<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<style type="text/css" style="display:none"><!--P{margin-top:0;margin-bottom:0;} .ms-cui-menu {background-color:#ffffff;border:1px rgb(171, 171, 171) solid;font-family:'Segoe UI WPC', 'Segoe UI', Tahoma, 'Microsoft Sans Serif', Verdana, sans-serif;font-size:11pt;color:rgb(51, 51, 51);} .ms-cui-menusection-title {display:none;} .ms-cui-ctl {vertical-align:text-top;text-decoration:none;color:rgb(51, 51, 51);} .ms-cui-ctl-on {background-color:rgb(223, 237, 250);opacity: 0.8;} .ms-cui-img-cont-float {display:inline-block;margin-top:2px} .ms-cui-smenu-inner {padding-top:0px;} .ms-owa-paste-option-icon {margin: 2px 4px 0px 4px;vertical-align:sub;padding-bottom: 2px;display:inline-block;} .ms-rtePasteFlyout-option:hover {background-color:rgb(223, 237, 250) !important;opacity:1 !important;} .ms-rtePasteFlyout-option {padding:8px 4px 8px 4px;outline:none;} .ms-cui-menusection {float:left; width:85px;height:24px;overflow:hidden}.wf {speak:none; font-weight:normal; font-variant:normal; text-transform:none; -webkit-font-smoothing:antialiased; vertical-align:middle; display:inline-block;}.wf-family-owa {font-family:'o365Icons'}@font-face {  font-family:'o365IconsIE8';  src:url('https://r4.res.outlook.com/owa/prem/15.0.918.10/resources/styles/office365icons.ie8.eot?#iefix') format('embedded-opentype'),         url('https://r4.res.outlook.com/owa/prem/15.0.918.10/resources/styles/office365icons.ie8.woff') format('woff'),         url('https://r4.res.outlook.com/owa/prem/15.0.918.10/resources/styles/office365icons.ie8.ttf') format('truetype');  font-weight:normal;  font-style:normal;}@font-face {  font-family:'o365IconsMouse';  src:url('https://r4.res.outlook.com/owa/prem/15.0.918.10/resources/styles/office365icons.mouse.eot?#iefix') format('embedded-opentype'),         url('https://r4.res.outlook.com/owa/prem/15.0.918.10/resources/styles/office365icons.mouse.woff') format('woff'),         url('https://r4.res.outlook.com/owa/prem/15.0.918.10/resources/styles/office365icons.mouse.ttf') format('truetype');  font-weight:normal;  font-style:normal;}.wf-family-owa {font-family:'o365IconsMouse'}.ie8 .wf-family-owa {font-family:'o365IconsIE8'}.ie8 .wf-owa-play-large:before {content:'\e254';}.notIE8 .wf-owa-play-large:before {content:'\e054';}.ie8 .wf-owa-play-large {color:#FFFFFF/*$WFWhiteColor*/;}.notIE8 .wf-owa-play-large {border-color:#FFFFFF/*$WFWhiteColor*/; width:1.4em; height:1.4em; border-width:.1em; border-style:solid; border-radius:.8em; text-align:center; box-sizing:border-box; -moz-box-sizing:border-box; padding:0.1em; color:#FFFFFF/*$WFWhiteColor*/;}.ie8 .wf-size-play-large {width:40px; height:40px; font-size:30px}.notIE8 .wf-size-play-large {width:40px; height:40px; font-size:30px}--></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="OWAFontStyleDivID" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p style="">Hi Haiteng,<br>
</p>
<p style=""><br>
</p>
<p style="">Basically the automatic artefact detection algorithms removes some EEG (if artefactual) and splits the data into two trials. These trials are not the same size.<br>
</p>
<p style=""><br>
</p>
<p style="">TRENTOOL can only work on trials that are the same length. So I determined what the biggest trial length was and redefined the trials.<br>
</p>
<p style=""><br>
</p>
<p style="">ie cfg = []<br>
</p>
<p style=""><span>    </span>cfg.length = x length<br>
</p>
<p style=""><span>    </span>​ft_redefinetrial( cfg, data)<br>
</p>
<p style=""><br>
</p>
<p style="">However this is causing computational errors later on. So I was wondering whether you could append the trials together and place a discontinuation marker between them.<br>
</p>
<p style=""><br>
</p>
<p style="">The other thing I tried was to pass in the argument 'nan' into the reject artefact function, but then this causes an issue with the virtual channel procedure.<br>
</p>
<p style=""><br>
</p>
<p style="">Tyler<br>
</p>
<div>
<p><br>
</p>
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-size:13px">*************************
<div style="font-family:Tahoma"><br>
</div>
<div><font face="Arial"><i>Tyler Grummett ( BBSc, BSc(Hons I))</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>PhD Candidate</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Brain Signals Laboratory</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Flinders University</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Rm 5A301</i></font></div>
<div><font face="Arial"><i>Ext 66124</i></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="color: rgb(40, 40, 40);">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> fieldtrip-bounces@science.ru.nl <fieldtrip-bounces@science.ru.nl> on behalf of Haiteng Jiang <haiteng.jiang@gmail.com><br>
<b>Sent:</b> Monday, 14 April 2014 9:04 PM<br>
<b>To:</b> fieldtrip@science.ru.nl<br>
<b>Subject:</b> Re: [FieldTrip] automatic artifact correction after virtual channels/beamformer</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width:1px; border-left-color:rgb(204,204,204); border-left-style:solid; padding-left:1ex">
Hi  Tyler ,<br>
</blockquote>
<div>          I think it makes sense to apply  the inverse spatial filter on the  the marked out data  since you build it on this interval.  In other words, non-marked out  intervals   data has different  inverse filter.  I don't understand  appending  trials
 after  automatic artefact   detection.  Do you mean keep trials after automatic artefact   detection ?</div>
<div><br>
</div>
<div>                                                                 Best,</div>
<div>                                                                 Haiteng</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width:1px; border-left-color:rgb(204,204,204); border-left-style:solid; padding-left:1ex">
<br>
Message: 3<br>
Date: Mon, 14 Apr 2014 07:26:44 +0000<br>
From: Tyler Grummett <<a href="mailto:tyler.grummett@flinders.edu.au">tyler.grummett@flinders.edu.au</a>><br>
To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
Subject: Re: [FieldTrip] automatic artifact correction after    virtual<br>
        channels/beamformer<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:149bb27d65e749c5b37bb3bfab16e87b@SIXPR03MB368.apcprd03.prod.outlook.com">149bb27d65e749c5b37bb3bfab16e87b@SIXPR03MB368.apcprd03.prod.outlook.com</a>><br>
<br>
Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>
<br>
Hello Haiteng,<br>
<br>
<br>
Thankyou for the response. Yes I have gone through the tutorial. I use clean data to make the inverse spatial filter. But do then apply it to<br>
<br>
marked out data or can apply it to non-marked out data. Also, is there a way to append trials after you run an automatic artefact<br>
<br>
rejection algorithm over it? At the moment, I am trying to use a function that requires equal trial lengths. I can use ft_redefinetrial<br>
<br>
to grab a 2 second epoch from each 'trial'. However that feel a little crude as I am throwing out a lot of data.<br>
<br>
<br>
Your help will be greatly appreciated.<br>
<br>
<br>
Tyler<br>
<br>
<br>
*************************<br>
<br>
Tyler Grummett ( BBSc, BSc(Hons I))<br>
PhD Candidate<br>
Brain Signals Laboratory<br>
Flinders University<br>
Rm 5A301<br>
Ext 66124<br>
________________________________<br>
From: <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a> <<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>> on behalf of Haiteng Jiang <<a href="mailto:haiteng.jiang@gmail.com">haiteng.jiang@gmail.com</a>><br>
Sent: Monday, 14 April 2014 3:53 PM<br>
To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>
Subject: Re: [FieldTrip] automatic artifact correction after virtual channels/beamformer<br>
<br>
Hi Tyler,<br>
   It is always nice to computate virtual MEG channels based on artifact-corrected  CLEAN data .  Note that  we use clean data to get the inverse spatial filter by DICS.  Regrading  to how to create virtual channel , please have a look at tutorial:
<a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/shared/virtual_sensors" target="_blank">
http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/shared/virtual_sensors</a><br>
<br>
                                                             Best,<br>
                                                             Haiteng<br>
<br>
<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Mon, 14 Apr 2014 02:54:16 +0000<br>
From: Tyler Grummett <<a href="mailto:tyler.grummett@flinders.edu.au">tyler.grummett@flinders.edu.au</a><mailto:<a href="mailto:tyler.grummett@flinders.edu.au">tyler.grummett@flinders.edu.au</a>>><br>
To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a><mailto:<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>>><br>
Subject: [FieldTrip] automatic artifact correction after virtual<br>
        channels/beamformer<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:d9f26aff9ba640b29bfa36febf84e9cc@SIXPR03MB368.apcprd03.prod.outlook.com">d9f26aff9ba640b29bfa36febf84e9cc@SIXPR03MB368.apcprd03.prod.outlook.com</a><mailto:<a href="mailto:d9f26aff9ba640b29bfa36febf84e9cc@SIXPR03MB368.apcprd03.prod.outlook.com">d9f26aff9ba640b29bfa36febf84e9cc@SIXPR03MB368.apcprd03.prod.outlook.com</a>>><br>
<br>
Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>
<br>
?Hello all,<br>
<br>
<br>
I was just wondering whether it is necessary to use the artifact corrected data when creating virtual channels from beamformer sources<br>
<br>
or whether you are able to use original, non-artifact corrected data.<br>
<br>
<br>
Tyler<br>
<br>
<br>
*************************<br>
<br>
Tyler Grummett ( BBSc, BSc(Hons I))<br>
PhD Candidate<br>
Brain Signals Laboratory<br>
Flinders University<br>
Rm 5A301<br>
Ext 66124<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20140414/dca251ee/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20140414/dca251ee/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Haiteng Jiang<br>
PhD candidate<br>
Neuronal Oscillations Group<br>
Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<br>
Centre for Cognitive Neuroimaging<br>
Radboud University Nijmegen<br>
<br>
Visiting address<br>
Room 2.32<br>
Donders Centre for Cognitive Neuroimaging<br>
Kapittelweg 29<br>
6525 EN  Nijmegen<br>
the Netherlands<br>
<br>
 Tel.: <a href="tel:%2B31%20%280%29243668291" value="+31243668291">+31 (0)243668291</a><br>
 Web:  <a href="https://sites.google.com/site/haitengjiang/" target="_blank">https://sites.google.com/site/haitengjiang/</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20140414/c2da1c20/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20140414/c2da1c20/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
End of fieldtrip Digest, Vol 41, Issue 25<br>
*****************************************<br>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Haiteng Jiang</font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">PhD candidate</font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Neuronal Oscillations Group</font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour</font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Centre for Cognitive Neuroimaging</font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Radboud University Nijmegen</font></div>
<div><span style="line-height:18px; background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br>
</font></span></div>
<div><span style="line-height:18px; background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Visiting address</font></span></div>
<div>
<div style="text-align:left; background-color:rgb(255,255,255)">
<div><span style="line-height:18px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Room 2.32</font></span></div>
<div><span style="line-height:18px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Donders Centre for Cognitive Neuroimaging</font></span></div>
<div><span style="line-height:18px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Kapittelweg 29</font></span></div>
<div><span style="line-height:18px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">6525 EN  Nijmegen</font></span></div>
<div><span style="line-height:18px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">the Netherlands</font></span></div>
<div><span style="line-height:18px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br>
</font></span></div>
</div>
</div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif"> Tel.: +31 (0)243668291</font></div>
</div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif"> Web:  <a href="https://sites.google.com/site/haitengjiang/" target="_blank">https://sites.google.com/site/haitengjiang/</a></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>