<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Thanks for your reply. I'm running Matlab with 64 bit. I've got 32GB of RAM installed. In the previous month, I was able to run ICA and plot its components without any error message from Matlab. Recently, I keep experiencing the error message, and Matlab crashes completely. I have no clue what could have gone wrong.</div>
<div><br></div><div>Cheers,</div><div>Hweeling</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 31 March 2014 17:08, Stephen Politzer-Ahles <span dir="ltr"><<a href="mailto:politzerahless@gmail.com" target="_blank">politzerahless@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello Hweeling,<div><br></div><div>What kind of error do you get in MATLAB when you try to do ICA, is it an "Out of memory" error? I'm asking because this is a fairly common issue in MATLAB on Windows systems (I don't know the details of your data, but I've experienced this issue on 32-channel, 1000-Hz epoched EEG data if the epochs are long enough and numerous enough). For me the only solutions (other than shortening the epochs or downsampling the data, which might not be good options depending on your research question) were to use a Unix-based operating system (like Mac OS) or to upgrade my Windows (I had errors like this when using a 32-bit version of Windows with 2 GB of RAM, but not so much after I upgraded to 64-bit and 8 GB of RAM). I'm not sure if this is the issue you're having, though.</div>

<div><br></div><div>Best,</div><div>Steve<br><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div dir="ltr"><div><br></div><div><br></div>Stephen Politzer-Ahles<br>New York University, Abu Dhabi<br>Neuroscience of Language Lab<br>

<a href="http://www.nyu.edu/projects/politzer-ahles/" target="_blank">http://www.nyu.edu/projects/politzer-ahles/</a><br></div></div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 31, 2014 at 7:02 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Send fieldtrip mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:fieldtrip-owner@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-owner@science.ru.nl</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of fieldtrip digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Fieldtrip ICA crashes Matlab (Hwee Ling Lee)<br>
   2. Re: plotting interpolated sources with ft_sourceplot<br>
      (J?rn M. Horschig)<br>
   3. Re: help about ' fieldtrip2fiff ' (Gio Piantoni)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Mon, 31 Mar 2014 16:48:34 +0200<br>
From: Hwee Ling Lee <<a href="mailto:hweeling.lee@gmail.com" target="_blank">hweeling.lee@gmail.com</a>><br>
To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
Subject: [FieldTrip] Fieldtrip ICA crashes Matlab<br>
Message-ID:<br>
        <CABG7z0SPtmOfGWxqRxiveg+cfUewJ8p8P-v9=<a href="mailto:poVtb-1ApZuDQ@mail.gmail.com" target="_blank">poVtb-1ApZuDQ@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Dear all,<br>
<br>
I'm encountering a problem with running ICA in Matlab. After ICA, when I<br>
tried to plot the components, Matlab keeps prompting an internal problem<br>
and needs to be closed. I wonder why this is the case. Could someone please<br>
tell me what went wrong?<br>
<br>
Here's part of my script for ICA:<br>
<br>
        cfg = []; % if data were cleaned, then use this<br>
<br>
        if sub == 5 %|| sub == 7<br>
        cfg.channel = {'all', '-AFz', '-FT7'};<br>
         elseif sub == 7<br>
         cfg.channel = {'all' '-AFz'};<br>
       else<br>
            cfg.channel = {'all'};<br>
        end<br>
<br>
        % cfg.runica.pca = 121; % using the rank of my data<br>
        % ic_data = ft_componentanalysis(cfg,cleandata); % if data were<br>
cleaned then use this<br>
        ic_data = ft_componentanalysis(cfg, cleandata);<br>
<br>
        % after ICA, look for components that we want to substract from our<br>
data,<br>
        % only looking at ten channels (components) at a time<br>
        cfg = [];<br>
        cfg.dataset = rawdatafile;<br>
        cfg.viewmode = 'component';<br>
        cfg.continuous = 'no';<br>
        cfg.blocksize = 8;<br>
        cfg.channels = 'all';<br>
        cfg.layout = 'EEG1020.lay';<br>
        ft_databrowser(cfg,ic_data);<br>
<br>
<br>
The internal problem appears even when I downsampled my data from 5000 Hz<br>
to 1000 Hz.<br>
<br>
The internal problem appears also when I have short segments of my data<br>
(i.e. 2s per trial), and long segments of my data (i.e. 6s per trial).<br>
<br>
The memory of my PC workstation is:<br>
Maximum possible array:     60253 MB (6.318e+10 bytes) *<br>
Memory available for all arrays:     60253 MB (6.318e+10 bytes) *<br>
Memory used by MATLAB:       560 MB (5.872e+08 bytes)<br>
Physical Memory (RAM):     32685 MB (3.427e+10 bytes)<br>
<br>
Interestingly, this internal problem does not occur when I ran my script on<br>
my Macbook Pro.<br>
<br>
I'm feeling very lost here. Any help is highly appreciated.<br>
<br>
Cheers,<br>
Hweeling<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20140331/f756367f/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20140331/f756367f/attachment-0001.html</a>><br>

</blockquote></div></div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">=================================================<br>Dr. rer. nat. Lee, Hwee Ling<br>Postdoc<br>German Center for Neurodegenerative Diseases (DZNE) Bonn<br>
<br>Email 1: hwee-ling.lee<at><a href="http://dzne.de" target="_blank">dzne.de</a><br>Email 2: hweeling.lee<at><a href="http://gmail.com" target="_blank">gmail.com</a><div><br></div><div><a href="https://sites.google.com/site/hweelinglee/home" target="_blank">https://sites.google.com/site/hweelinglee/home</a><br>
<br>Correspondence Address:<br>Ernst-Robert-Curtius Strasse 12, 53117, Bonn, Germany<br>=================================================<br></div></div>
</div>