<div dir="ltr"><div>thanks Jim,<br><br>looks like that should do the trick.<br><br></div>Roy<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 24, 2014 at 9:14 AM, Herring, J.D. (Jim) <span dir="ltr"><<a href="mailto:j.herring@fcdonders.ru.nl" target="_blank">j.herring@fcdonders.ru.nl</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Hi Roy,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Fieldtrip allows you to create and use your own functions to calculate statistics. What you could also do is adjust the indepsamplesT statistic function (fieldtrip/statfun/ft_statfun_indepsamplesT.m) to suite your needs (E.g. change the Df in line 89).  <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Best,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Jim<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a> [mailto:<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>] <b>On Behalf Of </b>Roy Cox<br>
<b>Sent:</b> donderdag 23 januari 2014 16:20<br><b>To:</b> <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br><b>Subject:</b> [FieldTrip] degrees of freedom<u></u><u></u></span></p></div>
<div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi all,<u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal">I'm using ft_timelockstatistics with indepsamplesT to compare spatial topographies between two groups (n=15 and n=13). The measure I'm interested in has no time dimension, so I basically have one sample per electrode for each subject.<u></u><u></u></p>
<div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">This works fine (I get the effects I hoped for). In order to make the statistics 'slightly more valid', however, I need to adjust the degrees of freedom. That is, the data I'm comparing between groups has already had a covariate taken out. So df has to be df-1.<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Doesn't look like Fieldtrip allows you to set this in the cfg struct somewhere, so any suggestions where I need to hack?<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">
Thanks,<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Roy<br clear="all"><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><br>-- <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Courier New";color:#666666">Roy Cox, M.Sc. | Brain & Cognition Group | Department of Psychology | University of Amsterdam | </span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#666666" lang="NL">Weesperplein 4 | 1018 XA Amsterdam</span><span style="font-family:"Courier New";color:#666666"> | the Netherlands | room 3.21 | phone: <a href="tel:%2B31%2020%20525%206847" value="+31205256847" target="_blank">+31 20 525 6847</a> | email: <a href="mailto:r.cox@uva.nl" target="_blank">r.cox@uva.nl</a><u></u><u></u></span></p>
</div></div></div></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div style="text-align:left;font-family:courier new,monospace;color:rgb(102,102,102);background-color:rgb(255,255,255)">
Roy Cox, M.Sc. | Brain & Cognition Group | Department of Psychology | University of Amsterdam <span style="color:rgb(102,102,102)">| </span><font style="font-family:courier new,monospace;color:rgb(102,102,102)" face="Lucida Grande"><span style="font-size:10pt"><span lang="nl"><span>Weesperplein 4</span> | 1018 XA Amsterdam</span></span></font><span style="color:rgb(102,102,102)"> </span>| the Netherlands | room 3.21 | phone: +31 20 525 6847 | email: <a href="mailto:r.cox@uva.nl" target="_blank">r.cox@uva.nl</a><br>
</div>
</div>