<div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">Dear Jan-Mathijs,</span><br><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">Thank you for your reply, I appreciate it. In regards to the potential bug in the </span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">ft_freqanalysis_mvar function, I see that it does indeed "swallow"  linearly indexed combos, however, a reshape error is typically returned (line 146) since it tries to reshape the matrix into the incorrect number of elements. Perhaps I am doing something wrong, but I only feed the untouched output from the mvaranalysis to the freqanalysis function. I will send the "bug" to Bugzilla. </span></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><br></span></div><div><font face="arial, sans-serif">In regards to your point about DTF and PDC normalization, as I understand it, one is normalized by the outflow and the other is normalized by the inflow (DTF and PDC respectively?). That being the case, it seems like a normalization to only one channel (or a subset of channels) or from only one channel (or a subset) would produce a correct normalization in one case (ie outflow) but not in the other (ie inflow). PDC and DTF taken together should then show the correct inflow but not outflow (PDC?) and the correct outflow but not inflow (DTF?), correct? I know that proposal may not be the most mathematically viable option, however, I'm not sure how else to tackle this issue.</font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Thanks,</font></div><div><font face="arial, sans-serif">-Tony</font></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On Wed, Mar 19, 2014 at 9:38 AM, jan-mathijs schoffelen <span dir="ltr"><<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">Dear Tony,<div><br></div><div>I don't think that these immediate plans exist. I wasn't aware of the fact that ft_freqanalysis_mvar does not swallow the linearly indexed combinations. We may want to look into that. Could you post a bug on bugzilla for this? The fact that it is not supported for dtf and pdc actually has a reason, which is related to the fact that these measures are normalized with respect to the total inflow/outflow for a given channel, where the MVAR-model explicitly should be based on the multivariate decomposition (i.e. where multi means all channels included). The functionality of ft_mvaranalysis with cfg.channelcmb fits a separate mvar-model for each channel pair.</div>
<div><br></div><div>Does this make sense?</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Jan-Mathijs</div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><div><div class="h5"><div>On Mar 19, 2014, at 2:15 PM, Antony Passaro wrote:</div>
<br></div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div dir="ltr">I was wondering if there were any immediate plans to implement this functionality for the mvar connectivity measures (ie DTF, PDC, etc.)? Linearly indexed data such as specific channel pairs (instead of all possible channel pair combinations) seems to work fine for the ft_mvaranalysis function but fails for the ft_freqanalysis_mvar function and is not fully implemented in the ft_connectivity_dtf and _pdc functions. Any advice on how to proceed would be much appreciated.<div>

<br></div><div>Thank you,</div><div>-Tony</div></div></div></div>
_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></blockquote>
</div><br><div>
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<div>Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD </div><div><br></div><div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div>
<div>Max Planck Institute for Psycholinguistics,</div><div>Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div><div>Telephone: <a href="tel:%2B31-24-3614793" value="+31243614793" target="_blank">+31-24-3614793</a></div>
<div><br></div><div><a href="http://www.hettaligebrein.nl" target="_blank">http://www.hettaligebrein.nl</a></div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>
</div>
<br></div></div><br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>