<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I'm getting stuck with ft_sourcestatistics.</div><div>I want to do a simple two-condition contrast on neuromag MEG data, where I did frequency beamforming on a pre vs. post tf-window.</div>
<div><br></div><div>I followed the instructions of the tutorial, so for each subject and condition:</div><div><br></div><div>1) ft_sourceanalysis with subject-specific vol and grid structures, where I did the pre vs post contrast as follows:</div>
<div><br></div><div><div>        sourceAll = ft_sourceanalysis(cfg, freqAll(condi));</div><div>        </div><div>        cfg.grid.filter = sourceAll.avg.filter;</div><div>        sourcePre_con  = ft_sourceanalysis(cfg, freqPre(condi) );</div>
<div>        sourcePost_con = ft_sourceanalysis(cfg, freqPost(condi));</div></div><div><br></div><div><div>        sourceDiff(condi) = sourcePost_con;</div><div>        sourceDiff(condi).avg.pow = (sourcePost_con.avg.pow - sourcePre_con.avg.pow) ./ sourcePre_con.avg.pow;</div>
</div><div><br></div><div>2) ft_sourceinterpolate with the subject-specific mri</div><div>3) ft_volumenormalize to MNI with coordsys 'neuromag'.</div><div>4) The output is stored in a subject-by-condition cell array, which I put into ft_sourcestatistics with the following cfg:</div>
<div><br></div><div><div>cfg = [];</div><div>cfg.parameter = 'avg.pow';</div><div>cfg.method    = 'analytic';</div><div>cfg.statistic = 'depsamplesT';</div><div>cfg.correctm  = 'no'; </div>
<div>cfg.alpha     = 0.05; </div><div><br></div><div>Nsub = 10;</div><div>cfg.design(1,1:2*Nsub) = [ones(1,Nsub) 2*ones(1,Nsub)];</div><div>cfg.design(2,1:2*Nsub) = [1:Nsub 1:Nsub];</div><div>cfg.tail             = 0; % number, -1, 1 or 0 (default = 0)</div>
<div>cfg.ivar             = 1; % number or list with indices, independent variable(s)</div><div>cfg.uvar             = 2; % number or list with indices, unit variable(s)</div><div><br></div><div>stat = ft_sourcestatistics(cfg,sourceDiffNorm{:,1}, sourceDiffNorm{:,2});</div>
</div><div><br></div><div><br></div><div>This results in the error that it cannot find the field 'pos'; however this field is only present in the result from ft_sourceanalysis (and differs for each subject), but disappears as soon as ft_sourceinterpolate is applied. I tried to put the result from ft_sourceanalysis straight into ft_sourcestatistics (which according to the help should be possible), but this doesn't recognize the input as volume data (and apart from that, the subjects aren't spatially aligned this way).</div>
<div><br></div><div>I hope someone can help me with this; any help is much appreciated!</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Joram</div><div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Joram van Driel, MSc.<div>PhD student @ University of Amsterdam</div>
<div>Brain & Cognition @ Department of Psychology</div></div>
</div></div>