
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Jim and Nietzsche,<div><br></div><div>Let me chime in here: </div><div>Where Nietzsche typed 'ft_freqanalysis' one should read 'ft_freqstatistics' probably.</div><div>Also, cfg.frequency as option into ft_freqstatistics should be a 2-element array, specifying the lower and upper bound, contrary to Nietzsche's advice.</div><div>I just tried this quickly, and it works for me.</div><div>Jim, are you using an up to date version of FieldTrip?</div><div>Also, if the problem persists, could you provide is with example code/data for us to be able to reproduce your problem. We usually do this through our bugzilla system: <a href="http://bugzilla.fcdonders.nl">bugzilla.fcdonders.nl</a></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Jan-Mathijs</div><div><br></div><div><br><div><div>On Mar 19, 2014, at 12:52 PM, Lam, Nietzsche wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>Hi Jim,<br><br>Without seeing all the code you used it's hard to determine where exactly the problem is.<br>NEvertheless, two things come to mind:<br><br>(1) you need to specify the frequency of interest with "cfg.foi = 1:10".<br>To be precise, it is also good to specify the numbers of steps you wish to calculate e.g., 1:1:10.<br>please see here: <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/timefrequencyanalysis">http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/timefrequencyanalysis</a><br><br>Alternatively, prior to calling ft_freqanalysis, you can use the function ft_selectdata(cfg,freqdata) to select the frequency band of interest.<br><br>Hope this gets you started!<br><br>Best,<br>Nietzsche <br><br>----- Original Message -----<br><blockquote type="cite">From: "Jim Parkinson" <<a href="mailto:jimparkinson@me.com">jimparkinson@me.com</a>><br></blockquote><blockquote type="cite">To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a><br></blockquote><blockquote type="cite">Sent: Wednesday, 19 March, 2014 12:40:46 PM<br></blockquote><blockquote type="cite">Subject: [FieldTrip] Wrong functionality/ misunderstanding with cfg.frequency field in ft_freqstatistics<br></blockquote><blockquote type="cite">Hi.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">i have some TFR data which has been analysed over 1 : .5 : 30 Hz using<br></blockquote><blockquote type="cite">ft_freqanalysis (MTMCONVOL), 11 subjects, 2 conditions<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Right now I'd like to compare the two conditions using<br></blockquote><blockquote type="cite">ft_freqstatistics but restrain the statistics to the freq range 1:10.<br></blockquote><blockquote type="cite">so I've set<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">cfg.frequency = [1 10]<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">But, by the time the stats are running, the analysis is over the full<br></blockquote><blockquote type="cite">range produced by ft_freqanalysis (1:30 Hz), and the output stats<br></blockquote><blockquote type="cite">reflects this. Somewhere in ft_freqstatistics the cfg.frequency<br></blockquote><blockquote type="cite">setting seems to be overridden. Is this a bug, am i doing something<br></blockquote><blockquote type="cite">wrong, or have I misunderstood what cfg,frequency is supposed to be<br></blockquote><blockquote type="cite">doing?<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">thanks for any help!<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">--<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Dr Jim Parkinson, D.Phil<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="mailto:j.m.parkinson@sussex.ac.uk">j.m.parkinson@sussex.ac.uk</a><br></blockquote><blockquote type="cite">_______________________________________________<br></blockquote><blockquote type="cite">fieldtrip mailing list<br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote><br>-- <br>Nietzsche H.L. Lam, MSc <br>PhD Candidate <br><br>Max Planck Institute for Psycholinguistics <br>Wundtlaan 1, 6525 XD Nijmegen, The Netherlands <br><br>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging, <br>Kapittelweg 29, 6525EN Nijmegen, The Netherlands <br><br><a href="mailto:n.lam@fcdonders.ru.nl">n.lam@fcdonders.ru.nl</a> <br>+31-24-3668219 <br><br><br><a href="http://neurobiologyoflanguage.com">neurobiologyoflanguage.com</a> <br>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip<br></div></blockquote></div><br><div>

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD </div><div><br></div><div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div>Max Planck Institute for Psycholinguistics,</div><div>Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div><div>Telephone: +31-24-3614793</div><div><br></div><div><a href="http://www.hettaligebrein.nl">http://www.hettaligebrein.nl</a></div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>

</div>

<br></div></body></html>