<div dir="ltr"><div>Arjen,</div><div><br></div><div>Thanks for all your previous help on using regressconfound.</div><div>It would be great if you can shed light on some questions I asked earlier (See below).</div><div>Also, when applying regressconfound to time-frequency (TF) data, regressconfound removes variance from TF from individual trials. So, utimately regressconfound helps to improve the induced TF responses rather than evoked responses. (By induced, I mean calculating TF on trial by trial basis and then computing average, But evoked I mean calculating TF on averaged data)</div>
<div>If one is interested in only evoked, then regressconfound would not be of much help. Is that correct?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Raghavan</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div>
<div><br></div><br clear="all"><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Date: Wed, 26 Feb 2014 11:38:23 -0500</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">From: Raghavan Gopalakrishnan <</span><a href="mailto:gopalar.ccf@gmail.com" style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">gopalar.ccf@gmail.com</a><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">></span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">To: </span><a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">fieldtrip@science.ru.nl</a><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Subject: [FieldTrip] regressconfound and statistics</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Message-ID: <</span><a href="mailto:A36DB35E-1C8A-4C8A-A0F3-083B8E1131C1@gmail.com" style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">A36DB35E-1C8A-4C8A-A0F3-083B8E1131C1@gmail.com</a><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">></span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Content-Type: text/plain; charset=windows-1252</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<span class="" style="background-color:rgb(255,255,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Arjen</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">,</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I agree with your steps and your assumptions about my data, though I am only interested in evoked activity. I am indeed doing the steps 1 and 2 in the correct order. I just kept the 4 blocks and confounds associated with them separate from each other (for book keeping purposes), but I used the mean head position of all 4 blocks to demean the translations and rotations in each block. Technically, I guess this is the same as appending the blocks prior to running regress confound.</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">When I said, "However, the problem is, whatever significance I found earlier (i.e. by comparing means rather than t-statistic) doesn?t test significant now.? I was comparing the means of the data that has been run through regress confound. When I plot (sum square of all gradiometers in each subject in each condition)  before and after regress confound, I see some differences. Should I not see any differences at all?</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"> But there is one catch. What do I do if I am comparing a condition across different time points, rather than 2 conditions in one time point? MEG collected at two different time points will have different average head positions. In that case, should I use one average head position (computed from time point - 1) and use that to demean the translations and rotations in rest of the time points?</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Thanks for your support.</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Raghavan</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"></div>-- <br><div dir="ltr"><br></div>
</div>