen.de" target="_blank">bingshuo.li@cin.uni-tuebingen.de</a><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><a href="tel:%2B49-7071-29-89029" target="_blank">+49-7071-29-89029</a><o:p></o:p></p></div></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On Mon, Feb 10, 2014 at 3:24 PM, Herring, J.D. (Jim) <<a href="mailto:j.herring@fcdonders.ru.nl" target="_blank">j.herring@fcdonders.ru.nl</a>> wrote:<o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Dear Bingshuo,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Please have a look at the following tutorial: <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/tms-eeg" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/tms-eeg</a></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>It deals with a number of TMS-EEG related artifacts including the ‘evil’ decay artifact.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Best,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Jim </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a> [mailto:<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>] <b>On Behalf Of </b>Bingshuo Li<br><b>Sent:</b> maandag 10 februari 2014 15:06<br><b>To:</b> FieldTrip discussion list<br><b>Subject:</b> [FieldTrip] TMS-EEG Decay Artifact</span><o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><div><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'>Dear FT users and developers, <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'>Does anyone have any experience in dealing with the so-called decay artifacts found in TMS-EEG? It is a relatively long lasting (up to 100ms) artifact that follows a waveform similar to exponential decay and it occurs sporadically in certain recording channels.<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'>Any tips/hints/recommendations are greatly appreciated! Thank you! <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Regards, <o:p></o:p></p><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><br><br clear=all><o:p></o:p></p><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>-----<br>Bingshuo Li (MSc. candidate)<br>Systems Neurophysiology Group<br>Centre for Integrative Neuroscience<br>University of Tuebingen<br>Otfried-Mueller-Str. 25<br>D-72076 Tuebingen, Germany<br><a href="mailto:bingshuo.li@student.uni-tuebingen.de" target="_blank">bingshuo.li@student.uni-tuebingen.de</a><br><a href="tel:%2B49-152-06054831" target="_blank">+49-152-06054831</a><o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><br>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><p class=MsoNormal><br>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>